|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00025545 ID=TCONS_00025545|Name=TCONS_00025545|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1867bp
aaaacgTAATAATGCCATTGAATCGAGTTTTAAGTTTCAGATCCGTAACA
AGTTCAATCGTATCACGAAAATCCAGTGCCAAGAGTGTCGGAAGTAATCG
AAGTAAAGGCACCAGTCGATCTTTTACAACCACTCGTAGTTACACTACCA
ACCGTAGCAATGGAACTGTTACATCCCAAAGCAGCTACATCAAGAAAAAT
TCCGGAAATTTTGACGGTAGTAATGATCGCTCTCGCCGAAAATCATCGTT
GCAACGAAAATCATCGGCTTCGAGCCGTAGAGAACAACTCATAGCAGATT
TTTATCGAGATTTGGAAGAACTAGACGAGGAACGAAGTTGTTCCGACTCT
TccgatgatgaaaatgatagcCGCGGAAACGGAAGTCGGaatcgaaataa
aaagaaattaaagaaaggACGAATAGAAGTAGAGGAAGTCAAAAGTCATC
AACGTGTCCAAGAATATTTGATGAAACTCGAACATACAGAACCCCCGGAA
ATTTTTGAGGAGGACGAGGGAATTCGTTCGGATATGTCAGACGGTAGATT
AGGCTCGTCTTATAATAGTAACTACAGTAACGATATCCCTATGGAAACTA
ATAAAAATGATAACAATAATGGCGGACGTAAAAGTGAACCGAGATACATA
AAACGACCGAACCCTCCCGATAATATGATCGCTGATTTGGAAGATTCACC
GAGAACGCACCGACTTAAAGTTCGGGACGAATACCGAAAATCGCGAAACG
ATAAACAAGACTCTAATAAATATGACGTCAATAAAAATAACGTCGGAAAG
AAAACTCGTTCTGCAAATTACACGCCTCGAGTGTTACCCCAACATCCAAA
AGAAATCGAACTGATTGATAAAAATTTACGTGAAAGTTTTAATAATAAAC
GAAAACCGAGTAATAACGACTATAAACGAGTTTCGGTTCACGAAGACTTA
TATATGAACGATAGTGGTAGCGAATCATCCTGTTCAACAGATTCGGCACA
CGGTTCAACTCACTCCATCTCTACCGTTAGTTCCATCTCAGTAGCAcaga
aacaccaaaacaaacaaattcatCAGTTAAGTTTTAAAACAACGGTACCC
AAAAATTTTATACCAggacaacaacaaaaacatatACTGGACTCACAACG
TAAAAAGACAAATCGAAAACcgaaaaaagtttcattttgttTCAGAGGTA
TTCCTTTCAGAGTTTACAATAATACACCGAGAACTCATAGGGCGTTAGCT
CACGCAGGGTGTATTGCCCTCATTATTCCCGCCCCTGGTAATCACAAATG
TAGACATTAACTTTTCGctatacacgtctttttttttaaagaaactagtt
ttaccaagcagcctcaatgtttcttaagaaatcggccttttgagctttaa
atgtttcttacatgtttctaaactttttgacataattagccttggaaggt
tcttataaaaaaacgaattaaaaaatgttattttctcattctcagcctca
gcatgtttcttagatatttcttagtttttaggcattctgagcctcatgtt
tcttaaaagtgtgtttcttaaaaaaaaaaagacgtgtagaAGAGTATTGT
TTAAATCATATGATGTTGCAATGTTGAACCAAAGAACATGGGCTTCCTAG
CTCGGACATTATATTTGTACTGGACTGGtttaaattattcaaaatagtat
tttttttaagttttgtgaATCTTAATTAAAACGCACTTTTAGTTCtgttc
aataaaaaaacttctttttttaagaaaatgaagacaCAAAAATGACCTAA
AAAGAGTCCTACTATTGCCTTCTTCAAAAAGAGTTTTCTCTAGAGTTCAG
GCCTAGAATACACGCAT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000539:79867..88323+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00025545 ID=TCONS_00025545|Name=TCONS_00025545|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8457bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000539:79867..88323+ (Clytia hemisphaerica)
aaaacgTAATAATGCCATTGAATCGAGTTTTAAGTTTCAGTAAGTATTCA
TTATGTCAAAGATGGTCAAAGCAGGTTTATCAGAAAATGAACTAGAATGT
TAAGCAACCCTAGACCTGACCCGAAAATttgagttgcttataaaaaaatg
tacaggtcatttttagccgtttttttcaCCATCTATCTCGTCAAGTTAAA
GCTTTCTAGATCTAAGTATTGCAAACAATAgccataaatatggtataata
ttaggGATGGTCAAAGCAAGTTTTTCagcaaatgagctagaatgcttagc
aaccccagccctgacccaaacatttgcttataaaaaatgtgtgctgGAAA
GCTTGCCTGAAACCATGCATGTAAACCTAAAgatgaaaaatcgaaatgaa
aATTCGCTCGCTCTTTCGTAACGAACTACAGTATTcctattttaaattat
tttctttagaaCCCAACCGTGCCTTAGAGAGAAGCGAAATATCaacaaaa
aagatgaaaattatcTTCAAcccataaaaaagaaaaaaacaagctGGGAT
TTCATTGGgcgaaaatatatattttataaattcaaatggggtgttttaaa
atttttagcaGTGTGAACcaaattaattcaaaaattatagctGGAAAAAC
AACTCCGTGGACGACTTGAGGCAGAGCTATTAGAAGTTCTCATAAAGTGA
CGAGCTTGAGGGCATGGTTAGGTGCTGAAAATACCACTAAAAGACACTGG
AGAAGGAATTATAAGACTATTTGTGCACGGAGATTTCAAAGTCGGAAAAC
TTTCTTTAATTATATTCAAACTTTGACCGGCTATCATTAAAAACACGTTA
GCTTTTGAATTATTGCGACTAGGTATTTCCTACCATTATGGATTGGCCGT
CGTCAAGGAAAACATTAGAAACGATGGAAAAACGAATGAATATTAAGAGA
AGGCATAGCTATACAGGTAAAGTCTGTTTTAGATAAATTTGAAGtagatt
tattttgaaacatTGCATTTCCCCTTAGCTTACCTTTCCAacgcgcaaca
ttttttgaaaatatgaaaatttccagCTTATTTTTTTACATCCAAAAGTT
CAAACTAGCATAAAATATTGTAACTTGGGAGTTAGAcaatggttttggta
ccattaaTTAGAAAGGTATTTTAGGTATTTTAGGTATTTTAATCCCCTTT
TAAAAGCATTCTAAGCGTTTATACCCTTTTAATtaaagtggtcaggagtt
atagtCTGGGGAGTCTGGGACTCGATATTGGCGAACGTTTCTCAGGTTTG
AAGGGTTAAAAGACAAATAgatgaaattaaaaatacaaTACCTCGCTCGA
AAGATAATTTGAGTGaatgaatttgaaagatttttgatttttaagaaaag
gaaagaaaaaaaaaaaagatagtcATGTTTGAATTATCAAATCGAGACAA
AATCAGCGTGGGAAAATTGGCATCTAGCTTAGCTGAATAGTTAAATTCAC
ATCTCATATTCTATTTGATAATAAGACAATTATGAAAGAGACTCTGTAAC
CATATGGGTTATAAGTAATCATACTAGACCCATTAGCATGTTTGATAATT
AATTAGTAGGCTCtaattgaattttaaaagaGCTTATTTTTCTCGTCACG
CCACACTTGCAGTTGTTGATAAACATATTAAGTCTAGGATGCCTATCTAC
AAATTGTAGATTTTATTGAACANCGCAGTTGTTGATAAACATACGAAGTC
TAGGATGCCTATCTACAAATTGTAGATTTTATTGAACAGTTTTAAGTGTG
TGAgtgtcaaaatatatttttgtaagTTGACAAATCTTATTTGTTTGTCC
TTGGGATACATAAAGCCATATTCATCCACTCGAAAAAATTCTAATCATTT
CCGAATCAGCTTGAGAAGTTTTGAAACCTCAATTTCTATATTTTCTAATA
ACCAGTGGGTAATGAATTGATCAAATTTTGCTATTTCCGAAAGGGCTTAA
GGGTCAAGACACCAAAATATAGCTCCTAAAAATCTACTTCCGAATCAACT
ttaaaaaatccaaaacctcTTAGTGAATCATTCTTGACCATAGTGACAAC
TGCTTAACCATTAATAAAAGGGTAACGTCTCGaaattggatgaaaatttc
gtcacttgcCTAAAAATCTTGTctgtcacttttccccgattAGGATTCTT
TATTTATCTTTAAGCCTTCACACCTTCACTTTTATAAGCAAACCCAATTT
TCTTCGGCTCAGGGCTGGAGTTGCTAAggatttttcagatttcagccaaa
aagttGCCTATgcattttgagccaaaaattcctagtatcttaaaaatttt
tgggtttttatctcattttatgTCCAAAGTACTTCAAATTTGGTATCTAA
ATACCATCGGTACCAAATAATGCCAACAATGCCTCTTTTTTAGGAATTTT
CGGTTGCTTACCCGGCTCATGCTCAGGTTCAGGACTAGGTCGTTATGGCC
AAACTGCTTAGTTTTTAGGCCATTCTCAAGGCTGGACCCTTAGCAACTCG
ATTGCTTGtgttaaactaaaaataaattttcgacAATCCTTTACACTTTA
GTCTTTACCACAGTATGTCAAATAAATATCTTGAAACTGTCTTAAATTTT
GTTTACTCAAGTTTGAGCTGTCTCAAcaatattgcaaatttacaatTTCC
GAGTCACTTAAAAACACTTATAAGGCTCTTGAGCCTAAAATCTTAACCAC
AGACTTGCAGAAAAATACATTAGATTGCGGGATTTTCCATTTATTTAGAC
ACTCATCGAAAAGAATATTTCCGGAGTAGTTTAAGGAGATACAACAAAAC
TTGCACGAAAATAAGCTATAATACAtggtattcatgacgtaatgttttct
acggaagtaccccggttttagccagtagtggcaaagttaaaatagacaaa
agttgtataaaatttgccactgttgccaaaaaccggggtctttccgtaga
aaacattacgtcatgaatattatgAATAGGGTTTGGNTTGTTgccaaaaa
ccggggtctttccgtagaaaacattacgtcatgaatttATTATGAATAGG
GTTTGGGTTATGCAAACCCTGGGTTATGGGTGAAGCCTGTTAAAAAATCG
ATTCTCTCAAAAGACAAATAAAATATAAGACCTCAAAAAATTTGTTTGGA
ACATTTTAGCGACagataaacaaaaattaaatccacgcgttATTTTCgta
aaacacattttaaacactaTTTCGACGTTTAAGAGGCGTGATGgctgaaa
ttaaatccacgtgaGAGATTTCAGAAAATACAGGTTCGCAAAAATATGAT
CCAGAAAATTTCtctaaatttaatttgattaaattaatCAACTTTGATTG
GTACAAGGTACTGGACTCAACATTACCAGGAATAAATGATCTCAAATATC
TAAAGTTATTTCATACAAATACATCTTTTCTACCATAGCCGCAAATTCCc
gcacgggcatttttttgtccgttttaccaccctaaaaccgtcacAGTCTC
ATACATATatctatagacaatagaaaaaggtgtaaaaaaaggattgggtc
tAGTTTAGGGGGatgattaaataataaagtggcacgcgcctgaccgcgcg
actacggtcgaaaaggtataTACAGATAGAGGCTTTTTAACTTTGTGACG
TTGATAGGTCACCAATAAGGTTTAACACTGGACTAAGTTACACATGTCCC
ATCAAAAAGATCTTTATCATTATAAAACATGTCATcattagaaaaaattt
caaaactttgaactTATGTCAAAACTGTCGAAGTTTTATTTCCTTCAATG
CACGCAGATAAAATCTTAGTTTCATTAAGGAGTAAGATAGGaggaaaaat
cttaaatctaattgttgttgaaattgaatcAAGTTGATTAACCCCCAACG
GTTTGCGTGAGTGCGTGAATGGGccttttcacttgcgtgaatacgtgaat
tggaaagctttgcgtgaattgcgaaaaaacattgcATTTGCATGAATGCA
cgaatttggaaaaaaactgcacgattgcgtgaattgaaggttcgctgggg
ggcctcattaaGCTAGATCTTTAAAAAGATCAAATCTAGATGATTGAAAT
GCATAGTTTTAAACCAAGTGTTGCAAGGTTGCATGACAAATATTTATCGC
TTCTAATCATTAACCGCAAGAGGAGGACCAAAACGAactattttttgcaa
aaattgcttaaatttgagaaggtcaaattttcaataaagttTTGTGAATC
CTTGCTGGGAATGTGGCAAAGTCCTACGAAATGTAATAAGAGCACAAGGC
TTGGTATAATATCTAGAAGACCACACATGGTCCTCAACAGATAACACCAC
AATGAAACTCTGaatcaaatgtttttcttttacatGACCAAGTCCTTAAT
ATCACTTCCTGGTCAAAAACAGCAATAAggaaatcgaaaaataaaacttt
cttaCAAAGGTTGCTTGCAACGACGCTGACTTCAATTTAAAATCGTtatc
aggcccggcggaagcagggagactggggagacttcagcctccacACTTTT
gtgcaaatgagatttttttctcttaaattcctagcgaatttaTCTCATTT
TCAgtcttcagcctccccactttttaTGATTGTTCTGCTGGGCCTGTCTA
TGATTATAAAGTTGATTGATTACAGTATCATGAGAGAGCCAAATCAATAT
AAATCATTGGAAATTATTGTACGTACCACAATCATAAATCTAaagtacac
ccctgtgtcagacCTGTTGGGACCCCGCTTCACTTGAAAATCTAGTTAAA
AATGCGTCCCCAATGGGAAATATGCCTCTGGGTAACAgggtttttaaaat
caaaaggCCTTTCTGGCAAGGTCTAAGAAAAAAGGAAGCTTATTCATCAT
TATCATTAGTCTCATATTCGACAATATTACCACACCTTCTTAATATTCAG
ACACCTTAAAAAGGATATATGGTTTTTTACGTTAATTGGTCTATCGCAAC
AATGAGTAACTGTTGaatcttttaagaaaaataatgtGTTACTTTCAAGT
AAAAcacttcaaattcaactttAGAGTAATCAAACAAGCCGTGATAAAAA
TGTTCATGTAAGACATTAAAAAcacgaaaatgaaattttagaaTGCGTTG
CAAAGCGATCAGAACTGAAAATATTTCGAAGTTGCCGAGTGATTTACGAA
TTTTTTCATAATAATggagaaaacaataaaaaaaaagaaaaaaatagact
ttacacgtttcttttatttaagaacaaactatttaagaaaataaggcttc
cattgctaaaatgttaagaacaagctaagaacattttatggctttgcaga
caaaaaactttaaaataagaatatattaagaacatcccaaggcttcaaat
attttggatgttcttatataaaaaaatagacTATCATGAACAAATTGACT
CAAGTACTTTGCGGTGTAATCAGACGTCAGGATAAatagcttttttcttt
tcttttcgagATGCCTTGACAATGAAGATAAGACCTTCTACAGTATGATA
AGACAGTAAGAGCATTACTGAAATACACTCGAGGAACAAGTATtattaaa
tcatttttttggCATCAGTGCAGATGAAAGCtttataattgtttttaaaa
catttattATCATATTGCCATGAAATTTGTTACACTAGGCAAGCTCAGTT
ATTATAAGTAGTATTCAAGACTAACTGGagacaaaagaatttaaaaattt
gagcttgaaatatttcataaacgTTTTTGGTATTGTATTACAAGTTAATA
TTGGATGACACTAAAATAAGGAGACTCACTGTATAATAAATTTTATTTCG
TTTGcgattttctgaggcactgtaCAGTAACATTGTTTTTGCTGCAATTC
CGCAATGTTCTCAAGGAAAACCAAGGACAGAGAAAGCAAGAGTAAgcaag
aatatttttttatcacaAACTCAAACTTACAGTATCTGACATGTTTGGGA
GCTCCTTCAGATTGAAGTGTTCTTTTAGAAGAAACACTAAACAAATGTTG
AGATTTGAATCAACTTGATCTAAATTTTAGCTTACTTTAATAATTGTATA
CCTTGATCTGCCTAGCTGCTAGGGTTCAATGCTTGCTCTATTGAGTACGA
AAGATGCATCCTGTTGCTATTTATGTTGCCTATAATAAAAGTTTGCTTCT
ACTAAGCCTTTATAACTATCCAAAATGTCTTGCAAAAATTGggggaattt
aaaaaaaaatttatttactttttcaagTATTCCACCAGATGACCCATCCG
TATGCGTTGTAGTTAGGGGGTCGAAGAAAGCGTAATGTCTATCTTATACG
TTTAtcatataaaaacatccaaaattttttaaacctcttcaattttgagt
tttaaacctaaaaatgttcttaacatgttcttattttcataatttttaga
gtatatttttccattttcctaagaaattgggtgatGTAGATTCTGCAAAG
gattaaaaaattatgtttttaacttgttcttataaagtttattcttataa
aaaacgtgtatttctcTTTCTCTCTACAGGATCCGTAACAAGTTCAATCG
TATCACGAAAATCCAGTGCCAAGAGTGTCGGAAGTAATCGAAGTAAAGGC
ACCAGTCGATCTTTTACAACCACTCGTAGTTACACTACCAACCGTAGCAA
TGGAACTGTTACATCCCAAAGCAGCTACATCAAGAAAAATTCCGGAAATT
TTGACGGTAGTAATGATCGCTCTCGCCGAAAATCATCGTTGCAACGAAAA
TCATCGGCTTCGAGCCGTAGAGAACAACTCATAGCAGATTTTTATCGAGA
TTTGGAAGAACTAGACGAGGAACGAAGTTGTTCCGACTCTTccgatgatg
aaaatgatagcCGCGGAAACGGAAGTCGGaatcgaaataaaaagaaatta
aagaaaggACGAATAGAAGTAGAGGAAGTCAAAAGTCATCAACGTGTCCA
AGAATATTTGATGAAACTCGAACATACAGAACCCCCGGAAATTTTTGAGG
AGGACGAGGGAATTCGTTCGGATATGTCAGACGGTAGATTAGGCTCGTCT
TATAATAGTAACTACAGTAACGATATCCCTATGGAAACTAATAAAAATGA
TAACAATAATGGCGGACGTAAAAGTGAACCGAGATACATAAAACGACCGA
ACCCTCCCGATAATATGATCGCTGATTTGGAAGATTCACCGAGAACGCAC
CGACTTAAAGTTCGGGACGAATACCGAAAATCGCGAAACGATAAACAAGA
CTCTAATAAATATGACGTCAATAAAAATAACGTCGGAAAGAAAACTCGTT
CTGCAAATTACACGCCTCGAGTGTTACCCCAACATCCAAAAGAAATCGAA
CTGATTGATAAAAATTTACGTGAAAGTTTTAATAATAAACGAAAACCGAG
TAATAACGACTATAAACGAGTTTCGGTTCACGAAGACTTATATATGAACG
ATAGTGGTAGCGAATCATCCTGTTCAACAGATTCGGCACACGGTTCAACT
CACTCCATCTCTACCGTTAGTTCCATCTCAGTAGCAcagaaacaccaaaa
caaacaaattcatCAGTTAAGTTTTAAAACAACGGTACCCAAAAATTTTA
TACCAggacaacaacaaaaacatatACTGGACTCACAACGTAAAAAGACA
AATCGAAAACcgaaaaaagtttcattttgttTCAGAGGTATTCCTTTCAG
AGTTTACAATAATACACCGAGAACTCATAGGGCGTTAGCTCACGCAGGGT
GTATTGCCCTCATTATTCCCGCCCCTGGTAATCACAAATGTAGACATTAA
CTTTTCGctatacacgtctttttttttaaagaaactagttttaccaagca
gcctcaatgtttcttaagaaatcggccttttgagctttaaatgtttctta
catgtttctaaactttttgacataattagccttggaaggttcttataaaa
aaacgaattaaaaaatgttattttctcattctcagcctcagcatgtttct
tagatatttcttagtttttaggcattctgagcctcatgtttcttaaaagt
gtgtttcttaaaaaaaaaaagacgtgtagaAGAGTATTGTTTAAATCATA
TGATGTTGCAATGTTGAACCAAAGAACATGGGCTTCCTAGCTCGGACATT
ATATTTGTACTGGACTGGtttaaattattcaaaatagtattttttttaag
ttttgtgaATCTTAATTAAAACGCACTTTTAGTTCtgttcaataaaaaaa
cttctttttttaagaaaatgaagacaCAAAAATGACCTAAAAAGAGTCCT
ACTATTGCCTTCTTCAAAAAGAGTTTTCTCTAGAGTTCAGGCCTAGAATA
CACGCAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00025545-exon-sc0000539-1491911889:79867..79905 | TCONS_00025545-exon-sc0000539-1491911889:79867..79905 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00025545-exon-sc0000539-1510915933:79867..79905 | TCONS_00025545-exon-sc0000539-1510915933:79867..79905 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00025545-exon-sc0000539-1575043694:79867..79905 | TCONS_00025545-exon-sc0000539-1575043694:79867..79905 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00025545-exon-sc0000539-1491911889:86496..88323 | TCONS_00025545-exon-sc0000539-1491911889:86496..88323 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00025545-exon-sc0000539-1510915933:86496..88323 | TCONS_00025545-exon-sc0000539-1510915933:86496..88323 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00025545-exon-sc0000539-1575043694:86496..88323 | TCONS_00025545-exon-sc0000539-1575043694:86496..88323 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000539 | supercontig | sc0000539:79867..88323 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
