TCONS_00063903 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00063903
Unique Name	TCONS_00063903
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	10541

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at scaffold_404:738827..785926+
coding sequence from alignment at scaffold_404:738827..785926+

transcript sequence

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TAGTCCACCAAGAAACTGTCCAAAACCAATTGAGGCTTATTCAAGAAAAG
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ATTTAGCTTCGAATGTAAGCTCTGCTGAAGTGAAGACTTTCACCAAAGGC
CAACCAGACTCGAATAATACTGAAAGAGAATCTGAAAAGTCGAATCTAAA
AGAATTGGCCAACCTCCCAGCAGAATTTGGATCAACGGTATTGAAACAGT
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TGAGGCTGACCAAGTCAAAACTACTATTTTAGAGATTGGAAAACAGATTC
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GTGAATGCATTGAAGTCACGATACACTGAATGTAGTAAACAATTGAAGAT
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GAGCTAGTGATATCGAAGAACAAAAGTTACTGCTTGGATTTGAACAGACT
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GATGTTGTTTTTCATAACTGCCACAGCTCGGACATCCACTTTGATTGCAT
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TTTGCAACTCGACGCTCTTACGCATGCGCAGTAGTAGGTATTTGGCTTCN
TGTTTTGATTACGTCACATTTAGAAGATCAGatttccaTCGTCAAAAATT
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AAACTAACAACTATGGAGAGTGTTAAAATCAACATCAACAAATATTCGAA
GCAAATTGAAGAATTCAAAACTGATGTCTCGAAGTATCTTCACTTGAATA
ATGAATTGAATCCACTCGTGGATAGTCTTGAAGTCAGGCTTGGTGAAGCT
CATCGTTTACATGAGGAAACTGTTAAGCAGTTACGACAAACTGaattaaa
agggaatttccatTTGCTTCATGAAGAGTTGAAAGAAAAAACCAAGACAC
TGGATGTACGGCTTAATGCGACTCCAGTCTGTACCGATGAAAGAAGTATT
TGCAGATTACAGAAGACACAACTCTCGTTCCAGAGTGAGatcgtttcatt
gaaaacacgcACTGATGACTTGAGACTGATTGCTGGTCAATTGGAAATGG
ATGAGGGTCACCTAGCAcgcgacaataaattagttggATTGGATCAAGAC
ATTCTGGAGTTGAATGAAAAAGTCAAACGAATGAAACTTACACTAGAAGC
TCAAAGCAAACTTCATTCCTTCTTCGAGGAAACCAAGAAGTTTTTAAAGT
GGGTTGAAAAAGTCACATCCAAAATTGAACGCTTATCACAAGAAACGACA
TTTGACCTAGAAAGCCGTCTACGTTCGTTATCTGATTTTCAATTACAATT
GAGCAATAAACGTGAAAATATGCTGGCACTTTCAGAACGTGGTCAAACCC
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GAAATCAAGACTGGATTGCAACGTTTTGAGCAACTCTTGAAGATAACGGA
AGAATCTTCATATAAAAATATCTCCTTCAATAAATTGAAGCAGAAATTTT
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GGGTTCGAGTTGGACGAGTTAAAAGAACGGTTTGAGTTGTTAAAATTTGA
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GAAGAACTTAACTCGAAAATAGAGGAGCTGACCAGGAAGTTGTCAGCGAT
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GGTAAAATGGGAGGAAGAGTTCATAGGGATCAAACAAGAATTCCACTGCA
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TTGCTCATTCAATGGAGACGCTGGCTCAAGAtttgcgaaaattgaaaatg
ttgattGATTCGAAAGAGAATTTACTGAATGAAGTGATGGACTTTCACGA
TTTTAAGAAACAATTGTCAGACCTCGAGTCGTGGATGGAGCGCACGTCGA
AACGCACGCAAGCGTACATGAACGATGTCACGGAGACGGTGTCACGTAAG
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GACGGAGCTGCAGCTTAAAAAACAAAAcgattttcattgttttaccAAAG
ACAATTTAGACGTGTTAACCAACTGTTGGTGTAGTTTTGAACGTAAGTGG
CATGCTTTACAGTCACAGGTCAGAATGTTGGGTGATTTAGTGGAAAACAC
GGATGGGTTGAACCACATTCTGAATGATTTTGATGCCATTGAAAGCTGGC
TGGACgaacaagaaaagaaaatatatttggaacCTTCGAATAAATTGAAT
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GACAATGATTCTACTGATATGACTTGTTCTAGTGAGGTACAGATCATTGA
AAAAGCTTTGCAGTTAGAAAACCAAGTTGAAGACACACCTTCAAATGGGG
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GAAACAACCGGTACCGATTCACTTCGAGATATTCCACAGACTTCTCCTTC
GAAACCAGATAAAGTTCTTATcggacttttgaaaaaatcgaGAACTCCGA
GTAACTCAAAGAAACGTGTTGTGTTTAGTACAACTCATGAATTCTCAGAT
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ACAACATTATTTCTATgaagatgacgatgatgattATGATAATTATGCAG
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ATTGTTTTCAGTGAAGAGGCGTTGTCTCCGTCATATTATCCCGAACCGCC
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GTTGGGATAAGGATTATTTCATTGCAAGCACAACAACATCG

protein sequence of Spectrin domain containing protein

>TCONS_00063903-protein ID=TCONS_00063903-protein|Name=Spectrin domain containing protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=2274bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_404:738827..785926+

Legend: exonfive_prime_UTRCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00063903 ID=TCONS_00063903|Name=TCONS_00063903|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=47100bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_404:738827..785926+ (Clytia hemisphaerica)
GTTGATTTGAAAGCTCTGGCTCACAATGTCAAGAGAAAAGCTAAAAAAGG
TAATTCACTTTATTTGTTATCAATATGTAACTTTTCAGATCGTTTAGATG
GTCTGCAAATTAGTAAATagtgattttttgcttgttatGATTGCACTGGA
TCAGTCACCAAGATAgttaccgtagagtcgtttaatctcgacatacgtct
tgcaatctcgacatagctgtaggctggtcttcgaaataaaaaatcaaaca
taaacaaatacataccaaagttatcaatcaatcactaaaatgtactctct
ctctatcacgaaatgtgaagtgttattacttatacttatatttgaaaaga
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tttagtagacatttttaccgtgaaccgaaaataataaaaagaccccggtt
tccttttgaatttaatgtgcccgccatactggccatcacggcGTGCGACC
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ctaatataagtgaatcaatcgaacgtaatcgaatacaatcgaacgtaacc
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CGTaaccactacatagaaatggcaactattgccttaacagGAAAtacttc
ccgaacgggaaggtgaaaaacttcccgaaatggaTAGAGTTTCCGAATCA
GGAAGTTAACCAGTTTCCCAATCAGGAATGTGACCTCTGCGCACTCCGGA
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CCgggtagttaagaaatccaccgggtaatcgcttcttaattctactttcc
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ACGTCATTTTTTTGAAGCCTCTTCAGCTTCAGGAGAATGTGTTtttctat
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GCAAAGAAAACTGTTTGATAGCCAGTCAGCCAAAATGACCACGTGTTTTG
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GAGAATTTACTGAATGAAGTGATGGACTTTCACGATTTTAAGAAACAATT
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GTAAAGAACTGGGGTGTCTCGAAGATTTTTTCTCCGCATTCGGGAGTTTA
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GATGAAAAAATCTTCCAAAAGTTAGCTTAGGGAGCAGAGTAATTTATTGA
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Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_404:738827..785926+

>TCONS_00063903 ID=TCONS_00063903|Name=TCONS_00063903|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=6822bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_404:738827..785926+ (Clytia hemisphaerica)
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tcaGCCATTAACCATCACCGAAGCTTTGAGTATATCTAAATCATTGAAAA
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CTGAAAGAGAATCTGAAAAGTCGAATCTAAAAGAATTGGCCAACCTCCCA
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AAGACTCCAACCAACTATTTACGCTTTATTCTGAGGCTGACCAAGTCAAA
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GTGGTTGGAGAGCACCAGGGCTGAGCTGAATCATCTATTGGATACGGCAG
TTGATTATTCGTCAACTTGTTTGAGTATTGGAGATCTAGAAATGAAGAGT
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ACAAGACTCGAAAGACCAAAACGAAAATGATAAGatgaaaaaGCAATTAT
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GAACGCTATTGGAAATGCTCTTTCATCATTACAGGAACGCGTTATGTTAT
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GACGAATACTCCAACATATTGTCATCAGAAAGAATGTGTACCAAGCAGAT
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TTCTGGACAGCAAAATGAACCATATCGGTGAATTGATTTCGAAGCAGAGG
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AGAGGTGAAAGAATGGCTGGAAACAACGAAGAACAGTCTGGAAGATTCGT
CAGCTATAAAAAACATTAAGATTGCAACAAGAGGTTTGTGCTTGATCAAG
TCTCAAAAAGTTGTAACTCTGGCCCAGTACGAAGAACTTCAGACACTCCG
CAACTATCTATTGGAAAATAAACATGCCTTGTATCTGGAAAACGAAATAG
AGACTGACAAAGAATCGCCCATAGCGTCATTGGATGATTTAGAAGAACTT
TGGAAACAACTTGAAAAATTGACTGAGAAAAGAGCTAGTGATATCGAAGA
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ATTTATTCATTATCCAATCAGATATCGTAGATTTGCAACTCGACGCTCTT
ACGCATGCGCAGTAGTAGGTATTTGGCTTCNTGTTTTGATTACGTCACAT
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GGATAGTCTTGAAGTCAGGCTTGGTGAAGCTCATCGTTTACATGAGGAAA
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CATGAAGAGTTGAAAGAAAAAACCAAGACACTGGATGTACGGCTTAATGC
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TTGAGACTGATTGCTGGTCAATTGGAAATGGATGAGGGTCACCTAGCAcg
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ATGGAGATAAAAGGTTTATTGTCTTCGTATGATGAACAATGGACTGAATT
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aatatatttggaacCTTCGAATAAATTGAATGATTCTTTGGACGAGTCGG
GTTTtgaaaatggttttcttgagaATGCACTTTCAAATCAAAACGAACTT
GAAGAATTTTTGAAGATACAAGACGAGAAAGTTCGATCAACTTGCGATAA
AATAGATTCTTTTAAAATGGTGAAAACTGGTGACAATGATTCTACTGATA
TGACTTGTTCTAGTGAGGTACAGATCATTGAAAAAGCTTTGCAGTTAGAA
AACCAAGTTGAAGACACACCTTCAAATGGGGGATTGGATGATTCAGAACC
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CACTTCGAGATATTCCACAGACTTCTCCTTCGAAACCAGATAAAGTTCTT
ATcggacttttgaaaaaatcgaGAACTCCGAGTAACTCAAAGAAACGTGT
TGTGTTTAGTACAACTCATGAATTCTCAGATTGTGTAACCATTCAACAAT
TCTCTAAACTCAATGACGAGTATGAACAAGAACAACATTATTTCTATgaa
gatgacgatgatgattATGATAATTATGCAGATGGTAATTATGCTAATTA
TGTAGACGATGACCATTGGGAGGACGATGGTATTGTTTTCAGTGAAGAGG
CGTTGTCTCCGTCATATTATCCCGAACCGCCCGAAGAATTCCTTCATTTA
TCCGATTCGGATGAGGATGAGGACGATGATTGTTGGGATAAGGATTATTT
CATTGCAAGCACAACAACATCG

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_040058	XLOC_040058	Clytia hemisphaerica	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
Spectrin domain containing protein	TCONS_00063903-protein	Clytia hemisphaerica	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_404	supercontig	scaffold_404:738827..785926 +

Expression

Values :

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Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR018159	Spectrin/alpha-actinin
IPR002017	Spectrin_repeat

Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
GO:0005515	protein binding

GO Annotation

GO Assignments

This transcript is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
molecular_function	GO:0005515	protein binding

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00063903 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SPTB2 (Spectrin beta chain, non-erythrocytic 1 OS=Homo sapiens GN=SPTBN1 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 360.147 bits (923), Expect = 2.761e-99
Identity = 209/534 (39.14%), Postives = 317/534 (59.36%), Query Frame = 1

Query:   73 QRDRVAELKTERIKLQQKTFTKWMNAFLEKSGSGAENIFIDLADGVLLFKLLEEISGDKIGNALRGKQRIHKIENVSRVIQYLKKS-VKIESIGPEDIVDGKEELILGLIWTIILRFSIKDIQDQTGPGK---SIKDSLLIWCQNKTKGYAGVDIKNFTTSWRNGLAFNALIHAHRPDLFDYDTLAGKSNLKNLSHAFTLAEEKLGIKKILDPQDIDVMRPEEKSIMAYVVLMYQYFAKAKNEKTSEKRLVKFVSELQRINNMREDYEHNLSEMLAWIKVKSEEL-KRPLADTPQELKRDIHRFKQFRNNEKPARYSRWVDIEAHFXXXXXXXXXXXXKCYQPPNHLLLCNIQKEWSILEVAEHQRDLMIRQELSRHDRINQLLKRFAQKARLRETWLNDKCTLIDNDK-SFNEIAQQEVKTHSRRLQGMETDIKAQQIRINKLNQLVEEIKALRYHDVNSLVNRVQKLQSFWCNVSKKITAKKKTLN---SLQKVVAVLDDINNLNSDLKQFSLLIRKDPPYTNIMDVEVLLQ 1647
            +R R+  L  ER  +Q+KTFTKW+N+ L +      +++ DL DG +L KLLE +SG+++    +G+ RIH +ENV + +Q+LK+  V +E++G  DIVDG   L LGLIWTIILRF I+DI  +T   K   S KD+LL+WCQ KT GY  V+I NFTTSWR+G+AFNALIH HRPDL D+D L   +   NL +AF LAE+ LG+ K+LDP+DI V  P+EKSI+ YVV  Y YF+K K      KR+ K +        M E YE   S++L WI+     L  R  A++   +++ +  F  +R  EKP +++   ++E     ++   +AN QK Y P    L+ +I K W  LE AEH+R+L +R EL R +++ QL +RF +KA +RETWL++   L+  D   F+  A   V+  +++ + +ETDI A + R+  +  +  E++A  YHD+  +  R   +   W  + + + A+++ L     LQK+   +  I +   ++K   +L+       +++ VE LLQ
Sbjct:   41 ERSRIKALADEREAVQKKTFTKWVNSHLARVSCRITDLYTDLRDGRMLIKLLEVLSGERLPKPTKGRMRIHCLENVDKALQFLKEQRVHLENMGSHDIVDGNHRLTLGLIWTIILRFQIQDISVETEDNKEKKSAKDALLLWCQMKTAGYPNVNIHNFTTSWRDGMAFNALIHKHRPDLIDFDKLKKSNAHYNLQNAFNLAEQHLGLTKLLDPEDISVDHPDEKSIITYVVTYYHYFSKMKALAVEGKRIGKVLDNAIETEKMIEKYESLASDLLEWIEQTIIILNNRKFANSLVGVQQQLQAFNTYRTVEKPPKFTEKGNLEVLLFTIQSKMRANNQKVYMPREGKLISDINKAWERLEKAEHERELALRNELIRQEKLEQLARRFDRKAAMRETWLSENQRLVSQDNFGFDLPA---VEAATKKHEAIETDIAAYEERVQAVVAVARELEAENYHDIKRITARKDNVIRLWEYLLELLRARRQRLEMNLGLQKIFQEMLYIMDWMDEMK---VLVLSQDYGKHLLGVEDLLQ 568

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00063903 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00063903 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
SPTB2	2.761e-99	39.14	Spectrin beta chain, non-erythrocytic 1 OS=Homo sa...	[more]

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TCONS_00063903 (transcript) - C. hemisphaerica