TCONS_00023629 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00023629
Unique Name	TCONS_00023629
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3086

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000457:200119..219893+

transcript sequence

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>TCONS_00023629 ID=TCONS_00023629|Name=TCONS_00023629|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=19775bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000457:200119..219893+ (Clytia hemisphaerica)
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AATGCGACTTTTCTCAAATATTAGCGATAGCAATGAACCGCACTCACCTA
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ATTGCGGTTTAAAAAATCCACACGTGCGCGTGGAGGTTTAGTCTTCCTAG
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ccttttctctagctgtcttTTTCCCCGTGCTAGTGTGCTCCTAGAGTGCA
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GTTTAAAAAATCGACACGTGCGCGCGAAGGGCTTAGCCTTCCTCGTAGAA
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TTTGCTGTCAGATATGCGAGAGGTTGAGAAGAGGATCACACAGTATTTAG
AACATGCAGAAATTGTTCACCCTGTCCCTATCGCTGAAGCTCTCATAACT
GCACGACTGTAAGTCTTTTAATATTATTCGCAGGGCATCAAGCAACTGCA
TATTATGTCTGGTTGAAAATCACAGGGTAGCATGGAAATCACATGGCTTA
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TGATAAAGTTTGGAACCTTTGAGCTCTTTTTTGAATATATCTGATGGATT
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GTATTTTCTTAAGGGAAATGTTTTATCGACCAGGTAATTAGAATCTCCCT
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CAAGAGTACATTCCGCTCTTTGTCAGTATCAAGATTACCGCTGCCTGATT
GCGAAGATACCAATGGGCTCGTCTTCAACGcccatctcaaaaatcgaaat
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GAGAGCCAAACGACTTATACTTCTACAGTCcatttccacgcgaagatttA
GGTACTTTGGTCAATAAGTGTACAGTAAAGTCTCCATTGCCAGACACCAT
TACATGCTTCCCTATATGGGGACAGCTAATTTCAAAGTACAGTATTTATC
TCCAGACAAGTCAAAAGTCGAATTAAAGCGAGAGATCGAAAAATGAATTA
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AGAGAGTGAGGCCATTTCTGTGCCAGTCAACAAGTTGGTTTGTACTGCAA
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CTTTGAGTCATTTCCAAGCTGAAGTTTTTTTTCTCGGTTATTTGAATAAA
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CTTGCCCCTCCAAAAAAATGAACGAAGGGCTAATACAACCTTATAACTTG
AAGATACTAGAAAAAATGTTCTAATCAAGGACAATTCGAGTTTTACAATT
GAATTCTTCGCGTGATATTTATGCGTTTTTTTCTCTCATAGTATGGATCG
ATGGCAAAGAATGGAACAACGTTAAATTCTTTTCACTTTCACACCAATGG
CCAACACACATCAAACAATTCCCTATTGGTCTCTTCTTAAACTATGGCGA
TGTTGACCAAACGTGATCCTTGCAACTCTATGACGAGAGAGTTCTGATGC
AGGTGGTCATGAAGGTTTTCCACTATTGgactaagggtaccttttcattT
GAAGActggattaatttttttttcagctcGCTGAGAACCTGAAAATAAAG
TGGCTGCACTAATCTGTTGACAGATTGTGAAAAAGCGCTGACTTATAGAA
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ACATCCCTGTTAAgggatgtttttattttgaaaaactacaattttttacG
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ACAACTTTTATTACcaacaagttttattttttatttaagaaaaaaaggtT
TAGTAAAGTGTATTTTGTAAATAGATAGTAATTACATGGAAATTTAACAA
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GATCTAATCCCTGCCCTAATAGAAA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_013273	XLOC_013273	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000457	supercontig	sc0000457:200119..219893 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00023629 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PACS2 (Phosphofurin acidic cluster sorting protein 2 OS=Homo sapiens GN=PACS2 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 233.417 bits (594), Expect = 7.324e-64
Identity = 149/431 (34.57%), Postives = 236/431 (54.76%), Query Frame = 1

Query: 1198 DPDSLFKEPVSRYQDQLLSVFGTDDKLPDHMLMVAIKDDFCQNLAMKLKARIGTVLSTTCMADVQATIAAVINKFQKYCSRHSTSPPPLRIGVMGPESYVRHVLKTYVEHFSNKPQDYQSFVRFLIIPTAQNKVSNYLSSIDMKYNSLFMDQFWKNVF--LQPYLSEQDMREVEKRITQYLEHAEIVHPVPIAEALIT--ARLPEESDSSQFFLPFVTEVRMGCNEAPVHDVDSDSGGAKDSTISMESKGSSSLTSSPRSVEASDPRS--------------PSLSGHCYSENLDLMVDYWPLTNTXXXXXXXXXXXXXVNKMTIKSTFRSLSVSRLPLP-DCEDTNGLVFNAHLKNRNKGVKRLMTK-RDKESEAISV---PVNKLVCTARNSGHTFNVWIDGKEWNNVKFFSLSHQWPTHIKQFPIGLF 2421
            D  S  + P     DQL  +  +DD+LP+++++V   D   Q L+  L+     V+ T   ADVQA  + ++++ Q+YC+ +S  P P++I V G + Y+  +L+ +VE  S+K  D+  ++RFL+IP   + V+ YL S+D +YN+ F D  W+++F  L+   + QD  ++  RITQY+  A   H +PIAEA++T   + P+E +SSQ F+PFV  V++G     V    + SG + D+  S    GS +L+S+P S   +   +               S S    +E + L VDYW     +  +  +++K   V K T+K TFRSL VSRLP   +   T  +      K +NK V  L  K +DK+ E+ S     +++L+CTAR   +   V IDG E ++VKFF L+ QW +H+K FPI +F
Sbjct:  461 DARSQLQIPRKTVYDQLNHILISDDQLPENIILVNTSDWQGQFLSDVLQRHTLPVVCTCSPADVQAAFSTIVSRIQRYCNCNSQPPTPVKIAVAGAQHYLSAILRLFVEQLSHKTPDWLGYMRFLVIPLGSHPVARYLGSVDYRYNNFFQDLAWRDLFNKLEAQSAVQDTPDIVSRITQYIAGANCAHQLPIAEAMLTYKQKSPDE-ESSQKFIPFVGVVKVGI----VEPSSATSGDSDDAAPS----GSGTLSSTPPSASPAAKEASPTPPSSPSVSGGLSSPSQGVGAELMGLQVDYWTAAQPADRKRDAEKKDLPVTKNTLKCTFRSLQVSRLPSSGEAAATPTMSMTVVTKEKNKKVMFLPKKAKDKDVESKSQCIEGISRLICTARQQQNMLRVLIDGVECSDVKFFQLAAQWSSHVKHFPICIF 882

HSP 2 Score: 152.14 bits (383), Expect = 1.899e-37
Identity = 118/317 (37.22%), Postives = 182/317 (57.41%), Query Frame = 1

Query:   94 SPSCIARSCCLRVVRLQVFKALESELKALVICVAMQGSRRSLRSDQIPVLPSGTLDVELDLLFTLQYPHFLKRRENHLQITLQRRKKYRNRTILGYKNLAVGRVNMAQVLQ--GWFSKELHLYTKDKKSPV--ATLTIATMSSDPIXXXXXXXXXLAGGAXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXAG-------EMERDEYS-------RQQMRRSKAQSR--NLKQKIVQALFKKLKASXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXYFXXXXXXXXXXXXXXXXXXXIASAKRPGLRPYFD---HSKSQTTLN--QTSLTHEE 969
            SPSC+ R C L + +L VFK LE EL ++VI V MQGS+R LRS +I + PSG ++ +L L F+LQYPHFLKR  N LQI LQRRK+Y+NRTILGYK LA G ++MA+V+Q      + L L +  K++PV  A + IA++SS PI      D  +  G   +S+D   +++  S   +  A        +++ D++        R+ + R+ + +R  N KQK+V AL ++ K S+  L+  Q   +       + + LY  ++     +    ++D+ S+ S  +P LRPYF+   HS SQT +    ++ +H+E
Sbjct:   34 SPSCVPRLCSLTLKKLVVFKELEKELISVVIAVKMQGSKRILRSHEIVLPPSGQVETDLALTFSLQYPHFLKREGNKLQIMLQRRKRYKNRTILGYKTLAAGSISMAEVMQHPSEGGQVLSLCSSIKEAPVKAAEIWIASLSSQPI---DHEDSTMQAGPKAKSTDNYSEEEYESFSSEQEASDDAVQGQDLDEDDFDVGKPKKQRRSIVRTTSMTRQQNFKQKVV-ALLRRFKVSDEVLDSEQDPAEHIPEAEEDLDLLYDTLDMEHPSDSGPDMEDDDSVLSTPKPKLRPYFEGLSHSSSQTEIGSIHSARSHKE 346

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00023629 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00023629 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
PACS2	7.324e-64	34.57	Phosphofurin acidic cluster sorting protein 2 OS=H...	[more]

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TCONS_00023629 (transcript) - C. hemisphaerica