TCONS_00025633 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00025633
Unique Name	TCONS_00025633
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2813

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000541:148357..167265+

transcript sequence

>TCONS_00025633 ID=TCONS_00025633|Name=TCONS_00025633|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2813bp
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GTTTAGAGGCTACAGTTTATTTTTCGTTGAGGAATGATCGTACAAATTCA
ATTTTAAGGCCAC

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000541:148357..167265+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00025633 ID=TCONS_00025633|Name=TCONS_00025633|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=18909bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000541:148357..167265+ (Clytia hemisphaerica)
tctacatggttTTATTTCTGCGTCGGCAAATTTGATTCCAGGCAGAGCCA
AAGCTTACCAGAAAATCTACAATACTTATTTTGATTCGATTTTAACTCTG
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CTGATTTGACGGTTCCAGTCCCTCATGTCTCGTGACCCATCCTGACTCAG
GGAGCTGGTCTATCTATAAATGATCTGAAAATATTAAACAAGTCATCTAA
ACCCTTGACATCATAGATCTAAATCCTCAAAAAtctatatttttcatttg
ttttaggATCGCAAGTCCGGCCCACGCCTGCAGAGGGCGTAATCCCGCCC
TTAGTTCAACCTGTCGTAACAACTGGATGGTACGATCAATATGTACCAAC
CGAAGCTCCCACAACCTTGAGTACCGCTGTTATAggaaaaaaggtatttt
tttgtcttttaacTGTAAATCCACTAAAATGTGTgtctgaaaataaattt
cagatCGTTCACCAAACGTCTGTAAGATTTTGGCCTCAAATGTCGAATGA
TATTGAATATCTGTATTAATATGAGTTCATTGTACTACAAAGAAAAGCAT
TGCACTTTTTAAGTATAAAATGGTGCAGTACACTGGACCTTTAAGTAGTG
CACACTGTCGGGAACCGGGTTAGAGTCCGCTATATTTATGAtatacacca
ttgcaatgtcttccaaggacccaacagctgattggttgtaagtgacgtaa
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GAAGACATTTcaatgatgcatatcatgaattgtatgTTTCTATATACCCA
CAAGATGAAATACAgaagaaatacaaaaaaataacttttactTTAATCAA
GGTATGGCGAGACGAACGGCGCGAGAAGAGATTGAAGAAGAAACGTAGAC
GCATGCGCCGACAACGACGGATGATGCAAGAGAAGAAACGAATGGAGCAG
GAATCCAGACAACAAGAAGAGCCAGTACAAGAAAAACGTAAAGGGTGGCA
ACTATTGAAGGCGTACGATAAACGGCGTCAAGAGGCCGAGTTGCTAGCGG
CCGGATATTCCTCATCTGGGGCCAGTCGTAGGAATAATGAGGATCATATC
GTATCGTCGTTGCGTTGCGATTACAGTCATCAGcatcaccatcaccatca
tTCGGATGAATTGAGTTACGGCCCCCGATCGAAACGGATAGGGAAGTATG
TTGTTCACTTCCCTGCTATTTTTGATCGGTTTATATTAACGCAACGGCAA
CGGAACAGCTTGAAAGAGCAATGCAATGAAGCGAAGATGTATGATGACCG
AATGAGTGATTCATCTTCCGTTGATCGTAGGCCAAGAAAACGAGTAACTT
TCAAAATCATGTCTTATCCAACAGCTGATAGCTGAAAGATACGAAGTTTG
TTGCATTGCATCCCTTTGACAGTTTGAGATTTTTCGATAGGCGAGCAGTT
GAAATATTAGGGCTATTATATCGTTGATTCAAAGTAACTTTAATAAATGG
AAATCTGACAAACCTTCAGTTAGAAAATAGTTGAGatgttcatttgttaa
aaatGCATCATTAGTGCTTCAATGGACTATGTTCATTTGATTGGCTGATA
CCTGAAAGAAGGCGTGTGATTGGTTGTCAGACATCATTGTTAACGATAAA
TTTTCGACTAACAATTCGATTGTGTTGTAAGTCAAGAAATAAAGATATGG
AATAAACTACATGCATATTATTTGCCGTCTTGCATGAAGACATCAGATTG
GTTCGTTATTGGATTGTTATCATTATTCATCAATATTGGGCAGAACTTTT
ATAAAACCCTGGTAGGAACTAGAATTGCCGAAGAAGCTCATTTCCTGATA
CTCCTGGAACTTTAATAAAATAATGAATACCTGAATGACAGGAATTTGAT
CTATGATAGAGATTTAGGATGGATCAGATATAAttgcaaagattttcaaa
acttaTTTCATTTGAGTAACGTTTTAATATTGAAGGACAACCTCAAGTCA
AATGGTTTAGGACCagtcaatttattaattttacTAAATTGATAAAGTTT
AGAGGCTACAGTTTATTTTTCGTTGAGGAATGATCGTACAAATTCAATTT
TAAGGCCAC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_014387	XLOC_014387	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00025633-exon-sc0000541-1491911889:148357..149774	TCONS_00025633-exon-sc0000541-1491911889:148357..149774	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00025633-exon-sc0000541-1510915933:148357..149774	TCONS_00025633-exon-sc0000541-1510915933:148357..149774	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00025633-exon-sc0000541-1575043694:148357..149774	TCONS_00025633-exon-sc0000541-1575043694:148357..149774	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00025633-exon-sc0000541-1491911889:165413..165549	TCONS_00025633-exon-sc0000541-1491911889:165413..165549	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00025633-exon-sc0000541-1510915933:165413..165549	TCONS_00025633-exon-sc0000541-1510915933:165413..165549	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00025633-exon-sc0000541-1575043694:165413..165549	TCONS_00025633-exon-sc0000541-1575043694:165413..165549	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00025633-exon-sc0000541-1491911889:166008..167265	TCONS_00025633-exon-sc0000541-1491911889:166008..167265	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00025633-exon-sc0000541-1510915933:166008..167265	TCONS_00025633-exon-sc0000541-1510915933:166008..167265	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00025633-exon-sc0000541-1575043694:166008..167265	TCONS_00025633-exon-sc0000541-1575043694:166008..167265	Clytia hemisphaerica	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000541	supercontig	sc0000541:148357..167265 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	0.105169	0.234222	0	0	0	0.0512546	0	0.0430022	0.0280767	0	0	0	0.377236	0.349411	0	0	1.65927e-09	0	0.229615	0	0.107175	0	0	0	0	0

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00025633 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00025633 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00025633 (transcript) - C. hemisphaerica