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The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00045649 ID=TCONS_00045649|Name=TCONS_00045649|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4740bp
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tcaatctgtcaatcattttctcaagcgaagagtatgcgaagcgattctag
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tccctttattttcattcctagaacttttgcaaaaaaaagtgacCTACTGA
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ATCTTGAAGCCGGATGTGAACAGACTGTTTATTTTGATTCGATGACCGTC
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CGATTCGGAAAACGTGATGGCAATCGTGAATAAACACTCGCTTTCTTTCC
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ATGCCGATCGGTCGCACTACATCTGCGAGCGGCCGTCCGTCAAAAATCTT
GAAGCCGGATGTGAACAGACTGTTTATTTTGATTCGATGACCGTCTCGAA
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taactttttttttttgaataatctTTCTTCTGGTCTGGAAATTGTCATAG
GGGAAATATTATTTGTCTTCTCTCAGGTACCAAATGAACggtaaaaactt
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TGTATAAAGGATTTGATGGTTTTTTTTCTTGATCACTTAAATAGGATGTA
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GAAAATTGGGGATTAGATAAAAGaattttggtttaaaaaaacCATGGTCA
TTATTAGACattctttatttttagatttaatTTGGTAATggaaaaaatcg
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ATCTgtttaattttgcgaattgcgaatcgcgaaaatggcaaaaactcgcg
aaaattaatccgatccAATTCTCACCTTAATTTTCCAGGatgtaaaattt
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CCTACTTCTTCTGTGACATAGTCTAACTATGGAAAACACCATTCATCTTT
GCAAAATTGTCCTTATCTTAACACCCCatggtatttttgaaaatattttg
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AGAGCTAGGGGGTTTGGTCCATATAAGTCCCGAAGAGTTAAAATGAACAA
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GGATTTGATGGTTTTTTTTCTTGATCACTTAAATAGGATGTATATTTTTG
AATCATATAAATTAGATGGGGTTTTAGACATATTTTAAACCGGAAAATTG
GGGATTAGATAAAAGaattttggtttaaaaaaacCATGGTCATTATTAGA
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TTACTGCTAAATGATCATACAAAATTTTGGACTTATATATTATAATATGC
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tttttttggacataagcaaatttgaatatttctttttcgaGTTTTTTTGA
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TAAAATTGTatcttttcaattcttttttttgatATCCAAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_100:172769..190768+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00045649 ID=TCONS_00045649|Name=TCONS_00045649|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=18000bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_100:172769..190768+ (Clytia hemisphaerica)
cgaggattgagccgagaacgctccgcgaactcctgcgcgggtgacaaact
tcaatctgtcaatcattttctcaagcgaagagtatgcgaagcgattctag
ctttactaTAGTGCCgtgggtcatcaatggatagtattcaattatcatta
tccctttattttcattcctagaacttttgcaaaaaaaagtgacCTACTGA
AAGAAAAGCTTACCAAATCTGAGAATTTTTTCTTGACTTCGTCTTTTTCA
CCTCGTGCCTCGTCCgccattttgattgttttgaaaataattcgaATGTT
GTTTGGCTCATGGCCGCCTTACTCAACTTTCTGGGCCGAATGTTTGGGTC
CCAATCCAAGGGCTTCAAAACCGGCTCAACCAGACCAGCAGACCAGCAGA
CAGCAGACCATTTCGAAATCGAACACTCGAACTGCACAagacaaaaacca
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GCAGGTAACATATCCTGCTAGAGGAGCAAAAACGAGGAAAAAAGGAGCAC
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taaacatcTCAGAATCTCAAAATAAACTTTCACTTTTTAAAACACCAAGT
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ttattttttggacctatcCTAGTCTTttgaggtcctataaattaaccgtt
gtttgttcgttcgttcgtcagttcgtccgtccgtttgtctgttcgtctgt
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GATCCTTCGCTTCCAAAAGATTAATCAATAAGAACGTTTAGGAACGATTT
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AGTTCCATTCTATATGTATTTAAAAAGTCGCTTGTGATGAcagattttat
cattagattttttggattttgttgcTTAAAAGTCGGCTACTACCCAAAGT
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TCTAGCTATGAAAGAATCACTATTTACAAGCATAGATCAATATTCTTtta
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TCCCCATTGCTTTATGCTATACAAGTTGAACAGGAATTATtaaattgcat
attttattataagcacttttgaattacattttataaataatccaaaactt
ttctttcattttttctctttgaggctttcattatattcaCACCACGTTAC
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TGatataatacacgtttttttataagaacagaaggctttgatggccaaga
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GTGCAATCTTTTTTATGCTACCATACTATTGGGCTATCCCTGCAAACAAG
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ttggaatttcagtcccattcagggtcacttttttcgcagggtccattttt
cgaacctcagcggagcacccccgtcagTCGACAAGGgtaatacccccccc
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gaaacatctaagaaacatgctgaggctgagaatgagaaaataacattttt
tcattcggtttttttttaagaacctacCAATCCAGCATTCCACGAGGTTG
agtatgtcaaaaagtttagaaacatgtaagaaacatttaaggctcgaaag
gccgatttcttaagaaacattgaggctgcttgctaaaactagtttcttaa
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tttaagaaactagttttaccaagcagtctcaatatttcttaagaaatcgg
ccttttgagccttaaatgcttcttacatgtttctaaaatttgtcaagctt
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tctcctatcttctatattgattttctgactttctcaagtgtatCTAACtg
ttaaatatttttctggaattttgccttgattggaaggttcttaaaaaacc
gaatcaaaaaatgttattttctcattctcagcctcagtatgtttcttaga
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ttcttacaaaaaacgtgtatttttttaaaaactaacTTGCATATCCAGGC
CTGCTGTAAACTAgatttttatctttcatttttacCGATTACTGATTTAC
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CTAGATACACCAGGCCAGACCAGGCGGTAAACTACAGAAATATCAACATT
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taagaacaagttaagaacaattttaaggcCAGGACACTTAAACCGAGTTT
CTTAGGAAAAGATTTTtcgcaaaatggtgaaaataagaacatcttagtat
ttttagctttaaaactcaaaaggttaagaacaagACTTTTGATTTTGcag
gattttcttataaaaaacgtgtaattatcTCTTCATGTTATGATGGTACT
GAATGTTTTAAAATAATTCATTTGAAACGAGATTTTGTTGTGCATGATGA
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GCACTTTAGAGGGACTGAAACGATTTGAAACAACCCGCAATTTTGACCTG
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GGATTCAGAAAAATCAGTAGCTAACCGTCTTTGTCACAGAAAAAACGCAC
ATACGCAAACTCGCTAGTAGTAGCCCTCCGCGGCGGTGCTCGGAATTTTT
TTACCATAAAAGATGTCAtaataattttgattcttataaaaatttggtgg
attttttAATATGGTTGCTATAGCTGTATCACGTCATAGTACTGGGAAAA
AATCACTTCTGCGGTACAATTAAATTTAATTGCTTTTCATAACCATTATA
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GTTCTCTCTATTATTGTTATAGTGGTTATAGTGTAGTTCGGCTATCTATC
ATCATATGTCACACCTTTGAAACGGACGCATTGGAACTCTCAAAAGATTG
TGTACACGTTTGTTGTTTTTAAGAAACTATTTTTATCAAGCAGTCtgtca
atgtttcttaagaaatcggcctttcgagccttaaatgtttcttacatgtt
tctaaaagtttttaaagCATTGTTAGGTGTACTACTGGGTAAAACGATGG
ATTTTAAGTTAAATGTAAACGAAAATCTTAAATCGATAGATAGTTGATCT
GATTGAGATAGTATAAATAAATAGATAAAACAAACTTGAAAATTCTGACT
TAGACTTTTGTCTTGCCTTTGAGATGATATATCCGAATCAATAAGGAAAA
AGTTAACTTTAAGCATAGCTTTACATGTTTGTCTCTAGGAATAGATATAC
TTTTTAGAAGTCTGGTGTCACGTTCTGTAATGCGAAGCGTTTCACTTATT
CTACACTTTCGAGTGCTCGACCTTTCACAGTGGCTACTCTGTCAAATCTC
ACTGAGAATGACGTAATTGGATACTTCAATGACGTCATTGCATTGTTGTA
ATGTTTCTTTCTATATTTCGTGTACTCGCTGTCTATAAATATGGTGTGCC
CTAGCCGGATGATCCATGCTGTGATGttatatcagattataaaaatacag
ttgatttttttaatttcaattttcaaaatgtattttcagAAAGGCTGAAG
TGGGTCATTTATTTTACGAAGAATTGTGGTTTCTTTGAGTGAGAATTTTT
AATTGTGATTCTTTGGGAGCTTGGTACTGAATATGACGGTGTGAAATACG
ATTTGACGGTGTGAAATACGATTTGACGGATTTTCACAAAGATTTGATGG
ATACAACCGTCATTTGAGCGAATGTATCTATTTATTTACCACGCTACTGC
TGGGTAGGGGATGAGTACAAATGTTTTGTTTATAGTAGATCTTGTGACGT
TCTTAAGGTGAAGCAGATTCTTGAAATTTGAGTGTTTTATATCCGTCACT
TGATCTGTCAAGTTTGTGCATTGATATCAAGTAGTAGGTGATTGAAATAT
CCAATTAAGACATtctgttttttatatttcgtCCTAGATGGAGAGCAAAT
CAAATTGACCAAAGTATTCCTTTTATGGGAATGTTTCGCCCTCCTCAGGA
GAGACATGCATCTTGTTTTTGTGAAGCTTAAAGTTTCGTGGTGTTTGAAT
AGTAAATCGTCTggtgtcatatttttcaaaaattttatttttaaaaaaat
cttatgaAATATACTTAATGCAGGTTTTTAACCACTTGAAAAAAGACTTT
ATGCTTTGATTTCCATAACAATTTTAATTGCAGGTTTTTGTTTTGGGTTG
CTATTCAAAGCAAAGTAACCGCTGTTTTGAGGCTTTTCCCGTATGGAGTC
ATTcctatagtacgtacgcaaaaaCTTTCCAGATTTTTGCCGCCGCTctc
ccttgtacgcagagaataaaataaatgccgtcatttaaacaatagacgtA
CGACGCACGCTTTTGCTAACCCCCCTCTCCCCTCctcttcactgcgtacg
tactatatggatggcccctatAAATGATTAAGTCAGAAATCGAATGAATT
CTAGACTGTTcctataatttttttaatcttgtgttttttcaaattacaag
atctaaaaaCAGTGTTTTAAATCTGAACCATTTTTAGAATACAAGTGTTT
GTACAACATTTCAATTCAAAGGAAATTAGTTCACTTAAAGCAGTCTTGTT
AAAATCTCGATCAATGGAAGACTTATAATAGTGTATGATAACTTTGCAAA
TAtaataactttacaaatatgTATTTGCATATGAAAGGTGTATTTTCTTC
AAGGGTCTTCTTACACCTTTTTGATAAGTGCAGGGCTAATGTTTTGTCTT
AACCTAATTacactttgagcctgaaatatGCTTTTGCTATGCGTGCTTCT
ATTTCGAATTAGTCTAGTATACAAGACGACTAATTTAGACATAgaagaaa
ataagcaaaaaatgttggAAGAGATAATAGGTAGGCTTTACAAACTAATT
TTGAATTATGCATGCTTTTGTGTCATTATTAATTTCGAACTCAGCGTAAA
CTTTGGTGAGGTTCAAGTTCTTTACAAAATATGCTTAAAAAGATTATGCT
TACTAAAAATGTGTGTGTTTGTGCAACAAGTTTCGCTAGTTTGATAATAT
TATTGTATGATGTTTTTATTCTGAGGCATTGAGGTTAACTTaagttattc
ttaaatttttatcgCCTCCAATCTTTACACAGAAACAACTTTGATTTGCT
TGGTTGGTGCTAGACAGACTCTTTAATTACATTATTATTCAATGATACGG
TATAATTTATATTCCTTtgtttcaaaatgttgaaatacaACTCGAGCAGT
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TATCTGGCAACGTAGATACAGAaatttcttccgacacgctaaagctctaa
aggtcaggaaaattttcaacatctgaaaggtttagattacggaattttgc
aagccCGTGTCAAGGATTATGCAGCGGGAGTTCTGGTAACCCagcctctc
cgatgggaaattggcctgCTCCTTTAGAGTTTTAGCATGGGCGCTCGCCA
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TGATTAGGTCGAAGCTCAACCTTTTTATTTCCCAGGGGGGGAGTGATATT
AATAAGCgattcccggtgggggttactagtgaccgcctatagcagtgccg
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tgggaatatcaatccccatcgagtttcagtccgttgttTTTATCCCAACA
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CGAGTGGACTGTCTTTGAATGAGTTGTGCAACCGGGCACTTGCAAGGAAA
TGATTTCTGCTTGATAATTTATTATGATGATTGGAGTGTTAGCACTACCC
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TAATCATTTATAAAATCTGTTCTGTTCTCTTTACCAAACATGAGATTTCT
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CAAAATGATTCCGTTACGAGTTGGTGTTTGTTTCATTGAATTAACCCGTC
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CCGTCTACACAGCATGGAGATTTTGAAACAATGTGAATTTTCATTGAACG
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GAAAACGTGATGGCAATCGTGAATAAACACTCGCTTTCTTTCCCGTTGAT
CACGAAACCGCCACTGACACGTTTCGATGCCGAAGCACATGAcatgtcaa
tcattttttccgAGCATTCCATTGGTGACGTCATGAGTCCATGTGTCATT
CAAGAATTTGTCAACCATGGTTCAAAATTATACAAAATCGCCAATGCCGA
TCGGTCGCACTACATCTGCGAGCGGCCGTCCGTCAAAAATCTTGAAGCCG
GATGTGAACAGACTGTTTATTTTGATTCGATGACCGTCTCAAAGGTTAAT
ATCCATAACAAAGATTTGCATGACATTGACCCGAATCGCCAGAAATTCAG
GACTTATATTGAGGACCAATCGCAGTGTGTCTTGGATCAGCAAATTATAA
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GTGGANGCTAAattgaagaaattattgatgcaCGCACAGGCTAATCCGAA
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TACACAGCATGGAGATTTTGAAACAATGTGAATTTTCATTGAACGGAGTT
GAGGTATTTGTTCCCCGATTCGCATTTGTCGAGAAAACCGATTCGGAAAA
CGTGATGGCAATCGTGAATAAACACTCGCTTTCTTTCCCGTTGATCACGA
AACCGCCACTGACACGTTTCGATGCCGAAGCACATGAcatgtcaatcatt
ttttccgAGCATTCCATTGGTGACGTCATGAGTCCATGTGTCATTCAAGA
ATTTATCAACCATGGTTCAAAATTATACAAAATCGCCAATGCCGATCGGT
CGCACTACATCTGCGAGCGGCCGTCCGTCAAAAATCTTGAAGCCGGATGT
GAACAGACTGTTTATTTTGATTCGATGACCGTCTCGAAAGTTAATATCCA
TAACAAAGATTTGCATGACATTGACCCGAATCGCCAGAAATTCAGGACTT
ATATTGAGGACCAATCGCAGTGTGTCTTGGATCAGCAAATTATAAGTGAA
CTTTTGAGACGTATTGTCAaatattctggtctgtattttttcGGTGTGGA
CATTATTATTGATCAAGAGACTGGGAATTACGGAATCATAGATCTGAATT
ATATGCCTAGTTATAATGGTGCTTTAGATCTTTTCGCTAAAGACTTGTTT
gacaaattaaaagaaattgaCTCTGCTCGAATCATGGCAAAATGATGTGA
TGCAAGTAGAGTCTTTGGTACATTTTTATGGTTATGTTTACACGTTATTT
GGTTCCCAAACATGGAGAGATTATATATGTAGCATGTAGATGGGGTCTTA
GAAAGACATTTATAATGGGATAACAAATGTAAATagcttaactttttttt
tttgaataatctTTCTTCTGGTCTGGAAATTGTCATAGGGGAAATATTAT
TTGTCTTCTCTCAGGTACCAAATGAACggtaaaaactttcaaaagtttGA
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GtacaaatcgattttaaactaaATAACAGCAGCGAGAAGGGGTAAACTGA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00045649-exon-scaffold_100-1491911889:172769..173463 | TCONS_00045649-exon-scaffold_100-1491911889:172769..173463 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00045649-exon-scaffold_100-1510915933:172769..173463 | TCONS_00045649-exon-scaffold_100-1510915933:172769..173463 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00045649-exon-scaffold_100-1575043694:172769..173463 | TCONS_00045649-exon-scaffold_100-1575043694:172769..173463 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00045649-exon-scaffold_100-1491911889:185802..187987 | TCONS_00045649-exon-scaffold_100-1491911889:185802..187987 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00045649-exon-scaffold_100-1510915933:185802..187987 | TCONS_00045649-exon-scaffold_100-1510915933:185802..187987 | Clytia hemisphaerica | exon |
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Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_100 | supercontig | scaffold_100:172769..190768 + |
Blast
BLAST of TCONS_00045649 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ITPK1 (Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase OS=Homo sapiens GN=ITPK1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 125.946 bits (315), Expect = 5.049e-30 Identity = 81/284 (28.52%), Postives = 147/284 (51.76%), Query Frame = 2
Query: 779 RVGVCFIELTRRKLRLPESLQELCLDHSIEFVVIDMNKSLDEQGPFDVIIHK---VLEWYNQGEDVGEAKLKKLLMHAQANPKLVLLDSVQKTYELADRLHSMEILKQCEFSLNGVEVFVPRFAFVEKTDSENVMAIVNKHSLSFPLITKPPLTRFDAEAHDMSIIFSEHSIGDVMSPCVIQEFVNHGSKLYKIANADRSHYICERPSVKNLEAGC--EQTVYFDSMTVSKVNIHNKDLHDIDPNRQKFRTYIEDQSQCVLDQQIISELLRRIVKYSGLYFFGV 1615
RVG E +KL ++ ELC +E V +++++ ++EQGP DVIIHK V+ +Q + + + + A+P+ ++LD + L DR S E++++ E + + P F + ++ M ++ K+ L+FP I K + +H+M+I+F++ + + PCV+Q F+NH + LYK+ S+ + +RPS+KN AG ++++F+S VSK + L ++D K E S ++I EL R + + G+ FG+
Sbjct: 9 RVGYWLSEKKIKKLNF-QAFAELCRKRGMEVVQLNLSRPIEEQGPLDVIIHKLTDVILEADQNDSQSLELVHRFQEYIDAHPETIVLDPLPAIRTLLDRSKSYELIRKIEAYMEDDRICSPPFMELTSLCGDDTMRLLEKNGLTFPFICKTRVAH-GTNSHEMAIVFNQEGLNAIQPPCVVQNFINHNAVLYKVFVVGESYTVVQRPSLKNFSAGTSDRESIFFNSHNVSKPE-SSSVLTELD----KIEGVFERPS-----DEVIRELSRALRQALGVSLFGI 280 HSP 2 Score: 125.946 bits (315), Expect = 5.185e-30 Identity = 71/229 (31.00%), Postives = 124/229 (54.15%), Query Frame = 2
Query: 1652 ANPKLVLLDSVQKTYELADRLHSMEILKQCEFSLNGVEVFVPRFAFVEKTDSENVMAIVNKHSLSFPLITKPPLTRFDAEAHDMSIIFSEHSIGDVMSPCVIQEFINHGSKLYKIANADRSHYICERPSVKNLEAGC--EQTVYFDSMTVSKVNIHNKDLHDIDPNRQKFRTYIEDQSQCVLDQQIISELLRRIVKYSGLYFFGVDIIIDQETGNYGIIDLNYMPSYNG 2332
A+P+ ++LD + L DR S E++++ E + + P F + ++ M ++ K+ L+FP I K + +H+M+I+F++ + + PCV+Q FINH + LYK+ S+ + +RPS+KN AG ++++F+S VSK + L ++D K E S ++I EL R + + G+ FG+DIII+ +TG + +ID+N P Y G
Sbjct: 87 AHPETIVLDPLPAIRTLLDRSKSYELIRKIEAYMEDDRICSPPFMELTSLCGDDTMRLLEKNGLTFPFICKTRVAH-GTNSHEMAIVFNQEGLNAIQPPCVVQNFINHNAVLYKVFVVGESYTVVQRPSLKNFSAGTSDRESIFFNSHNVSKPE-SSSVLTELD----KIEGVFERPS-----DEVIRELSRALRQALGVSLFGIDIIINNQTGQHAVIDINAFPGYEG 304
The following BLAST results are available for this feature:
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