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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00021196 ID=TCONS_00021196|Name=TCONS_00021196|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4665bp
AAGTCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGAGGTCTCATTTAATGTAAGAGTT
TTTTATTGTCAACCAATTCATTGTTATAAATTTTGTCGTACTAAAGTTTA
AGTTCATGTAAAATAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAGTC
GAGTTTCAGTCAATGAAAAAGACTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTAG
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GTCAGGTCAGAGGTCTCATTTAATGTAAGAGTTTTTTATTGTCAACCAAT
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TTTGTCATCAGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAATGAA
AAAGACTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTAGTCAGAGTAATGGACTTT
TTTCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGAAGTCTCATTTA
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GATAAAGTATAAGTTCATCTAAAATAGTTTTGTCGTCTGTCAAGTCGAGT
TTAGTCAATGTAAAAGAATATTCTCGTCAGTCAAGTCGAGTTCAGTCAAT
TCGAGTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTT
TCACTTAACGTAATAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTAGTCAGA
TTAAGGGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAGTCTCA
TTTAATGTAAAGGTTTTTTCTTGTCAACCAATTCATTGTTAGAAATTTTG
TCGTAATAAAGTTTAATTTCATGTAAAATAGTTTTGTCGTCTGTCAAGTC
GAGTTTAGTCAAAGTAAAAGAATATTGTCGTCAGTCAAGTCGAGTTCAGT
CAATTCGAGTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAA
GCTCTCACTTAATGTAATAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTAGT
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TAAAGGTTTTTTCTTGTCAACCAATTCATTGTTAGAAATTTTGTCGTAAT
AAAGTTTAAGTTCATGTAAAATAGTTTTGTCGTCTGTCAAGATGTTTATT
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GGTCAAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAA
TTTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAATT
TCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGCTTAGGATTTTGTCGTCAGT
CAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCAA
GCTTAGTCAATGTAAACGATATTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTAAGTCA
ATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAA
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gattaaatttaacaaatagcccaaaagcgactttctcgcccgaactttaa
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tGTAGAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTAAGTTTGAAATTGTTTAATCAT
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aAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTATTCGTCAGTCAAGTCAA
GCTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAATTCAAGTTTCAG
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ACTACTTTTTTCGTCAGACAAGTAAAGTTTCAGTTATTGTAAAAGAGTTT
TGTCATCAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTA
AAAGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTTCAGTCAGAGTGGGA
GAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTCAATCAATATAAATGAGTCTAT
TCGTCAGTCGAGTCAAGTTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAG
TCAAGTCCAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTATCGTCAGTCAAGTCA
AGTTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTC
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AAACGATATTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGTT
TTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTTGTC
AGTCAAGTCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCAAGTTTCACTC
AACGTCAAATAGTTTTGTCGTAAGTCAAGTTTCAGTTAATGTAAAAGAGC
TTTGTCGTCAGTAAATTCAATTTTCAGTCAGAGTAAAAGAGCTTTGTCGT
CAGTCAAATCAAGTTTCAATCAATATAAAAGGTTTTTGTTGTCAGTCAAG
TCAAGTCAAGTTTCAGTTAAAATCcgggtcataatatttgagaaaaaaag
gaaaattcccaTGAAATCTTATAGTCACAAACAATTTCGAAGCGCtctgg
aagggtagagttttaacattagacttaagaccttaggtaggatctgagga
tccaaaagtacaagaatggtccaatagcgCTTAGAATATatcctggaagt
ctataaactcctcccgaattgaaatattcgattaaatttaacaaatagcc
caaaagcgactttctcgcccgaactttaaatttaGTAAGCAAGGTAATAC
CGaaattcccaatatattttgaccgagagtGTAGAGTAAAAGAGTTTTGT
CGTCTTTAAGTTTGAAATTGTTTAATCATCAGTCAAGCCAAGAGTTTAGT
CAATTTcaaacagttttttcaaaattcagtcaAGTCAAGTTTTCAGTTAA
TGTAAAAGAGTCTATTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAA
GAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTC
TCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACTACTTTTTTCGTCAGAC
AAGTAAAGTTTCAGCTATTGTAAAATAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAG
TTTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTAAAA
GAGTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTTCAGTCAGAGTGGGAGAG
TTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTTGTC
GTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTTCAGTCAGAGTGGGAGAGTTTTGTCATC
AGTCAAGTCAAGTTTCAATCAATATAAATGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGT
CAAGTTTTCAGTTAAAGTAAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTT
TTAGTCAATGTAAAATAGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCA
ATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACG
ACTTTTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTTATTGTAAAAGAGTTTTGT
CATCAGTCAAGTCGAATTTCAGTTAATGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTC
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GTTTCAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGT
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tgtcgTCAGTCAAGTCAGGTTTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTGTCGTCA
GTCAAGTCAAACTTCAGTcaaagtaaaataattttgtcgTCAGTCAAGTC
AGGTTTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTGTTGTCAGTCAAGTCAAGTTTCA
GTCAATGTCAAATTGTAGCCGATGAAAAAACATTGTAAGCTGACTGACAG
ACAGTTTCGTTATCTAGGTTTACAAAATGTcagtaaaatataaaaagaaa
ttaaaaaattaaaaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000379:257258..264888- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00021196 ID=TCONS_00021196|Name=TCONS_00021196|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7631bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000379:257258..264888- (Clytia hemisphaerica)
AAGTCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGAGGTCTCATTTAATGTAAGAGTT
TTTTATTGTCAACCAATTCATTGTTATAAATTTTGTCGTACTAAAGTTTA
AGTTCATGTAAAATAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAGTC
GAGTTTCAGTCAATGAAAAAGACTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTAG
TCAGAGTAATGGACTTTTTTCATCAGTCAAGTTAAGTCAAGTCAAGTCAG
GTCAGGTCAGAGGTCTCATTTAATGTAAGAGTTTTTTATTGTCAACCAAT
TCATTATTATAAATTTTGTCGTACTAAAGTTTAAGTTCATGTAAAATAGT
TTTGTCATCAGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAATGAA
AAAGACTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTAGTCAGAGTAATGGACTTT
TTTCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGAAGTCTCATTTA
ATGTAAGAGTTTTTTATTGTCAACCAATTCATTGTTAGAAATTTTGTCGT
GATAAAGTATAAGTTCATCTAAAATAGTTTTGTCGTCTGTCAAGTCGAGT
TTAGTCAATGTAAAAGAATATTCTCGTCAGTCAAGTCGAGTTCAGTCAAT
TCGAGTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTT
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TTTAATGTAAAGGTTTTTTCTTGTCAACCAATTCATTGTTAGAAATTTTG
TCGTAATAAAGTTTAATTTCATGTAAAATAGTTTTGTCGTCTGTCAAGTC
GAGTTTAGTCAAAGTAAAAGAATATTGTCGTCAGTCAAGTCGAGTTCAGT
CAATTCGAGTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAA
GCTCTCACTTAATGTAATAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTAGT
CAGAGTAAGGGATTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTCAGTCTCATTTAATG
TAAAGGTTTTTTCTTGTCAACCAATTCATTGTTAGAAATTTTGTCGTAAT
AAAGTTTAAGTTCATGTAAAATAGTTTTGTCGTCTGTCAAGATGTTTATT
TGATGTAAGATTTGAATATCAAGTTTCAGTCAGTGGCAGACTCTTTACTG
GCAGTCAAATCAAGTTTCAGTCATAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCATC
GGTCAAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAA
TTTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAATT
TCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGCTTAGGATTTTGTCGTCAGT
CAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCAA
GCTTAGTCAATGTAAACGATATTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTAAGTCA
ATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAA
TAGTTTTGTCGTCAGACAAGTCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGTTTTG
TCAAGTTTCAGTCAACGTCAAATAGTTTTGTCGTAAGTCAAGTTTCAGTT
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AGTTTTTTGTTGTCAGTCAAGTCAAGTCAAGTTTCAGTTAAAATCCGGGT
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ACCTTAGGTAGGATCTGAGGATCCAAAAGTACAAGAATGGTCCAATAGCG
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GATTAAATTTAACAAATAGCCCAAAAGCGACTTTCTCGCCCGAACTTTAA
ATTTAGTAAACAAGGTAATACCGAAATTCTCAATATATTTTGACCGAGAG
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CAGTCAAGCCAAGTTTAGTCAATTTCAAATAGTTTTTTCAAAATTCAGTC
AAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTATTCGTCAGTCAAGTCAA
GCTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAATTCAAGTTTCAG
TCAATGTCAAATAGTTTTCTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAA
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TGTCATCAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTA
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GAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTCAATCAATATAAATGAGTCTAT
TCGTCAGTCGAGTCAAGTTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAG
TCAAGTCCAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTATCGTCAGTCAAGTCA
AGTTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTC
AGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGT
AAACGATATTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGTT
TTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTTGTC
AGTCAAGTCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCAAGTTTCACTC
AACGTCAAATAGTTTTGTCGTAAGTCAAGTTTCAGTTAATGTAAAAGAGC
TTTGTCGTCAGTAAATTCAATTTTCAGTCAGAGTAAAAGAGCTTTGTCGT
CAGTCAAATCAAGTTTCAATCAATATAAAAGGTTTTTGTTGTCAGTCAAG
TCAAGTCAAGTTTCAGTTAAAATCCGGGTCATAATATTTGAGAAAAAAAG
GAAAATTCCCATGAAATCTTATAGTCACAAACAATTTCGAAGCGCTCTGG
AAGGGTAGAGTTTTAACATTAGACTTAAGACCTTAGGTAGGATCTGAGGA
TCCAAAAGTACAAGAATGGTCCAATAGCGCTTAGAATATATCCTGGAAGT
CTATAAACTCCTCCCGAATTGAAATATTCGATTAAATTTAACAAATAGCC
CAAAAGCGACTTTCTCGCCCGAACTTTAAATTTAGTAAGCAAGGTAATAC
CGAAATTCCCAATATATTTTGACCGAGAGTGTAGAGTAAAAGAGTTTTGT
CGTCTTTAAGTTTGAAATTGTTTAATCATCAGTCAAGCCAAGAGTTTAGT
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TGTAAAAGAGTCTATTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAA
GAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTC
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TTTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTAAAA
GAGTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTTCAGTCAGAGTGGGAGAG
TTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTTGTC
GTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTTCAGTCAGAGTGGGAGAGTTTTGTCATC
AGTCAAGTCAAGTTTCAATCAATATAAATGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGT
CAAGTTTTCAGTTAAAGTAAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTT
TTAGTCAATGTAAAATAGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCA
ATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACG
ACTTTTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTTATTGTAAAAGAGTTTTGT
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GTTTCAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGT
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AGCAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAACTTCAGTCAAAGTAAAATAATTT
TGTCGTCAGTCAAGTCAGGTTTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTGTCGTCA
GTCAAGTCAAACTTCAGTCAAAGTAAAATAATTTTGTCGTCAGTCAAGTC
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GTCAATGTCAAATAGTTTTTTCGTCAATCAAGTCAAGTTTCAGTCAAAAG
TAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAATTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAG
TTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTTTC
GTCAGTCAAGTCAATTTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGTCGTCGGTC
AAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACGACTTTTTTCGTCAGACAAGTCAAGT
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ATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGTAAA
ATGGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTT
TGTCATCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACGACTTTTTTCGTCAG
ACAAGTCAAGTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCA
AGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTC
AGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAA
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AAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTT
CAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTA
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GTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCA
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AAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAA
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TGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTC
AGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAG
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TTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTT
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AAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTT
TTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGT
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TTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGT
TTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTA
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AGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAG
CTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAG
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GTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTC
AAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAA
GCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCA
GTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAG
TAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGA
GTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGT
CGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGT
CAAGTCAAACTTCAGTCAAAGTAAAATAATTTTGTCGTCAGTCAAGTCAG
GTTTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGT
CAATGTCAAATAGTTTTTTCGTCAATAAAGTCAAGTTTCAGTCAAAAGTA
AAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTAAAACAGTT
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CAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTAAAACAGTTTTGTCGTCAGTCATG
TCAAGTTTCAGTAAATATGAAAAAAAGTTTGTCAATGACCGAAATTTTGT
CGTCATTCAAGTTTCCTTCAATGTTACATTGTAGCCGATGAAAAAACATT
GTAAGCTGACTGACAGACAGTTTCGTTATCTAGGTTTACAAAATGTCAGT
AAAATATAAAAAGAAATTAAAAAATTAAAAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00021196-exon-sc0000379-1575043694:260328..264888 | TCONS_00021196-exon-sc0000379-1575043694:260328..264888 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021196-exon-sc0000379-1575043694:257258..257361 | TCONS_00021196-exon-sc0000379-1575043694:257258..257361 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021196-exon-sc0000379-1510915933:260328..264888 | TCONS_00021196-exon-sc0000379-1510915933:260328..264888 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021196-exon-sc0000379-1510915933:257258..257361 | TCONS_00021196-exon-sc0000379-1510915933:257258..257361 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021196-exon-sc0000379-1491911889:260328..264888 | TCONS_00021196-exon-sc0000379-1491911889:260328..264888 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021196-exon-sc0000379-1491911889:257258..257361 | TCONS_00021196-exon-sc0000379-1491911889:257258..257361 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000379 | supercontig | sc0000379:257258..264888 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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