TCONS_00068681 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00068681
Unique Name	TCONS_00068681
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2646

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_487:11980..20556+

transcript sequence

>TCONS_00068681 ID=TCONS_00068681|Name=TCONS_00068681|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2646bp
TCAGGCCCAGGTAAAAAGAagataaattaaaaatatttaaagtaaaaact
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_487:11980..20556+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00068681 ID=TCONS_00068681|Name=TCONS_00068681|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8577bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_487:11980..20556+ (Clytia hemisphaerica)
TCAGGCCCAGGTAAAAAGAagataaattaaaaatatttaaagtaaaaact
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ACTTTTCACAAGATTATTTTAgaaattcatgtttttttttcaatggattt
tgattttgtgtaaaaaatggaaaaata

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_042847	XLOC_042847	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_487	supercontig	scaffold_487:11980..20556 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
2.54247	2.13612	0.832293	0.509968	2.85538	0.863502	0.0388756	0.000156019	24.5894	24.3761	21.0039	19.8668	29.095	28.625	22.0672	19.1067	23.005	21.3307	17.0979	20.2081	24.3356	26.6814	23.8929	24.1923	0.0749023	0.906194	31.6735	29.3762	32.2446	31.16

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00068681 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: IMA4 (Importin subunit alpha-4 OS=Homo sapiens GN=KPNA3 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 661.759 bits (1706), Expect = 0.000e+0
Identity = 338/517 (65.38%), Postives = 409/517 (79.11%), Query Frame = 2

Query:   74 PSKPGERQKLFKNQDKDTESLRQRRNEVSVVLRKAKREEALQKRRLVPN--TPEDDEKYNKF--MDASLQMIVENAAHGDPATRLSAVQAARKLLSKDRHPPIDELIKSGILPILVECLQFDDNASLQFEAAWALTNIASGSSAQTQAVVHAGAVAHFMRLLESKHQNVCEQAVWALGNIIGDGPVLRDFVIRHGVVAPLLTFIDPNVPLTFLRNVTWVIVNLCRNKEPPPPMETIQQLLPALGVLIHHNDLDILVDSVWALSYLTDCGNDHIQAVLQVGVVPKLVSFLTHTEIRLQTAALRAVGNIVTGTDEQTQSVLNNGALGQFPSLLSHQKEKIRKEAVWFLSNITAGTEEQVQQVIDAGLIPFVIKALTEGEFQTQKEAAWAISNLTVSGVPGQVAYAVQEGCIPPFCNLLSVQDPQIIHIVLDGLTNIMKMAGDDVEKXXXXXXXXXXLDRIEVLQNHENPDIYKLAYQIIEKYFSNDVENEDETVVPEQNPQGQYQFNAKAS-ETSKFSL 1609
            PS    R K FKN+ +D E++R+ RNEV+V LRK KR+E L K+R VP   + ED +    F   + +L+ I++NA   +P  +LSAVQAARKLLS DR+PPID+LIKSGILPILV+CL+ DDN SLQFEAAWALTNIASG+SAQTQAVV + AV  F+RLL S HQNVCEQAVWALGNIIGDGP  RD+VI  GVV PLL+FI P++P+TFLRNVTWVIVNLCRNK+PPPPMET+Q++LPAL VLI+H D++ILVD+VWALSYLTD GN+ IQ V+  GVVP LV  L+H E+++QTAALRAVGNIVTGTDEQTQ VLN   L  FP+LLSH KEKI KEAVWFLSNITAG ++QVQ VIDAGLIP +I  L +G+F TQKEAAWAISNLT+SG   QV Y VQ+  IPPFCNLLSV+D Q++ +VLDGL NI+ MAGD+   I  IIEECGGL++IEVLQ HEN DIYKLA++II++YFS D  +ED  ++PE    G Y F+  A+ +T +F+ 
Sbjct:    5 PSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLEDSDVDADFKAQNVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILVKCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCEQAVWALGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVIVNLCRNKDPPPPMETVQEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVPLLSHQEVKVQTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQVQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQNVIPPFCNLLSVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAGDEASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHENEDIYKLAFEIIDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF 521

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00068681 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00068681 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
IMA4	0.000e+0	65.38	Importin subunit alpha-4 OS=Homo sapiens GN=KPNA3 ...	[more]

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TCONS_00068681 (transcript) - C. hemisphaerica