TCONS_00027920 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00027920
Unique NameTCONS_00027920
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length5366

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00027920 ID=TCONS_00027920|Name=TCONS_00027920|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5366bp
CAAATCAATTGAATAATTACAATTGGATTGTAGAATACAATTAAATTCTA
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ATTAGATTAGTAATAAGAGGACAGAGATTTTTCTTGTTAAACGATGTTGT
TAAACAATGAAAGGTA
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00027920-protein

>TCONS_00027920-protein ID=TCONS_00027920-protein|Name=TCONS_00027920-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=256bp
MKHLKVKWQVLLYIAFIYIKLSDSKVCIASGPCGCKLDDDSAEMDLSPLM
NNAPSPMFSGVDTSTGGFSVSVDLCRTFACLNTNDAMFCAIDAIPSPFVI
GNKLSSFDYDEENDIVTFIYTLTGAAEPATIRIVLHCTQDSGIGKMSDFD
ISGQGSTFKSTLLSKYACWKRSGGGGGSGAKSGGLSKGSILCISLLVISV
VYIVGGILINKYVRKVDESTSLCPNAEFWKVLPGYIKDGFMFTKSKIKKD
KEYEQI
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000657:159146..174472+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00027920 ID=TCONS_00027920|Name=TCONS_00027920|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=15327bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000657:159146..174472+ (Clytia hemisphaerica)
CAAATCAATTGAATAATTACAATTGGATTGTAGAATACAATTAAATTCTA
AACAAATATTACCCAAGATTTGCTGTTCAATTGTCAGAcataatcaaatc
aatcaaatattAGGGCGAATTCAAGTtcaattgatttgatttttatacaA
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tttgtTTAGGTTCCCAGGAATTGTGGGTACTGAGCCGTCTTACGAATACG
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ataaggtaaatCTTAAGTTTCTTTACATTGCGATCTCTGATGCCTCAAAT
TCATTCTCTCGTGAAATAACTTTAGGGATCATTTGTTCAACTTTAATAAT
GACTTCTATTGAATTTATAACTTTTCTTTCATTAAATTTAAGTTTCCCTT
TAAATTTTGAGGATCTTTTTTACCCATTCACTTTTCCTCCGTTCTTAGGT
TTGTTTAAAAGTACAAAGCATAGTGAATATGGCCATTGGGAAAGACGTAG
CTTATGAGTATGATGCTGAAAGTGACATCATCACTTTTGTATACTCAGGC
GTCGTACAATCAGAGTAAGTTCCACTTACATTGGCCGCTGATGAAAAGGA
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CCTCCATCTTTGATCATGCATAGTTTAAAAAGGAAGAGTTACCTGCACAT
TAGTAGCGCTAAACCTGATTTTCACCAGATATTAATGCGTTTATGTTTGT
AACTGAAAACGATTAGCTTTTGATTTGACTAGATCGTGACTGGCTGACAA
CAACAAAATTTCTGCTAATTCTTCTCTTCCCAGAAATGgtttaaggtttt
attttgaataagcTTTAAAGGAGAATTTCTTTCTTTAGAAAAGTACAAAC
TCGAATTACAATGCATTGCTCCACTACAGCACCTGGCATTGGCACACTGG
CTAACGTCAACAACGATAAAGATAGTAAATTATTTGTAAGTTACATCGCA
AATCGCTAGATTTTACCTTTCCTTAGCCTCCATGGATCTGTGTTCGACAC
CCGAGATGTCGGGTGTCAACTTCGGTGAGACGTTTTAAAGCCGTTTTTAA
AATCCAAATCCCACGAaatcaaattttgctttcaacaAGATTTTACCAGA
TTTCAATTCAACCTCTATGAGAGtgtaattttattaaaattaatttttga
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TccgggtcaagctggagtttttacaagatacttacAAATCAGAGATGCTT
TGAGCATAGAACGTTTTCCTATCGTATACAGTAGAATTAATTTATGAAAT
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CACTCTCCAAACTATCTAcacccccaggtcccgaggtcccgaagtcctgA
GTTGAACTAtaacaacactctccaaagtatctataaccccaggtcccgag
gtcccgaagtcccgagttgaactgtgccaatactctccaaagtatctact
cccccaagtcccgaggtcccgaggtcccgagttgaGTTATGTATGTTCTC
TTCACCTATAAAAACCCACatccccaggtcccgaggtcccgagttgaGTT
ATGTTCTCTTCACCCATAAAAACCCACACCCCCAGGTCCCGAGTTGAGTT
ATGTTCTCTTCACCCATAAAAACCCAAacccccaggtcccgaggtcccga
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GTTGAGTTATGTTCTCTTCACCCATAAAAACCCAAacccccaggtcccga
ggtcccgagttgaGTTATGTTCTCTTCACCCAAAAAAACCCACACCCCGC
CCAGGTCCCGAGTATAAATATTATTTCCAAAAGATCTACAACCctaggtc
ccgaggtcccgagttgaGTTATGTTCTCTTCACCCATAGAAACCCAcacc
cccaggtcccgaggtcccccGAGTTGAAGAAATCAGCGAGTGCGCACGAA
GCGGAAAACATAGTGAAGGGACGAAGCGACCTCGTGGTATACAGAAACAA
AACCATGACTTATATAAAACTATTGTTGTCCATTTTGTTAAGGATTAGTC
TAAATAAATTTAATagtaaatgataaaaataaatttaacaccacattttt
aattttcgNCTGacaacaacaaaattttggttCTCTGATCTGCTATTCTT
CTCTTCCCAGAAATGgtttaaggttttattttgaataagcTTTAAAGGAG
AATTTCTTTCTTTAGAAAAGTACAAACTCGAATTACAATGCATTGCTCCA
CTACAGCACCTGGCATTGGCACACTGGCTAACGTCAACAACGATAAAGAT
AGTAAATTATTTGTAAGTTACATCGCAAATCGCTAGATTTTACCTTTCCT
TAGCCTCCATGGATCTGTGTTCGACACCCGAGATGTCGGGTGTCAACTTC
GGTGAGACGTTTTAAAGCCGTTTTTAAAATCCAAATCCCACGAaatcaaa
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gatactttggagagtgttggcacagttcaactcgggacttcgggacctcg
ggacctgggagtgtagatactttggagagtgttgacttcaggacctcggg
acctggggttgtagatactttggagagtgttgctGCAGTTCAActtggga
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aactcgggacctcgggacctgggggtgTGGTTTTTTTTTGGGTGAAGAGA
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cgaTTTTTCCAAGACAGATTTTCAAAGAATTAGTCAACTCCCGAAACAAA
AAAGTggtacttttattttatgaaagaaagtgaaagtttaTTGCACATTT
GTTTTATCTTTTAGTATGTTATATTTCAAGTGTCTGTATCCTTCTATATT
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cccccactgacgaggatattgattttttgaagtatcgaacccctggatat
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ATATTCCTATAATGATGGATCTGCATCACAGATATCGTATTCTTAAACAC
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gaaaacattcgaatcgtgCTGTTGACGACCAGAATCGAAAACAAGATGGT
GGACTAGCCAGCTCTAAATCTGGACACACTTCCCANTGTAAATATGTTGA
CGCTCTCTATAGTCTCTAATTCAATTCTCAAgggaaattcaaatttgatc
gaaaacgggagcttatcgaaacatagaacgtcgaattagagagcgtcaac
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aaaacctTTTGTATTTTCCACTGCATTTTAGATTATATATTTCCGAAAtt
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ttttcatgatttttataaatttccatatattctctcatgatttttatgaa
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000657:159146..174472+

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AAGGATGGATTCATGTTTACGAAATCCAAAATTAAGAAAGACAAAGAATA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000657supercontigsc0000657:159146..174472 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	1.71162e-06	1.25484e-06	4.48125e-10	0	0	0.057316	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR009011Man6P_isomerase_rcpt-bd_dom
IPR018939Autophagy-rel_prot_27
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00027920 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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