TCONS_00013407 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00013407
Unique NameTCONS_00013407
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3368

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00013407 ID=TCONS_00013407|Name=TCONS_00013407|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3368bp
AGCGAATGCAATGCACCTTCTTGAAATGTCAGATGCAAGGGTCACTAGGA
CTAGAAGGTGGGTGGGCAGATTGACTTGGGAGGGACACAGAGACAgagtt
gttttcattttattaggtatttatgattactttttttttcaatatcatga
taatCAATAATATAATGTATAAGTATAGTCCGGTGTTTTGTCTGGTGCCA
AAAGTATCCCTCTCAGCCACACCAGATCAGAAACCTTTTGTTTGGTGTTA
TAGTCCagtgttaatttttcgaagttCTGGATACTGTGTGTTTCAAAATA
ATGCTCACCGGACTCAAGTCCACTGTTGCAGAGGTGCCAACTCTAAAGTA
GTGCTGAAAAACACTTTTCAAAACActtttcaaagagagaaacttttttg
tggcgcacccggtagaaagTTTACACACAGCCTAAATCTGACCTTCAGAC
CAGTTCAGACCGATAATTCCtgaaaaattcttataagaGAAATGTGCATT
TACAATACAGTAGCTTCAAACTCTTAAAGAGAAATATTAATAAAGATAAT
TCTCATACATAATTGTATATGTGAGTATTATCTTCTTTATAGTGGAGGTA
AACTGTTTTTCGGTCGTGTTGTTTTTTGTaatcttttaactttttaagcA
GACTTACAGTACCtgttaaaatatcaaatttcttttgatagatTTAACTG
ACATAAAAATGGCGCAAATTGGCGAGCTCAGCTTAGCTCCTACTCGTGCT
CCTGTATGCAGTGGAAGTAGTTGTGAAACAATTGACGCGCTTCACAAGAC
GTTTTCCTCATTATCATTGATTGGAAGTTTTGTTGTGTTGGTCTTAATTC
TCATCCTAAAAGAATATCACATGGATGCTCAAAAGATGATCTTATTCATG
GTCTTGTCAGCTTTCATTGATAGTATTGCTTATTTAATGGGTGACGCTGA
AACAACACATGGTGCAACCTGTGAAGCTCAATCATTTCTCATGCAATATT
TTGATTGGGCTACGTTATTATGGGTGACGATGATCacaacaaatttgatt
ttaatcataaaaaataaacagtcacctaaatattattatatttaCCATGC
CGTTGTTTGGCTTGGTGCTTTGTTTTTTGCTATTGTCCCTTTCTTTGAAA
ACACATACGGTCATGCAGGACTTTGGTGTTGGATCAAGAGAGAATATACA
GGATATAGGTTTGGAACATGGTTCGGACCTCTATTTTTCATATGTTTTGG
AATGTGTATCACTCTTGGCTATGTCACCTATTCAGTATATCAGGCTACTC
AAGCCCAAACTGGAGTCTCTGTTGCAACCGAAAATATCAACAGAAGCTAT
CGAAATGAATTGAAACGACTTGCTTTTTATCCATTGGTTTATATCATTTT
GAATATTCCAACCTTAGCTTATCGAATCGAAGATGCTTCACATCCTAATA
AGAAACCCAATTATGGCATCTTGGTTGTATCTTCAATATTTGGGCCTTCA
GTAGGAGCTGCTAATGCTATCATCTTTGCTACAATCAATTTAGGTTCGAT
TCGGAACCTAACATGGCCAATGATCAGAAATAATGTAATATTGTTGTTCA
AACGTGAGACGCAAACGCAAATCGAACATAATGTTGTTCTTGAAGAAGGT
CCACAAACAAGTGATTCATCAGAGCAATATCAACCGAtgccttgattttt
ttttggcaaaatctaATTCAGAACAGTACAGCTTCTGGTTACACGAAAtg
ttgttcttatgaaaaaggtCCAGAATCAACTGAAGCCAGTAGGCGATATC
AACTGATACCTTGATTTGCTCTGATAAAAACTGGTGATGAACAGTATCTA
CACTGAAATGACAGTGTAATCTTAAGATTTATATTATAAAGCTataatca
atatattttataattataataaaGGGTAGTCATAGTCAGCAAAACTCTAT
TGAAGTTAGAAGTCTATTGAAGTTAGCTCTAGAAACGGTGAATTAGCCCG
ATTTTCTACTGAAGGTCTTTCTGATCTTTTTTTCGGACAATAATTGGAAA
ACTATTGCCCactaaaaattttgtttcattataagcattttgtttatTTG
GCTTATCTGATAATGTTTagtaataaggtccgggggttggaaaattttcg
aaaaattaacaagcgggaggccgtttatttggaacctaggACTACcatat
ttcataaaatatatCATTTCTGATCATTTTGGTATTCTAACTTTCGCTTT
CAAACTTTCGCTTTCAAACTTACAAAAGTACGAAAAGAAAAAGACAGGAA
TTTTTAAATGAGAGTAAAATATAAAGtatgacatttttttaaaaatcgaa
gaaaatttttcaagtaGGTCCTTCTAAGAATCAACTATTCAGCAAAAAtc
ggtctctctaagggtcggttttcggaagtcccgtccgcacatacccctca
tccacCAAACCTAGTACTCCCCCGGACATCATTCCATTTCATAAACAATG
AAAAGACAATACTTCGCTTCCACTGtaagggacaagctggagtttttaca
agctctcgtttgatttggttggtcgttaacctgtaataaaacaattttgt
tactttttctaaagaacgcgtcatctctattacttcaaataaccaatcaa
ttagtgaagtctcttAAAAAAACTCCAGCCCATCCCCACTGTAACGGGTA
TGCAGGTTTATTATTTGACTTGTCACATGTTAACAATCTTAATATTAATA
GACAAGTGTCGCTTAGCAATGCACTTTAAGTATTTAATTCAGGACTCAAA
ACGTTTATAATTTCCTCTTATAATGATATATTTATTAACATGCAATACGG
ACCACTCTTTGAAAGGATCAACCGATTTGATATCTATAGAGTCAAATTAA
ACTTTCTAGACATGAGATTTTTATCCTAAAAGGTTAAGAAATGGACCAAA
ACTATCCATAAACCCTGCGTTATGTTTTCCTTTTATGCTTTGAAACCATC
TTTTTATCCTTGTGCTTTATCCAATTTGGAAAAGCACATTTTCGCACTGA
TTTATACCCCTAGAAGttttttatttccaaatttGCTTGTAGATATTCTT
CCACtgcattttttattatttataaaataaaaatttttttttataaaact
cggtataaatattttcttgcatttttttatattttcatttctagatAATT
ATtgcattgattgattgattgattgattgattgattgattgattgattga
ttgattgattgattgattgattgattagcATATTATTTCATATTATCCAC
GATTTATATTAAATTGAAAAtgtgtatttaaaaaataatttttcagttaa
tCGGTAATAATAAGGCag
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000167:54013..57380-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00013407 ID=TCONS_00013407|Name=TCONS_00013407|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3368bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000167:54013..57380- (Clytia hemisphaerica)
AGCGAATGCAATGCACCTTCTTGAAATGTCAGATGCAAGGGTCACTAGGA CTAGAAGGTGGGTGGGCAGATTGACTTGGGAGGGACACAGAGACAGAGTT GTTTTCATTTTATTAGGTATTTATGATTACTTTTTTTTTCAATATCATGA TAATCAATAATATAATGTATAAGTATAGTCCGGTGTTTTGTCTGGTGCCA AAAGTATCCCTCTCAGCCACACCAGATCAGAAACCTTTTGTTTGGTGTTA TAGTCCAGTGTTAATTTTTCGAAGTTCTGGATACTGTGTGTTTCAAAATA ATGCTCACCGGACTCAAGTCCACTGTTGCAGAGGTGCCAACTCTAAAGTA GTGCTGAAAAACACTTTTCAAAACACTTTTCAAAGAGAGAAACTTTTTTG TGGCGCACCCGGTAGAAAGTTTACACACAGCCTAAATCTGACCTTCAGAC CAGTTCAGACCGATAATTCCTGAAAAATTCTTATAAGAGAAATGTGCATT TACAATACAGTAGCTTCAAACTCTTAAAGAGAAATATTAATAAAGATAAT TCTCATACATAATTGTATATGTGAGTATTATCTTCTTTATAGTGGAGGTA AACTGTTTTTCGGTCGTGTTGTTTTTTGTAATCTTTTAACTTTTTAAGCA GACTTACAGTACCTGTTAAAATATCAAATTTCTTTTGATAGATTTAACTG ACATAAAAATGGCGCAAATTGGCGAGCTCAGCTTAGCTCCTACTCGTGCT CCTGTATGCAGTGGAAGTAGTTGTGAAACAATTGACGCGCTTCACAAGAC GTTTTCCTCATTATCATTGATTGGAAGTTTTGTTGTGTTGGTCTTAATTC TCATCCTAAAAGAATATCACATGGATGCTCAAAAGATGATCTTATTCATG GTCTTGTCAGCTTTCATTGATAGTATTGCTTATTTAATGGGTGACGCTGA AACAACACATGGTGCAACCTGTGAAGCTCAATCATTTCTCATGCAATATT TTGATTGGGCTACGTTATTATGGGTGACGATGATCACAACAAATTTGATT TTAATCATAAAAAATAAACAGTCACCTAAATATTATTATATTTACCATGC CGTTGTTTGGCTTGGTGCTTTGTTTTTTGCTATTGTCCCTTTCTTTGAAA ACACATACGGTCATGCAGGACTTTGGTGTTGGATCAAGAGAGAATATACA GGATATAGGTTTGGAACATGGTTCGGACCTCTATTTTTCATATGTTTTGG AATGTGTATCACTCTTGGCTATGTCACCTATTCAGTATATCAGGCTACTC AAGCCCAAACTGGAGTCTCTGTTGCAACCGAAAATATCAACAGAAGCTAT CGAAATGAATTGAAACGACTTGCTTTTTATCCATTGGTTTATATCATTTT GAATATTCCAACCTTAGCTTATCGAATCGAAGATGCTTCACATCCTAATA AGAAACCCAATTATGGCATCTTGGTTGTATCTTCAATATTTGGGCCTTCA GTAGGAGCTGCTAATGCTATCATCTTTGCTACAATCAATTTAGGTTCGAT TCGGAACCTAACATGGCCAATGATCAGAAATAATGTAATATTGTTGTTCA AACGTGAGACGCAAACGCAAATCGAACATAATGTTGTTCTTGAAGAAGGT CCACAAACAAGTGATTCATCAGAGCAATATCAACCGATGCCTTGATTTTT TTTTGGCAAAATCTAATTCAGAACAGTACAGCTTCTGGTTACACGAAATG TTGTTCTTATGAAAAAGGTCCAGAATCAACTGAAGCCAGTAGGCGATATC AACTGATACCTTGATTTGCTCTGATAAAAACTGGTGATGAACAGTATCTA CACTGAAATGACAGTGTAATCTTAAGATTTATATTATAAAGCTATAATCA ATATATTTTATAATTATAATAAAGGGTAGTCATAGTCAGCAAAACTCTAT TGAAGTTAGAAGTCTATTGAAGTTAGCTCTAGAAACGGTGAATTAGCCCG ATTTTCTACTGAAGGTCTTTCTGATCTTTTTTTCGGACAATAATTGGAAA ACTATTGCCCACTAAAAATTTTGTTTCATTATAAGCATTTTGTTTATTTG GCTTATCTGATAATGTTTAGTAATAAGGTCCGGGGGTTGGAAAATTTTCG AAAAATTAACAAGCGGGAGGCCGTTTATTTGGAACCTAGGACTACCATAT TTCATAAAATATATCATTTCTGATCATTTTGGTATTCTAACTTTCGCTTT CAAACTTTCGCTTTCAAACTTACAAAAGTACGAAAAGAAAAAGACAGGAA TTTTTAAATGAGAGTAAAATATAAAGTATGACATTTTTTTAAAAATCGAA GAAAATTTTTCAAGTAGGTCCTTCTAAGAATCAACTATTCAGCAAAAATC GGTCTCTCTAAGGGTCGGTTTTCGGAAGTCCCGTCCGCACATACCCCTCA TCCACCAAACCTAGTACTCCCCCGGACATCATTCCATTTCATAAACAATG AAAAGACAATACTTCGCTTCCACTGTAAGGGACAAGCTGGAGTTTTTACA AGCTCTCGTTTGATTTGGTTGGTCGTTAACCTGTAATAAAACAATTTTGT TACTTTTTCTAAAGAACGCGTCATCTCTATTACTTCAAATAACCAATCAA TTAGTGAAGTCTCTTAAAAAAACTCCAGCCCATCCCCACTGTAACGGGTA TGCAGGTTTATTATTTGACTTGTCACATGTTAACAATCTTAATATTAATA GACAAGTGTCGCTTAGCAATGCACTTTAAGTATTTAATTCAGGACTCAAA ACGTTTATAATTTCCTCTTATAATGATATATTTATTAACATGCAATACGG ACCACTCTTTGAAAGGATCAACCGATTTGATATCTATAGAGTCAAATTAA ACTTTCTAGACATGAGATTTTTATCCTAAAAGGTTAAGAAATGGACCAAA ACTATCCATAAACCCTGCGTTATGTTTTCCTTTTATGCTTTGAAACCATC TTTTTATCCTTGTGCTTTATCCAATTTGGAAAAGCACATTTTCGCACTGA TTTATACCCCTAGAAGTTTTTTATTTCCAAATTTGCTTGTAGATATTCTT CCACTGCATTTTTTATTATTTATAAAATAAAAATTTTTTTTTATAAAACT CGGTATAAATATTTTCTTGCATTTTTTTATATTTTCATTTCTAGATAATT ATTGCATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGA TTGATTGATTGATTGATTGATTGATTAGCATATTATTTCATATTATCCAC GATTTATATTAAATTGAAAATGTGTATTTAAAAAATAATTTTTCAGTTAA TCGGTAATAATAAGGCAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_007491XLOC_007491Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00013407-exon-sc0000167-1575043694:54013..57380TCONS_00013407-exon-sc0000167-1575043694:54013..57380Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00013407-exon-sc0000167-1510915933:54013..57380TCONS_00013407-exon-sc0000167-1510915933:54013..57380Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00013407-exon-sc0000167-1491911889:54013..57380TCONS_00013407-exon-sc0000167-1491911889:54013..57380Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000167supercontigsc0000167:54013..57380 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.0504461 0.194637 0.39467 0.332368 2.92045 1.71092 0.598732 1.28653 0.194559 0.243798 0.348844 0.154631 0.314567 0.349796 0.0552492 0.301212 0.263122 0.140669 0 0.0540538 0.222914 0.40229 0.115234 0.0521537 0.140207 0 0.413959 0.515337 0.442994 0.466805
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00013407 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top