TCONS_00024333 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00024333
Unique NameTCONS_00024333
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3410

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00024333 ID=TCONS_00024333|Name=TCONS_00024333|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3410bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00024333-protein

>TCONS_00024333-protein ID=TCONS_00024333-protein|Name=TCONS_00024333-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=767bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000487:107557..126483-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00024333 ID=TCONS_00024333|Name=TCONS_00024333|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=18927bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000487:107557..126483- (Clytia hemisphaerica)
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000487:107557..126483-

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TGTTATTCTAGCTGGACTTCCTTTCGCTTTGCTACTATGTTTTTCAGCTA
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GAATGTTATTCATCTACAGTTTTTCATCCCTATGATCGCTTTATTTGTCT
GGTTTTCAATAACTGGTGGACTCGCTATCGATATGCAGAACAGAGCTATT
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TCGCTTTAAGTGATAACGTTTGGTATCTCCTTAACCTTGCCGTCCAATCT
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ATTGTGTTGATGGTTTTACAATCGTTTCTATCAGTTTTGGCGTTGCGACG
TCGTTCAATCTCGGCTCCTTAAGTATGGTATCTGGAGCCAGAATACTCTT
TCCCGAATTGGAGGATAGTCAAACAGCAAGAAACACTTACATAGCGCAAG
CACAAAATTCGTTGAATGTGACCATGCTTCATTGGGGACTTCAGGGTTTC
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AGGTTTAGACACTGACCGTCCAAGATATAACAATTTTGAGTATTTCACAA
TGGTTTTTACAACTGGCTTATCGACAGGTCTTTTGTATGACTCTGTCAAT
GGACCTATTGTTGGATACAGAAATGAGAATACCCAAAATTTATTATTATA
CCAAGGAAAGTTTTATGTTGGCAGTCAATTAGTATGGGTCATTTTGATTA
TCATCATTTATTTCAAATATGGTCATCTTCGATTAGGTGTCTAACTTTCC
GTTTCGAAAGGGGAGACCGGCTTATTCTGTCAGTCAATCCGCTATCGACA
TTCATTGGAGGTTTCTTGCTTTGGTTGGTCATTATTTGGGCTGTAGTAGA
CCATGATCAAAGTGCTGGGTATTTCAACGAAGCTCGATTATGGATCACTG
ATAAATGCACCTGATGGAAAATGGAGTTTTATATGACGAAGTCAATGGAA
ATCTGCCAACTATACCGCAACCGCAACGGGCTTTAAGCCACCGCGAATTT
AACCAGAATGACTTAACCGAGCGAAGAAAAGAATTTAGTAAGCGATTGCA
GTACGTGAATCTAATCGTGGGCAAGGTGCTCCAAATCAAGCTTATGAGGA
GACTAATGTTAACGACGCTGGAAGTGAAGGGAATGTATTTCCAGAAATCG
AAGAAGAAGTTCAGGCTTGAATTATTGAAACTGGAACCCTACTGGCGTTA
CGATACAGTTAAACACTGGAGAATGCTTTATGGCAATATCAAATCTGGCC
GGCTCTTAAAAGATGTCCTTATAGCAACTTTAGCTCCATGGTATTACCTT
GGTCAAATTGCAATTCGTGAGGGAAAGAAAACCAAGGAAGCTGACCAACA
CCCAAATCAGTTCTTCAAATATTTTCAATTCGCTTTACCATTTTATTTAT
GGATTTTCCTATTGTTCTTACATATTGGTTTTAATTACGTCAATTATATT
GGATGGACTTTCTTCATTGGTTTTGTAATATTGGCAAGCCGATTACGAAC
AGGATTGCGTCACCGACATGGTATCCAGGGCAACGTCATTGAAGATATCG
CCATCTTGGTGATTTATCCATTCACTGTGGTACAAATGAATGAGCAGGTG
ACGAGAGACCACCCCTTCTCCAGCGAATGTTCTGGTGCATCACCATAGGA
GCTGTCACTTCCATTCTTCTCATCTATGAGGAAAAAGTTGGTCGAAGTGA
AGTCAGCTCTTTTGTTATTCTAGCTGGACTTCCTTTCGCTTTGCTACTAT
GTTTTTCAGCTATTTCGATTTGGCGAGCAGCCCGAAAAATGATGAATGTT
GAACCCTGGGTACAACGTTTGGGATGTGCAAATGAAACTTATAAACAGTT
CTTTATTATTGCTGAGAAATACGATGATATCAAAGTGTTTTTACAAGTAC
TGGGGTTGATCATAACTTTGATGTATTTTATAACAAGTTTCGATTCTGCA
GCTTTGGTCATGGGAATCATATCAAGCAACGGGGGATGGTGGCTTGGATG
GGCGTCAATGGTGTCTCTCTTCTCAGCCCGCCTCAGTAAAGGGCGTACCA
TCAAGAATGTTATTCATCTACAGTTTTTCATCCCTATGATCGCTTTATTT
GTCTGGTTTTCAATAACTGGTGGACTCGCTATCGATATGCAGAACAGAGC
TATTGCTGGTAATATTACTTGTGGCATGGATAAGATCTATTTTCACCTTG
ACAATCGCTTTAAGTGATAACGTTTGGTATCTCCTTAACCTTGCCGTCCA
ATCTTTTGGTTACTATGTCCAATTTTTCATTGGTTCATCCACCTTCACTG
CAGCTTTTTTACAAGAAGGCAAAGATACAGGTTTATACACCAAAGATGAG
ATCAATTGGATGCACCATAACACAGTCTTTTATTGTTTATAGCATTATGG
ATTGTAGCTGGGTTATCAATGATTTCAGCAGCTGCTGGTATCCGAATGTC
AATCAGGAGAATGTCCCAACTCTGTTTCTTAGTTGGTTTACCTTTATCAG
CCCGTTCGATGCTCTATCCTGTCTTTGGCAAAAAAGTCTTTGGAAGGCTT
GGTGATTGTGTTGATGGTTTTACAATCGTTTCTATCAGTTTTGGCGTTGC
GACGTCGTTCAATCTCGGCTCCTTAAGTATGGTATCTGGAGCCAGAATAC
TCTTTCCCGAATTGGAGGATAGTCAAACAGCAAGAAACACTTACATAGCG
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GACATTCATTGGAGGTTTCTTGCTTTGGTTGGTCATTATTTGGGCTGTAG
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TGCAGTACGTGAATCTAATCGTGGGCAAGGTGCTCCAAATCAAGCTTATG
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GTTACGATACAGTTAAACACTGGAGAATGCTTTATGGCAATATCAAATCT
GGCCGGCTCTTAAAAGATGTCCTTATAGCAACTTTAGCTCCATGGTATTA
CCTTGGTCAAATTGCAATTCGTGAGGGAAAGAAAACCAAGGAAGCTGACC
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TTATGGATTTTCCTATTGTTCTTACATATTGGTTTTAATTACGTCAATTA
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CG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
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Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR000060BCCT_transptr
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0005215transporter activity
Vocabulary: Cellular Component
TermDefinition
GO:0016020membrane
Vocabulary: Biological Process
TermDefinition
GO:0006810transport
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0006810 transport
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molecular_function GO:0005215 transporter activity
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00024333 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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