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transcript sequence >TCONS_00053634 ID=TCONS_00053634|Name=TCONS_00053634|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1257bp TTTAAGATTTCCAAACGattagaaataaaataaaacagaaaTATAACAGC AGAATAATAATGATGAAATACCATCTGGTATGGGTAACACTATTCTTGGT CCTGGCATTAACAAATCATTGTTCATCTTCGACCATCCTGGAAACGTTAT CAGTAGTTAAAACGAAGACAAGTTCTGGAGATCAAGAGAATGCGGTCACC ATGCTTATTGACCGGTTTTTTCCGGGACGTTCCGGTGAATTTGTTTTGAA GGTTAACGGAAGTACTTTTGGTGGATTGAAACATGGATGCTTTTGAATAC CAGTCGGATAGCCAAGGAAAAATCTGCGTCACGGCTACCAGTGGTGTCGC ATTAGCCTCAGGTCTTTATCATTACCTGAAGTATTACTGTAATATTCACG TCTCGTGGAGCGGAAATCAACTGGATTTAGCGAGCAAATTACCTGTGGTA GaacaaaaagtcaagaaaacgTCCAGTGATAGATTTCGCTATTACCAAAA CGTGTGCACTGTCAGTTATTCGTCCGCGTTTTGGGACTGGGCACGATGGG AGAAGGAAATTGATTGGATGGCGCTGCAAGGAATCAACCTTCCCTTGGCT TTCACAGGACAAGAAGCCATATGGGAGATGGTATATAAAGAAATGGGCTT GACGGAACCTGAACTAGCTGAACATTTTAGCGGAGCCGCCTTTTTCGCTT GGCAGAGAATGGGTAATTTAGACGGTTGGGGTGGACCACTTCCCACAGCA TGGAATCAAAAACAGCTTGCCTTACAACAACTTATCTTGAAGCGAATGCG TTCATTCGGTATGACTCCGGTACTCCCTGGTTTCGCCGGACACGTCCCAA AAGCCTTGGTTTTTCGGCTTTTTCCACAAGCTAAATACACGAATTCGTCA GTTTGGAATGGTTTTGGTGATCAATACCGGACTGCTTTGCTGGATCCTTT GGACCCACTTTTCAAGaaagttggcgtcgctttcattcaaaaacaaatcG AGATATATGACAGTACAGATCATGTCTATAACGGCGACGTCTTTAACGAG ATGTCTCCACCGAGTTCAGACCCTAAATATGTGTCCGGTATTAGTGCCGC CATTTATGATACGATGAAAACTGCAGACCCGAATGCGATTTGGTTGATGC AAGCATGGCAATTTTTGTCTGGATTTTGGAAAGATGATTTAATACAAGCT TGGTTAACAGCCGTTCCACTTGGTCGTTTAGTGCTTCTCGATTTAGCCTC TGAAATC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_233:102500..156367- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00053634 ID=TCONS_00053634|Name=TCONS_00053634|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=53868bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_233:102500..156367- (Clytia hemisphaerica) TTTAAGATTTCCAAACGATTAGAAATAAAATAAAACAGAAATATAACAGC
AGAATAATAATGATGAAATACCATCTGGTATGGGTAACACTATTCTTGGT
CCTGGCATTAACAAATCATTGTTCATCTTCGACCATCCTGGAAACGTTAT
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CTTTTTTAGGCAAAGGATGAGAAATTTAGTCGGTTGGGGTGGATCACTTC
CTCATTTCTCTTATCTACTGCATTTGATCATCTACTGCATCAGTCTTAAA
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GCTTGCCTTACAACAACTTATCTTGAAGCGAATGCGTTCATTCGGTATGA
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GAAAGTGAAAGTAACTGTTTATCTTTATGATCGGTGCGATTATTATGCTC
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AGAATGTATAAGATATGCACTTTAACTGAGTAGCTATGAAGTCTTGAAGA
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TCCACTTTATTCCATTATGGATTTTGATATTGGAGACGATAATGGCGTCT
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ACCTAAGTATCACTTGCAGTTTTAAAATTTGGAGAAAATTCCTTTTGTGC
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CTGAAAATCACAAAATAATACCTTTTCATAAATTACGTCACGAACATCAC
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AAAAGGGATCTCGACATTTTCTGAGGCTGTGTAGTGAAGATGTACCCAAC
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GTAACAACCTACAGTCGACTCTCTCTCTAATTCGATCTTCAAAAGACCAA
AAATTTTATTCGAATTAAAGAAAGATTCGAATAATGGAGGTTCGAATTAG
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GATAATCCGGAGTGGAATATTGTTGTAAAGAAAAAACTCAAAAAAGATCA
GAAAATAAATATTGAAAATGAAGAAGAAGAAAATCAATTTCTTCAATGAT
TTTGCTATGATTATCATTTTCACACGAGTGATTATTTTATCTTAGAACAT
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ATAATAGCTGCATTCTTTTTCACCGTCCATATTTTTATCTTAGAACATCA
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ATTCCACTCTGGATTATCTTTTTAACGAGAACAAAACTAATTCAAATTCT
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ATTTTAACCAAAAAACTGCAATTGCAACGGCTGAAATTAATCGTCGGTGA
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TGTCGCTTTATTTCTACCGATATAGTAACTGAAATAAGATTGAGCTTAAG
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CTAGATGGAGTGCTTTAAGCTCTTCCAAGCAAAAAAAAAGTGAATATCGC
CAAAAATATTGCTGCTATTGTTTTCGCTAACCTGCGAAGCTTCTGATTGG
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CGCCCAAAAGTGCATCGATATGAAATCATACTGAATCATAGAACTATTGT
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ATAAATCTCGGACGGCAATTTCTTACTCGATTTGCATCCCCTATATCAAA
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ATCCCTGTAAGAATGCAAGAAGCCAAAGTACTTATTCAACATACGAAAAG
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TTTAGTTAGGAGCATTGATTTGTTTTATGCTTATCAATTAAAAATACCTA
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CCTCCTAACTTTGAGAGGTTAAAAGATCTGGTTTCGTAGCTCTAAATGGC
TCGGGAGAAATGGAATGGAATAATCAATCTTTCTTCGACCTCCTGATATT
CAATTATTATAAAAAGCCCATTTTGTTTTTATTTTTCAAAACCCATTTCA
AAAAATGCTCGTCTTTCAAAAGTGTAAAAACATACCGACTTTGATAATGC
TCTTGGCATTCTTAGGCCAAATTCCATGATGATGGTATTCTTACCTTATT
CTTAATTTTTTTGCCAATTTTATCATAAGTATTCTTATAAAATATATTAT
CTGGATTTTGGAAAAAGTATGAAATTTTGTCTTGAAACGAAATGTTTGCA
CCTTTCCACCATGTAAAACCATTATTTCCATTTTCTCGTTTGTCAAATCT
ATGTCAAAAAGTCTTAGGTCTTGCATAACCCCCAGGGTTTATCTTATATT
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ACTAGCCGGTACCCGGCGTCGCACGCCGGTTTAGCTGTTTGCTGAACGCA
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GACGTATCTTTTAACCATATTTTGAAAAATATTTTTGTGGCAAAAATGAT
CAGAAAACAGAAAGGGCGTCATTCCCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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ATTGAATTCCTCTTAACTTTGAGAGGTTATAAGTACTGGTTTAGTAGCTC
TAAATGGCTCGGAAGAAATGGAATGGAATAATCAATCTTTTTCCGATCTC
CTGATATTCAATTATTAAAAAGCGCATTTTATTTTTATTTATAAAACCCT
TTTTTTTATGCACGTTTTTGCCAAAAGTGTAAAAAATAACGACTAAAATA
CTAATGTTCATGGCATTCTTAGGTTAAGTTCCATGATGATGGAATTCTTA
CCTTATTCTTTATTTATTTTGCCAATTTTATCATAAATATTCTCATAAAA
TATATTATCTGGGTTTTGGAAAAAGTATGAAATTTTGTCTTGAAATGAAA
TGTTTGCACCTTTCCACCATGTAAAACCATTATTTCCATGATATCGATGT
ATTTTAATTTTTCTTGTTTGTCAAATCTAAGTCAAAAGAATTTTGATCTT
GCATAACCCCTAGGGTTTATCTTATGTGAAACAGGTACGTCATTCTTTAC
TCCAATTGAGCAAGCATAATAACAGAGTATTCTCCACCAAAATAATAATC
TTGAGGAATGTTTTCATATCTCCACCAATTAACCTTAAGACTACGTCCGT
AAAATTCCATCTTCGAACACTTCTTCAAATCGTTTGGATGAAGAAGAAAC
ACATTTGCATTTCTCGGTAATCTTTTTTCCAATCCTTCAACTATTAGATC
AAAATCTTGTTCATCGTATTTACAGTCTTTTGCCTTTGATCCAAAAAACA
AATGTTCGTGATACTTTTTCACGTCCTTACAAATCAAAACAAACTTTTGA
TCGACATATTGTTTTCCATTCTCCATCGAACGTGACATATCTTCATACCA
CAATTTGTAATTTTTACCGACAAAGTCTCCTCTCCCTGTATTATAATTCA
CCAAAAACCTTTCTGCTCCTTCGAAAAACCTGTCAGGTATATTGCCCAAA
GGCTTCTGGACTTTTTCTTGCACAGCTTTTTCTGCACCTTCAATTTCTTG
TTTTTGATTAACTTCTGTTTTCAAATGTTCGAAATCATTTCTCAGGGCTT
GCACTTCATTTTCCAGTTTGCCTTTTTGAGTTTGCGTTTGATCTTTCAAC
TCAACTTTCAAACCTTCTATTCCATTTTTAAGTACTTGAACTTTCTTTTC
TAATTTGCCATTTTGAGCCTTCAAGCTGCCCATCTCATTTTCGAGGGCTT
GAAAGTCATTTTCCAATTTGCCATTTTGAGCTTTCAAGCCGCCCAAGTTC
TGTTTAAGGGCTTCGAATTCATTTTTCAGATCAGCTTCAGCGACTGTTTT
CTCGAGAGCTTGATTTTGAATTTTGAGTGTTTCGATTTCTTTTGCCATTT
GACCTCCATTATTTTTGTTTTCCTGCTGCGCCTTCAATTTAACAATCTCA
TTGTCATGTTTGAGTGTTTGTATCTCGTTCTTTAGAGCTTGGTTTTCTTC
TTTCAAAGAATTTTCAGTCAAGCTTACAACGACCTTCTCTTCGTTTTTCT
CCTGTTTCGCCTTCAATTTAGCAATTTCATTGTCATGTTTGAGTGTTTGT
ATCTCGTTTTGCATTTCAAGAGTTTTGATTTTGTTTTCCAAAGTCTCTTT
TTCATATTTCACTCTCAATTCAGCATTTTCTTGTTTCAGTTTTCGGTGTT
CTTCGTGAATTGTTCGTTCACGATCAACTGAGCTGTGTGCTTCATTCATT
TTTATTTTGTCCTATGGAGAAAAAAAAATTAAAAACCTTTAATAAGGATT
AGATGGTTTAATGCTTTTATTTGCTTCGTATATTCCTTCTATCTGCTATG
GTACTGTGGGAATTTCGCTAGAAAACTATTCTAGTTTAACTATTTTCAAA
ATATGAGATATCAAATGGAACAATGTTTCACTTTAGCAAGAAAATAAGAG
AACTTCAAAGTACCGTTCTAGCGAATATCATAATTTCGAATTCCGAAAAT
AGTTAGACAAATGAAAAGAACTGAACATTTTATTCAAAACTATAGAGCCT
GGAAGCCAAACCAAAAACCTCAATTATTCAGTTATCCCTTCTTAAGAAAA
TTAACTTGTGATAACAAGATTGAAGGTATATTCTTTACTAGCAGGCATAA
AGAAGATTTATGACTATAACTTTCGAAAAATTGAAGAGAAAAATATTTTT
CGCGATTATCTGGGAAAAAAGTGAAAAGTTTTAAATCAATATTGACTGTG
ATAATACGAAAACGTTTGTGGCCTTTAAGAGGAATCTTAGTGCTAAAGAT
ATGCTAATAATTCAACGACTTTCGTAAAGAATTTTTTCGCAGGTTTAAAG
TTTTACAAATCATTCTATTGAGAGTTTAGAATCTTATTTTGCAAATAAGT
CCAAAACTTGCGAAAATCTCAAAAATATTTTTTCGTGAAAGTTTGAACAC
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GGTTACAAGCATATAGACATATAAATTCATATGTCTATGGTACAAGGATC
GTTAGATAACAAATTCTAATTGGCACTCCAAATATTTACATATACCTTTG
TTTATAAGAACCCGTAGATTTTTAGATTTTTGTTTAGGCTCAGATTCGCT
TTTAGTCTCAATTTGTTCTTATCATCTTCTTATTTTTAGGGCGATATTGA
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TGGGCGGGGCTGATCAGTTCTTATTACATGCAAAGATGGGCCTCGTTTAC
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CAAGCATTCCCGGTCAAACCTGAAGGCGATATTCTACAAATCTCACAAAC
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GACGGAAGATGAACTTTGGTAAGATACATCTTTGGTTAACGTTTGAACGG
AATTGGATGAACCAGTCTTGAGAGATTCCATTTTAAGTTTTTATGACGTG
GTCGTTTATAACGTTTTAATCAGTTTTTGCGGTTTGTCGCGAAAATAAGT
GAAAAAACAATTAGGTTACATCAGGTAAGAAACTACATCATAGTACTCTT
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ATCATTTGATGAAGGATTGCCAAGTTTACAGGCCTTTTTTTAGTCCAAAT
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CCAAGCTCATAATTTTAGAAAAAACAAAAAATACCTCAACTCACAAAGTT
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TCAACAAGGGTTCACTCACAGGCAGTATCAAACAAACTGTACCCGACTTT
TTTAGTTGCACCAGACTCTAAAATTTTAGAAATTTTGTATGATGAGGTAA
AGGTTTTTTTCTAAAATTTTGAGTCTGGATACCCAGGCTAATGTTTTCAC
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CTTTTATGACATTTCAATTTTAATTTGGAAGAGTGGTTGAAACATAGATT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1575043694:156052..156367 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1575043694:156052..156367 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1575043694:153973..154191 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1575043694:153973..154191 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1575043694:151716..151980 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1575043694:151716..151980 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1575043694:150910..151153 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1575043694:150910..151153 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1575043694:102500..102546 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1575043694:102500..102546 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1510915933:156052..156367 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1510915933:156052..156367 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1510915933:154900..155065 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1510915933:154900..155065 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1510915933:151716..151980 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1510915933:151716..151980 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1510915933:150910..151153 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1510915933:150910..151153 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1510915933:102500..102546 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1510915933:102500..102546 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1491911889:153973..154191 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1491911889:153973..154191 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1491911889:151716..151980 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1491911889:151716..151980 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1491911889:150910..151153 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1491911889:150910..151153 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1491911889:102500..102546 | TCONS_00053634-exon-scaffold_233-1491911889:102500..102546 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_233 | supercontig | scaffold_233:102500..156367 - |
Blast
BLAST of TCONS_00053634 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ANAG (Alpha-N-acetylglucosaminidase OS=Homo sapiens GN=NAGLU PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 328.946 bits (842), Expect = 2.788e-104 Identity = 166/328 (50.61%), Postives = 220/328 (67.07%), Query Frame = 1
Query: 280 NMDAFEYQSDSQGKICVTATSGVALASGLYHYLKYYCNIHVSWSGNQLDLASKLPVVEQKVKKTSSDRFRYYQNVCTVSYSSAFWDWARWEKEIDWMALQGINLPLAFTGQEAIWEMVYKEMGLTEPELAEHFSGAAFFAWQRMGNLDGWGGPLPTAWNXXXXXXXXXXXXRMRSFGMTPVLPGFAGHVPKALVFRLFPQAKYTNSSVWNGFGDQYRTA-LLDPLDPLFKKVGVAFIQKQIEIYDSTDHVYNGDVFNEMSPPSSDPKYVSGISAAIYDTMKTADPNAIWLMQAW--QFLSGFWKDDLIQAWLTAVPLGRLVLLDLASE 1254
+D + ++ V ++GVA A+GL+ YL+ +C HV+WSG+QL L LP V ++ + + +R+RYYQNVCT SYS +WDWARWE+EIDWMAL GINL LA++GQEAIW+ VY +GLT+ E+ E F+G AF AW RMGNL W GPLP +W+ KQL LQ +L +MRSFGMTPVLP FAGHVP+A V R+FPQ T W F Y + LL P DP+F +G F+++ I+ + TDH+Y D FNEM PPSS+P Y++ + A+Y+ M D A+WL+Q W Q FW I+A L AVP GRL++LDL +E
Sbjct: 61 GLDTYSLGGGGAARVRVRGSTGVAAAAGLHRYLRDFCGCHVAWSGSQLRLPRPLPAVPGELTEATPNRYRYYQNVCTQSYSFVWWDWARWEREIDWMALNGINLALAWSGQEAIWQRVYLALGLTQAEINEFFTGPAFLAWGRMGNLHTWDGPLPPSWHIKQLYLQHRVLDQMRSFGMTPVLPAFAGHVPEA-VTRVFPQVNVTKMGSWGHFNCSYSCSFLLAPEDPIFPIIGSLFLRELIKEF-GTDHIYGADTFNEMQPPSSEPSYLAAATTAVYEAMTAVDTEAVWLLQGWLFQHQPQFWGPAQIRAVLGAVPRGRLLVLDLFAE 386
The following BLAST results are available for this feature:
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