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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00018680 ID=TCONS_00018680|Name=TCONS_00018680|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4376bp
tgatcgatatgtaatcgatcaaaagctgtgatcgatagccgatcgatttt
taatcgatacttaatttaatcgaagtataatcgatctataatcgataaac
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TATTACTCTAAAGAGGAAAGGGAGAAGACTGTCCGAGACATCCAAGGGAT
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tttttttgataattttttaacgcaat Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000304:176104..181914- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00018680 ID=TCONS_00018680|Name=TCONS_00018680|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5811bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000304:176104..181914- (Clytia hemisphaerica)
TGATCGATATGTAATCGATCAAAAGCTGTGATCGATAGCCGATCGATTTT
TAATCGATACTTAATTTAATCGAAGTATAATCGATCTATAATCGATAAAC
AATCGATGACAAAGTTGATCGATAAATAATCAAGCTTTGAAAAAATCTTG
AGTATCGATTACCTATCGATTCTATCGGTTAATTGATATCTAATCCATCG
ATTACTTATCGATTATTTATTGATTACTCAAGATTATCGATTATATTGAT
TAACTACGCCTGGTTTTGGCCACCAACGGACGCTGCCTTGCCTTTCTAAA
ATATGGCCTGGATTTCCCCAAAAAAATTATATACTAATAAAATCAGATTT
CGCGGGAAAATTCCCCTGATTTACCAATCTTTTATCGGAGAAAATTTTTC
CAACTCGAGGCTCTCCCGCATTCTTGTGAGGCAAGGTTGACAGCTATGGG
GTGTTAGGTGGTTATGCTATCTAGCTCACTAGGATACTCATACCGTGAAG
TCGGGTAACTTGCATCAGTAGAGGCTAAAATGCATAGCCCTCAAATGAAT
GACCTGGCAGGTCCTTAAAATACAAAGTTAAATCAAAACAAAAATGGTAG
GGTAGAGCTGTGAGAGCGGAGCTGCGTAGTTCATTTGTTTTGAAATTTTG
CTGCTTTGATTGGTCAGTCGTATGAGGGCTATGCATGATGTTAGCCTCCA
CTGATGCAAGTTACCAGACTTCACTGTAGCATACTCCTATGGGAATTCCC
TCTCAATGGCCTCTCAATTTTGTGGTTCCGTACATAGATTTGTCTAACCT
CAACATGCATCTTGTTATCTCGACATGACTGTACACTGGTCTTTAAAACA
AAAAATCAAACATAAACAAATACATACCAAAGTTAACAATCAATCAGTAA
ATTGTACTCTCCCTATCACGTCACAGATTATTGATATAGTATAGGTAGGC
CAGGCCCAATTAACTGTTAATTGATGATAGTGTCCTCTGACCGACTTGAA
AAAAAGTGTTTCATTTTGTGGCGGAAAAATCAATTTTCTTTACCTCCTTT
TTTTCTATAAACAACATCCAATTCACACACAGAAAATGTCCCATACTTTA
TAAAAACAAATATCAAGCACCTTAAAAGCAAAGAGTCATGGCTGTATTCC
TTTTATAAACATACGTTGCAAACGCCTTAATCGCCAAGTGTACCTTTGTA
GGTCTGTGGGCCTCAGGCTATTTCTTTACGTTTGCAGTTGGACTCCAGGA
TTATGCGATTGCTCAAGGAATTTCAATATATGAGGTATTCTTGGTGGGAA
AATGAAAAGTAGGTTCCAGTTTTAGCTACCGACCGACCGAACCAACCATA
CATACACCCACCCACCCATTTTAAAGGCTTCTAGGCCATGAACCAAACAA
TCAATTGGGTCTGGCCATAGCTAGAGAAATGTGAAGTGTTATGTTTGAAA
AAAAAAACGATGTATAGTCATCATTAAAAAACTAGTTGGCATGATTAAAA
CAAAGATATCTAAATCAAAACAACATTTTGCACGCGAGGAATTTTTTAAT
AGACCTTTTACTGTGAACCGAAAATAATATAATAAAAAGAACCCGGTTTC
CTTTTGAATTAAATGTGACCGCCATACTAGCCATCATGTGTTTGTGATAA
ATAAGGACAGGGAAACCAGGCCGACTAAGTGCGCAAATTATTTTTATCAC
TTGACTTGAAGCATAATAAAGTTGTAAACTTTTAATGATTTTAATGAGTA
CATAGCACTGGTCAACAAAGATCCACAAACATCGACTTTTTAAAAAGAGT
ATGAGCAAATGGCTTATCTTTATTACAAAAATTTGATCTACGTTTGATCT
ACAGAAGAAATATTTTGTCTGTGTGTTTTTAAAAAGATATGATCAATTAT
GTGCAATAATACTACCGCAATTGAGGTAGGAAATTCATTGACTGTTTAGG
CAAACGCAACGGTCTATAAGCTAGACCTTTTCGCCTTTGCATCTGCCATA
TTGGGCTATTCCAAAATAAAATTGTACAGGGGTATTGACAAACTTTTTTC
ACTAACCCTCCTGGAAATTAAGGGTTGACACCCCTGGAATGCGAAATTTT
GTGAACAAGGGCCTGCAAAATGACTATTGATGTCAGTTTAGGAGGAGAGA
ACCCCCTGGAAACCTTTGAATAACCCCTTGAAAAATCTGAAAAATGAACA
AAAATCTCTTGGAAAATCAAAGCCTCAGACCCCATGGAAAAGTTTGTCAA
TACCACTGTATAGTTTAAAAATGGCCCATTGACATTATACGCAAAAATAC
AGGAAGGAAAAAGCCATGGTTGGATTTAGTTGGAAAAAATGTATACAAGT
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CAACATTGTTTAAACTGTAAATTTGGAACTGTGTAAAACATCCTGTTCTT
GCCAGCTTTTTAGGGTTTCAACTGTTCAGATGCCTTGTTTCAGGTGGAAA
ATAAACTTGGTGGAAGAACAGATTTCCAGTTATAAACCTTTAGAACTGAT
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TTAAAAAGCTTATTATTCTTTTTTTAAATTGGCCAAGAAACCATTTTCTG
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GGAAAATCAGCCTAAAATATTCTTACGGTATTCTTTAGGTTAGGATCCAA
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AAAAACGCCCCTATTTTACAATCTTTGACGTACATTTTTCTATTCAGTTG
AGCCGCTTGAATCTTTTTGTGAGTATTGCACATTTTATTTCTAAACATTT
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ATTTGAAAGTCTTTTTTTGTCATCGCAATTGACGTAAGAAATGGCTTGGT
TGGAACTAACTAGAATCTATCAAATATTGACCTTGGAACAAAACTTAGCC
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GGAATTATCATAAAGTCATTTTAAATGAACATAGAAATGTATAATTTTCA
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TTTGTTTGATAGAAATTTGTATGTCAAAAATCGAAAAATAGGCACGTTTT
TTTTTACACACCCGGTAGTAATGGAAAGACGAAAATGGTATTTTAAGGTT
CAATTCCAAGTCCATGATGGTTATAAACAGATTTAAATTTATAAACAGAA
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ATGCTGGTCTTGAACTGGAACAAGAAGATGCTAAGCCAAATATGAAAGGC
TGGTATGCTGCTCAGCAAGGAGGAAGACCTAGCTCCAAAGGAGAATCTGC
CAAACGATGGAGAGATGAAGAAACGCTAGAACTGATTAGATTATGGCAAG
AAAATGAAATCCTCTATAACAACAAGCATGCCATGTATTACTCTAAAGAG
GAAAGGGAGAAGACTGTCCGAGACATCCAAGGGATATTAGCTGACAAGAA
TATTCATGCTACTTTTGAACAGATCTGGGATAAGTTGACCAATTTGAAGT
GTTATTATGGAAGTCAAAAACGAGAGATTGAACACAAAAGGTCTAGGGAA
TTCAAGGATTACGAGAGCCCCTGGAAATTTTATTCTTATCTTGGTTTCCT
GGATGATCATTTGATTGCTCGCAAAAAGAGAGATGCTTATGTTAACAGTC
ACGAATATAAAACTAAAGGACCAAAACGACCCAAATTTATTGATGAATGC
AGTCTTTATGATATTAAAAATGCAAGTCCTTCAATGGTTCAAGTCTACAC
ATCCCCTGAGCAGCCACAACCAAATGGTCCAGGGTATTGGCATGACCAAC
CTCCTTCTATGGCCACAGCAATTACAAGCACCACCAGTAATGTTACAACC
ACCACAACATCTCCTTCAGATCTTTCCAAATCGGAAGATGCAACTTTCTG
TGAACTCATGTGTAAAATGCTCAACCAAATCCCTGAATCAGAAGAAAAGG
CTTTGCTGAAGATTGAGTTACAGCAACGTGTAATAGCTTGTAGATACAAA
TCATGATCTAACTTTCAGTTAAGCAGTGGAGAGGTAGGGGTTTTTTACTA
ACAACATTTTTTTAAGGACGCACTTTGGATTTGTATATATTTCATAATAT
TTTTAAAAGTAGTTGATAAAACTTAATTTTGGGACTTTTGTATAAATTTA
GATCTATTTTTGATAACTTTTGATAATTTTTCATACTCTTTTGATACCTT
TTTGTTATGATCAAAACTAAAAGATTTAGTTGTGTTATATTTTTGCTATT
TTGAAACACAGCCTTTATTTTGGAATAATGAATTTAGTACTACTTAGCAT
ACAACACGCACATACATTTTAGAATTACAATAAGAATATTTTTTACTTGC
ATTTTTAAAGTTGATTACAACAAATTAGACACACCACAGCTTATGTTTTA
TATAGGACTCTTGTGCCCTTAGATAATACGTTTTTCCTTTTTCGTCTCAG
TTTGTGATTCTACTATTTTACAGAAAAGATTTTACGAGTAAATTTAGAGC
AGATTAATTTTCACGAATGCAGAATTCCAAGAAAGTTTATTTAGTGTCTT
CATGAATGTTCTGCTGGTATTGAATCGACATTGTTTCAGCTCCCCCTAGC
CAATATCTAGGTTAACTAACTTATTTTGTTCATACAATTATTTTATTTTT
ATACTTATTTATTTAGGAAAACTGACTCAGTTTTTTAAAGGAATCTTTTC
TGTTCATGGAAACTTTGCTTTGAGACTTGTTGTTGCTCCTTGGTTCTTCA
AAAGAAATGTAAATTTTCGAAATCTTATAATTTACCTTGACACTTTTTTA
TAGCGAGGTTTTTTTAGTTCCAGTTAATGTTTGGATTTTTTTGATAATTT
TTTAACGCAAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00018680-exon-sc0000304-1575043694:179220..181914 | TCONS_00018680-exon-sc0000304-1575043694:179220..181914 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00018680-exon-sc0000304-1575043694:176104..177784 | TCONS_00018680-exon-sc0000304-1575043694:176104..177784 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00018680-exon-sc0000304-1510915933:179220..181914 | TCONS_00018680-exon-sc0000304-1510915933:179220..181914 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00018680-exon-sc0000304-1510915933:176104..177784 | TCONS_00018680-exon-sc0000304-1510915933:176104..177784 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00018680-exon-sc0000304-1491911889:179220..181914 | TCONS_00018680-exon-sc0000304-1491911889:179220..181914 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00018680-exon-sc0000304-1491911889:176104..177784 | TCONS_00018680-exon-sc0000304-1491911889:176104..177784 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000304 | supercontig | sc0000304:176104..181914 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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