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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00011380 ID=TCONS_00011380|Name=TCONS_00011380|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3742bp aaaaaataataaaatttaagaacaaatgACACCAAAATCAATAGCAATGA CTTACTTATTGTGGATTTTCATAATGTTGGtcaaatcaaaagaaagtttt cagATTCTCACCACTCAATCGTCATGTGATTCTAACCAATCAACAAAGAT TTATATCGATCCACAATATGATCAGTGCACCTCCCAAGACTCGAAAACTG TAAACTGTCCATCCTTATATGCTGCTTATCATTCTACTAAACTATTCgat aatacttgtattatactGAAGAATTCAGTCGAATCGTACCCATTAAACGT ATCAATACTTATCCATTCAAGTATCAATTTTGCCATCCAATCTCAGAATC AAACATCCAACATTGATTGTCAAGGCAAACCCTATAACATATCAATCACT CATTGCTCGAATATCAATTTTAAAGGAATTTCATTTACAAATTGCCCTTC GTTTTCTAACGAGGACAGTATACTAACATTTGACCATAGTATAAATATAC AGTTAACGAATATCATATTCCATGGAAACGAGAGTCAAAACATCTTGATA AAAGACTGTGGGAATGTTGGAATGAATTCACTAAAGGCTAATCGAATCCG GATTCTTTACCAAGATGTTTATGCATCATCTGGTGATATCCAAATATCAA ACTCTAATTTCTCTTCTGGGAATAATCAATTTCCAAGTGAGGGTGCCAAA GCTGCAGAAACCAGATATGGTAAAGGTGGtggaatttcaatgtttttgat gAATGATATAAATAATACGCTTATCAATATCTCACAATGTAGATTCGATG GTAATTCAGCTATCTATGGTGGTGGACTGTATTTGTATCTTGAAAAAGGA ACTTTTAATAACAGACTAACATTAAATGAAACTTATTTCACCAATAACAA TTCATCGACTTCAGGAGGTGCTCTTTATATTGCTGATTTCTCAAGTAGCC CTGATAGTAATCAAATCATTATATGCAATTCGAATTTCACTAATAACTTT TGTGATTTCAATGCAGGAGGATCTGCTATCTACGCTTACAATGGTTATCT AAAATTCTTAGGTAACAATCGTATCGAACAAAATAACGGAACTGCAATGG TTCTTGGTGCTACAGAGAGCTACATTAATGGTAACCTAACGCTTGCTAAC AACAGCGGAAAATATGGTGGTGCTGCATTTTTATACAAGTGTGCCAGGTT CAAAATAACCCCCACGTCTAATATAGTCTTCAGTAACAACAAAGCATCCA GAGATGGAGGTGCGATGTTTGtgttccattttttcaaaaagaaaagttgt aaatgttttttcgcTCCACAGAATAGAACCTCTTTTACCGGATCCATCAA TTTTACTTATAACACTGCTGCAGTTTATGGTAGACATCTTTACTCATCCA CCATGAAACTATGTCAGCAATTAAATTTCAACGATACACACAAAGAACGT ATTTTCTTTACTGGAGAACCTCTAAATGCTGTTAGTACGGCAGCCGATAA ATTCACACTCGTATCATCTCAATGGCGAAACATAGTGCctggtttttatt ttaaaccTGAAATCAACATCACGAATGAGAAAGATCAAATTGTTAAATCA CAAGTTCAAATGATCAGGAAAATTAGAAATACGTCTGAAGATTTAGATAA TTCTACAAATGGTTTCGgtttattgaataaaaatacaTATGTTGTTGGGC CAGACCACACTATCAATGTGGCTCTACAAGGACAATCATCTCAGAATTAT ACACTTGATTTCTACGTTAGTAGTGAATTAGGAGAATTAACACAAAATTT AACAGTGAAATTATCCAAATGCCCACCGCTGTATTATCtacatcaaaaca aatgcaAATGTAATGCTAGTGGATTTATTGCTAAATGTACGTCCGATAAT GCGCTACACATGCTACCAAATTGTTGGATTTCACCACAAGGTAACTCTTA CGCATGCCCAGTAGATTATTGCGCTATATGTAGCGAACAGAGTAAATTGT CAACTATCCAAAAATATTGTACGCATAATTTTACACAACCTTGTGACGTC ACCCGAAATCAAGCATCACGATTATGTAGCCAGTGTCGTAAGAATCACAG TACAACCATTGGTGGTCGACAATGCGCAGATTGCCGAGGTACGAATAATC ACTATTGGACACCGATCCTGGCTATTGTCATTGTTAGCCTTTTCCTATTG TTCATCGCTGCATCAAACTATACTACATATGCGTCTTTTTATCTACCCCT TATCTTGTTCTATCAATTAGTAACATTGGTAATGACGACCACAAACAGCC TTggtaatttttcagttttcttaTTCACCATTTTCCATGGTGATGACAGA TTCATGTATCCATTTTGCTTCATAGATGGTCTTGATGATTTACATAAGAT CTGGGTCCGATTCATTTCAGCTGCATTGTGGGTCATCCTTTATGGAGTTT TATGCTTTATCTCAGCACGGGTGTTTCAGAATCAGATGAATCTCAAGCTA GCGGTTTTACGATCCTGGCCAATCGTGTTTTTACTGTATTATATCGATat catgaaattttcagtaaaTGCTTTAAAAGGGATGACTATTGATGATCGTA TGTGTGTTTTCAACTATGCTGAAGAGGAGTTTAATGGACAAAGACATCGT CCATTATTTTGGTGTAGTATTATAACCACAAGTTGTACTGGATTAATGAT GCTTGGAATCTTCATGTTGAAAGTGTATTGTAAACGAAATCAAACTATAC ACGAGTATGTTCATATTGAAGCCAAATCTTTAGATTCGATTGTCAGTCGT CGAAAGATAATCTTAATATTCGGTTTCTACACCCTATATGTTACCCTCTT CACGCTCATCATGGAGCTCACCGGTACGAATGCTCTCTTGTTGATTCTTT CGATCACTTTCACTGGCATATTTGTTTATAAACAACCCTATCAATCCAAA TTGTATAATTATTATGAGATATTGGTTTATGTTGATTTTATGATCATTGG TATTTTAAGTAATAATCCAGATAACGAGCATTCAGCTATGGATAATTACA CTTCGACTTTTGTTGAGGTTTTGATAGTGTTTCCATTTGTTGGTTGTCTT GTATGCATGCTGATTACTTACTTTGGAACATGGAAATCAAATCAGCAGAA TCTTGGAAATACAAGGAGTCATTTGATCCCATCACGCGTCATGGAGAGCT TGTAAATTGTGGAAGACATTGTTTACTATGGGCTGTGGTCTGTGGCTGTG GTTACGAATCGTTTATGTATTAACTGTAGTGTGGTTTAAGGCTGTTTCca ctgagctttatataaacCCTAGGGGCAGTTTCAAAATATCGGCCAAGCTA AATCTTTCGATAGGAGCTTGGTTGGAGTGTGTTACCCTAATGGTAGTAGC AGTACTCAATCGCGGTGTTATGCATACCGCTACAATCTACTCTGTAATAT TTTAGCAGTAAACCTTAAAAACAACTCTTTAGCTATGCTTATAAGTTCCT TAAGTCCCCTTCCTCCAAATGTTTATGATTGATAAGCCCCTTAAACAACC ATTGAAGTTGAGGGGAGGGGCTTTAcatcaaaaacataaaataccACTGT TTACTGCCATAAATATTATAGGACTTTTTGTAGATATACTTTTCATTCGT TTTATGTAGCACTGCTGAACATACAACAAAGTTTAAGAACTATAGTGGCA TCTTTTTGTGGGTACCATTTCCAAGCACATACTTTGAGCAGT Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00011380-protein >TCONS_00011380-protein ID=TCONS_00011380-protein|Name=TCONS_00011380-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1059bp
MTPKSIAMTYLLWIFIMLVKSKESFQILTTQSSCDSNQSTKIYIDPQYDQ CTSQDSKTVNCPSLYAAYHSTKLFDNTCIILKNSVESYPLNVSILIHSSI NFAIQSQNQTSNIDCQGKPYNISITHCSNINFKGISFTNCPSFSNEDSIL TFDHSINIQLTNIIFHGNESQNILIKDCGNVGMNSLKANRIRILYQDVYA SSGDIQISNSNFSSGNNQFPSEGAKAAETRYGKGGGISMFLMNDINNTLI NISQCRFDGNSAIYGGGLYLYLEKGTFNNRLTLNETYFTNNNSSTSGGAL YIADFSSSPDSNQIIICNSNFTNNFCDFNAGGSAIYAYNGYLKFLGNNRI EQNNGTAMVLGATESYINGNLTLANNSGKYGGAAFLYKCARFKITPTSNI VFSNNKASRDGGAMFVFHFFKKKSCKCFFAPQNRTSFTGSINFTYNTAAV YGRHLYSSTMKLCQQLNFNDTHKERIFFTGEPLNAVSTAADKFTLVSSQW RNIVPGFYFKPEINITNEKDQIVKSQVQMIRKIRNTSEDLDNSTNGFGLL NKNTYVVGPDHTINVALQGQSSQNYTLDFYVSSELGELTQNLTVKLSKCP PLYYLHQNKCKCNASGFIAKCTSDNALHMLPNCWISPQGNSYACPVDYCA ICSEQSKLSTIQKYCTHNFTQPCDVTRNQASRLCSQCRKNHSTTIGGRQC ADCRGTNNHYWTPILAIVIVSLFLLFIAASNYTTYASFYLPLILFYQLVT LVMTTTNSLGNFSVFLFTIFHGDDRFMYPFCFIDGLDDLHKIWVRFISAA LWVILYGVLCFISARVFQNQMNLKLAVLRSWPIVFLLYYIDIMKFSVNAL KGMTIDDRMCVFNYAEEEFNGQRHRPLFWCSIITTSCTGLMMLGIFMLKV YCKRNQTIHEYVHIEAKSLDSIVSRRKIILIFGFYTLYVTLFTLIMELTG TNALLLILSITFTGIFVYKQPYQSKLYNYYEILVYVDFMIIGILSNNPDN EHSAMDNYTSTFVEVLIVFPFVGCLVCMLITYFGTWKSNQQNLGNTRSHL IPSRVMESL Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000127:121432..126439- Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00011380 ID=TCONS_00011380|Name=TCONS_00011380|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5008bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000127:121432..126439- (Clytia hemisphaerica) AAAAAATAATAAAATTTAAGAACAAATGACACCAAAATCAATAGCAATGA
CTTACTTATTGTGGATTTTCATAATGTTGGTCAAATCAAAAGAAAGTTTT
CAGATTCTCACCACTCAATCGTCATGTGATTCTAACCAATCAACAAAGAT
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TTCTTGGTGCTACAGAGAGCTACATTAATGGTAACCTAACGCTTGCTAAC
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CAAAATAACCCCCACGTCTAATATAGTCTTCAGTAACAACAAAGCATCCA
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AAATGTTTTTTCGCTCCACAGAATAGAACCTCTTTTACCGGATCCATCAA
TTTTACTTATAACACTGCTGCAGTTTATGGTAGACATCTTTACTCATCCA
CCATGAAACTATGTCAGCAATTAAATTTCAACGATACACACAAAGAACGT
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TTAAACCTGAAATCAACATCACGAATGAGAAAGATCAAATTGTTAAATCA
CAAGTTCAAATGATCAGGAAAATTAGAAATACGTCTGAAGATTTAGATAA
TTCTACAAATGGTTTCGGTTTATTGAATAAAAATACATATGTTGTTGGGC
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AATGCAAATGTAATGCTAGTGGATTTATTGCTAAATGTACGTCCGATAAT
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TGCCGAGGTACGAATAATCACTATTGGACACCGATCCTGGCTATTGTCAT
TGTTAGCCTTTTCCTATTGTTCATCGCTGCATCAAACTATACTACATATG
CGTCTTTTTATCTACCCCTTATCTTGTTCTATCAATTAGTAACATTGGTA
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TTGATGATTTACATAAGATCTGGGTCCGATTCATTTCAGCTGCATTGTGG
GTCATCCTTTATGGAGTTTTATGCTTTATCTCAGCACGGGTGTTTCAGAA
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TACTGTATTATATCGATATCATGAAATTTTCAGTAAATGCTTTAAAAGGG
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GTTGTACTGGATTAATGATGCTTGGAATCTTCATGTTGAAAGTGTATTGT
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AGATTCGATTGTCAGTCGTCGAAAGATAATCTTAATATTCGGTTTCTACA
CCCTATATGTTACCCTCTTCACGCTCATCATGGAGCTCACCGGTACGAAT
GCTCTCTTGTTGATTCTTTCGATCACTTTCACTGGCATATTTGTTTATAA
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CTTCTCACACACCCAGTGGAGTTTTTTCAGCCAGTGGGGATATAAATAAC
AAACTGAAACTCGATGGGGATTGATATTCCCATATTCTTTGTGGCTGGGG
ATTTCATTTCTTTTGTTTTCAAGTCAGAAAATTCAATGGGGATGGTAAAA
ATAGCATAGTATTTCACAAATACTATGCTATTTTTGGGGACAAATATTGG
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AAGGGGTCCCAGTGGGTGGGTCTTTGAGAATTATTATTATGACGAAAACA
CTTCAAAGAGCTGTATAGAGGTCTGAAATTTGGTGAGTAGTTCTTTGGGT
CATTTGTTTGGAAAATAATTTCAATGATTTTTCATCCATTACAACCGAGT
GTGTAATACAAGGATTAAATTTTACTTGCTATGCAGTAGGGTTATTTAAG
GCGAGGTCAATTCGATCTGTTGTTTTACGGGCCAAGCTATCCAAAAAATG
AGGGTCGGTCGGTCGGCGAAAAAATAAAAATAAAAGCAGCACAAAAATGT
GAAATAGAAAATAAAAAGGCACAAAAAGGTGGAAATCATGGATAAAATTA
AAAATTGAACATAAATTTCTCAAACCCTTGGAAAATCTACCAAAATTTTG
AAAATTTGGGAATCTGTAAAGCAATGACAATAAAGATGTACTACTAAAAT
AAATGTTTCGATTTTTGGAATTTCAGGGTCGGTCGGTTCCGTAAAATAAC
TAATCAAATTGGTCTCACCTAATGGAACATTATTCATTAGTTCATTTTTT
TTTTTTTTCAATTTTATATAGGAAATACAAGGAGTCATTTGATCCCATCA
CGCGTCATGGAGAGCTTGTAAATTGTGGAAGACATTGTTTACTATGGGCT
GTGGTCTGTGGCTGTGGTTACGAATCGTTTATGTATTAACTGTAGTGTGG
TTTAAGGCTGTTTCCACTGAGCTTTATATAAACCCTAGGGGCAGTTTCAA
AATATCGGCCAAGCTAAATCTTTCGATAGGAGCTTGGTTGGAGTGTGTTA
CCCTAATGGTAGTAGCAGTACTCAATCGCGGTGTTATGCATACCGCTACA
ATCTACTCTGTAATATTTTAGCAGTAAACCTTAAAAACAACTCTTTAGCT
ATGCTTATAAGTTCCTTAAGTCCCCTTCCTCCAAATGTTTATGATTGATA
AGCCCCTTAAACAACCATTGAAGTTGAGGGGAGGGGCTTTACATCAAAAA
CATAAAATACCACTGTTTACTGCCATAAATATTATAGGACTTTTTGTAGA
TATACTTTTCATTCGTTTTATGTAGCACTGCTGAACATACAACAAAGTTT
AAGAACTATAGTGGCATCTTTTTGTGGGTACCATTTCCAAGCACATACTT
TGAGCAGT Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000127:121432..126439- >TCONS_00011380 ID=TCONS_00011380|Name=TCONS_00011380|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=3180bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000127:121432..126439- (Clytia hemisphaerica) ATGACACCAAAATCAATAGCAATGACTTACTTATTGTGGATTTTCATAAT GTTGGTCAAATCAAAAGAAAGTTTTCAGATTCTCACCACTCAATCGTCAT GTGATTCTAACCAATCAACAAAGATTTATATCGATCCACAATATGATCAG TGCACCTCCCAAGACTCGAAAACTGTAAACTGTCCATCCTTATATGCTGC TTATCATTCTACTAAACTATTCGATAATACTTGTATTATACTGAAGAATT CAGTCGAATCGTACCCATTAAACGTATCAATACTTATCCATTCAAGTATC AATTTTGCCATCCAATCTCAGAATCAAACATCCAACATTGATTGTCAAGG CAAACCCTATAACATATCAATCACTCATTGCTCGAATATCAATTTTAAAG GAATTTCATTTACAAATTGCCCTTCGTTTTCTAACGAGGACAGTATACTA ACATTTGACCATAGTATAAATATACAGTTAACGAATATCATATTCCATGG AAACGAGAGTCAAAACATCTTGATAAAAGACTGTGGGAATGTTGGAATGA ATTCACTAAAGGCTAATCGAATCCGGATTCTTTACCAAGATGTTTATGCA TCATCTGGTGATATCCAAATATCAAACTCTAATTTCTCTTCTGGGAATAA TCAATTTCCAAGTGAGGGTGCCAAAGCTGCAGAAACCAGATATGGTAAAG GTGGTGGAATTTCAATGTTTTTGATGAATGATATAAATAATACGCTTATC AATATCTCACAATGTAGATTCGATGGTAATTCAGCTATCTATGGTGGTGG ACTGTATTTGTATCTTGAAAAAGGAACTTTTAATAACAGACTAACATTAA ATGAAACTTATTTCACCAATAACAATTCATCGACTTCAGGAGGTGCTCTT TATATTGCTGATTTCTCAAGTAGCCCTGATAGTAATCAAATCATTATATG CAATTCGAATTTCACTAATAACTTTTGTGATTTCAATGCAGGAGGATCTG CTATCTACGCTTACAATGGTTATCTAAAATTCTTAGGTAACAATCGTATC GAACAAAATAACGGAACTGCAATGGTTCTTGGTGCTACAGAGAGCTACAT TAATGGTAACCTAACGCTTGCTAACAACAGCGGAAAATATGGTGGTGCTG CATTTTTATACAAGTGTGCCAGGTTCAAAATAACCCCCACGTCTAATATA GTCTTCAGTAACAACAAAGCATCCAGAGATGGAGGTGCGATGTTTGTGTT CCATTTTTTCAAAAAGAAAAGTTGTAAATGTTTTTTCGCTCCACAGAATA GAACCTCTTTTACCGGATCCATCAATTTTACTTATAACACTGCTGCAGTT TATGGTAGACATCTTTACTCATCCACCATGAAACTATGTCAGCAATTAAA TTTCAACGATACACACAAAGAACGTATTTTCTTTACTGGAGAACCTCTAA ATGCTGTTAGTACGGCAGCCGATAAATTCACACTCGTATCATCTCAATGG CGAAACATAGTGCCTGGTTTTTATTTTAAACCTGAAATCAACATCACGAA TGAGAAAGATCAAATTGTTAAATCACAAGTTCAAATGATCAGGAAAATTA GAAATACGTCTGAAGATTTAGATAATTCTACAAATGGTTTCGGTTTATTG AATAAAAATACATATGTTGTTGGGCCAGACCACACTATCAATGTGGCTCT ACAAGGACAATCATCTCAGAATTATACACTTGATTTCTACGTTAGTAGTG AATTAGGAGAATTAACACAAAATTTAACAGTGAAATTATCCAAATGCCCA CCGCTGTATTATCTACATCAAAACAAATGCAAATGTAATGCTAGTGGATT TATTGCTAAATGTACGTCCGATAATGCGCTACACATGCTACCAAATTGTT GGATTTCACCACAAGGTAACTCTTACGCATGCCCAGTAGATTATTGCGCT ATATGTAGCGAACAGAGTAAATTGTCAACTATCCAAAAATATTGTACGCA TAATTTTACACAACCTTGTGACGTCACCCGAAATCAAGCATCACGATTAT GTAGCCAGTGTCGTAAGAATCACAGTACAACCATTGGTGGTCGACAATGC GCAGATTGCCGAGGTACGAATAATCACTATTGGACACCGATCCTGGCTAT TGTCATTGTTAGCCTTTTCCTATTGTTCATCGCTGCATCAAACTATACTA CATATGCGTCTTTTTATCTACCCCTTATCTTGTTCTATCAATTAGTAACA TTGGTAATGACGACCACAAACAGCCTTGGTAATTTTTCAGTTTTCTTATT CACCATTTTCCATGGTGATGACAGATTCATGTATCCATTTTGCTTCATAG ATGGTCTTGATGATTTACATAAGATCTGGGTCCGATTCATTTCAGCTGCA TTGTGGGTCATCCTTTATGGAGTTTTATGCTTTATCTCAGCACGGGTGTT TCAGAATCAGATGAATCTCAAGCTAGCGGTTTTACGATCCTGGCCAATCG TGTTTTTACTGTATTATATCGATATCATGAAATTTTCAGTAAATGCTTTA AAAGGGATGACTATTGATGATCGTATGTGTGTTTTCAACTATGCTGAAGA GGAGTTTAATGGACAAAGACATCGTCCATTATTTTGGTGTAGTATTATAA CCACAAGTTGTACTGGATTAATGATGCTTGGAATCTTCATGTTGAAAGTG TATTGTAAACGAAATCAAACTATACACGAGTATGTTCATATTGAAGCCAA ATCTTTAGATTCGATTGTCAGTCGTCGAAAGATAATCTTAATATTCGGTT TCTACACCCTATATGTTACCCTCTTCACGCTCATCATGGAGCTCACCGGT ACGAATGCTCTCTTGTTGATTCTTTCGATCACTTTCACTGGCATATTTGT TTATAAACAACCCTATCAATCCAAATTGTATAATTATTATGAGATATTGG TTTATGTTGATTTTATGATCATTGGTATTTTAAGTAATAATCCAGATAAC GAGCATTCAGCTATGGATAATTACACTTCGACTTTTGTTGAGGTTTTGAT AGTGTTTCCATTTGTTGGTTGTCTTGTATGCATGCTGATTACTTACTTTG GAACATGGAAATCAAATCAGCAGAATCTTGGAAATACAAGGAGTCATTTG ATCCCATCACGCGTCATGGAGAGCTTGTAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00011380-exon-sc0000127-1575043694:124302..126439 | TCONS_00011380-exon-sc0000127-1575043694:124302..126439 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00011380-exon-sc0000127-1510915933:123216..124232 | TCONS_00011380-exon-sc0000127-1510915933:123216..124232 | Clytia hemisphaerica | exon |
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000127 | supercontig | sc0000127:121432..126439 - |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
Term | Definition |
IPR012334 | Pectin_lyas_fold |
IPR011050 | Pectin_lyase_fold/virulence |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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