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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00028022 ID=TCONS_00028022|Name=TCONS_00028022|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3076bp
GGCCTTCGTTACGGATGGTTTTGCAGCTGGAGAGCTTTTCGTCTCGGTTG
TTTTCGCAGCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTT
GCCTTCGTTACGGATGGTTTTACAGCTGGAGAGATTTTCGTCTCGGTTGG
CTTAGCAGTTGGTGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTACAGCTGGAGAGG
TTTTCGTCTCGGTTGTTTCAGCAGTTGGAGTTGCCTTCGTTATGGATGGT
TTTTCTGGTGGAGTAGCTTTCGTCTTGGTTGGTTTTGTTATTAGAGTATC
TTTTATCTGGACTGGTTTTGCAGATGGAATAGTTTTGGTCTGGCTTgctt
ttgtttggtttggtttagTAGTTGAAGTGTTCTGCGTTGGCTTTTTAGCT
TGAGTTGCCTTGGGCTGAGATGGCTTTGTAGCCGAAGCTGCTTTCGTCTT
TGTTGGTTTTCCTTCTGGAGTTGCATTAGCTATGGTTGGTTTTGCAGATG
TAGTTGCATTGGTTTTGGTTGGTTTTGCAGATGGAGTTGCATTGGTTTTA
GTTGGTTTTGCAGCTGGAGTTGTCTTGGTCTGGAATGATTTCGTAACTGG
AGCTACTTTCGTCTGTGGTGGTACTGCATTAAGAGTAGTTTTCATCTGCG
GTGGTATTGTACTTGCAGTTAGAATAGCTTTCGTGTGGATTGGTTTTGGT
GATGCGTCTATTGCTTTGGATGGAGGTTCTTCAATTTGGGACGGCTGCGT
GGTTTTAACCAGTTTGGTATCAACTGGATTTGGCGTAGACGACTCCGTAT
ATTTATTTGGTAGTGTGATTTTCTCTTGGACGGGTTGGTGAGGATCCATG
GCTTTTGGTTCGCTTGCAGGCTGGAAAGATTTCTCTTTTGAAAGTTCTAA
AGCTACTGAATCTGGATTCTCCACAAAGTGTTTACATTTGCTCTGAGTAG
GTGAATATTGTggatttttttctgatgaaTTAGGGGATTGGAAAATATCA
ACGTTACATTGTGATGGCTTGACGGTCTTTGCCTCGATTTGATTGGGGGT
CTTCTGTTGAACGTTTATCTGAGATATTTCCGAGATTTCACATGGAGTGG
ATATTTTCTGATTCAGAGGTTCagacttttttgcttcttcagTTATTAGA
GAGTCGGTATCTAACGGTTCTGGTGAATCTGGAGTTTGTAATCTCTCATC
AATAGCTGCATAATCAATCTTATTCCATTGTATATCTTTCACCTCTTTCG
AACCGAACTTAATTTCTTTAGCAACAACAGCAATACCATCCCAATAATAC
TCTAAATATTCATTCATCAAAGCATATATCTgacaatatttcattttatg
ttCATTTAAATAATGATTAACAAATCGAACATTACAAAACCAAACATTGC
AAATCTCACATGGCAAAGGTGTGTGTATCCCACCATGGTTTACATTACAA
CGATAAACTTGTTGCTGTTTGAGTGTTTCAAATGTCGCTATCTTAGTATC
GTAATAGTGATAAAATGCTAAATGGTGTATCAAATAAGTCGCTAATGAGA
AATATTGACCTTCGCAATGAGGACATTGATAGAGAAATTTTGCTCCAGTC
GTTCTTTGGATTGTCCTATGTTCAGTTGGAATGGAATCGAGTGAACAAAG
CCCTGTTAGTGTGTGTGAATCATTCGACTTCAATTCTAATGTAGATAGTT
TAACTCTTGCATTAGGTGGATTTGGAGGTTTCTTGTCTTTGGTAGCTAGT
GGTTTGGTAGGATGTGAATCTTTGTTCGTTGGTTGTTCTAGAGGTTTTTT
CAATACCGTTCCAGTTCGTTTTGCAAGCTGTACGACTTTGCCTGATGTTA
GTTTTATAGTTGTtaagtttttgacatttgatGCTTGTGAAGGCTGTAcg
ggtatttttgtagaggTAGTGGAAGCATTTATAGATTGTTCGTCAGCTGA
TTTTGAAACGTCCTTTAAAGGTTCGGTAACTTTTATCTGGTTCGATTTCG
TAGGCTCATGGTTAATTTGTTTTACATCTTGCTCATTAGATGCAGACTTT
TGTAAATCAGTAAAACGTTTAGAACTTTCGGATGAATTTGTCACATTTAC
GGAATCGattactttttcagtttttgatttctttgtttgaatttcttcat
CTTGAGGAAGAGAATCGATATCTAAATTTGCTCGTTTGCGAGTATTGATA
GTTTCCTTATCCTCCTTCTCACCATCCTCATCGCTACTCATAATCTCAAT
AACTTCAATTTTAACAGTTGCAGGTTTTAAACGATTCTTGCTAATAATGT
CAATATCAACTGCTGAATCACTCGTTTCCCTGCTTTCGTTTATAGAGTCA
GTCTTCTGACCGATGTTCAACAGTGTTTTATTGATATTTGACATATCCTC
AATCTCCTTTGCCATTTTTGCAATCTCTTCTGGCGATTTTTCTGGTGATA
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ACCTCGTTTGACTGTTTCCCACGTGTAGCAACACCAGATTTAGTTtgctc
ttttgtttttgttgtcgTTGTCGTAGTTTTATGTTTCAATTTCGATTGGT
TTAGCAGATCCGTAGCTTTTCTTTTTAACTTCGATGGTCTAACCACAACA
TTTCCATACTGGTCAAGTTTTTTGGCTGTGATTCTGTGACCTGCCCAATA
TTTCTGTATCAAGTCTTTAATATCAGCTCCTATCATCGTCATACGATGTG
ATTTCTTGATATGTTGAATAAGGGTAGGTTCACAAAGCCATATCTCGCAA
CGATCACACGGTAGTATAACATGTTGCCCATGATGCTTAGCTTGACAGTG
TTGTATACATTCCTGTTGCTTTTGTTCAAATCTAGCATTATGACGTAAAT
AATCATGCTCCAATTGTAAATGTCCCGTTAAGTCTGACTGCTTCTCCTGG
CAGATATGGCACTGGAAAATCGCATCTTTCTTTACTTCGTTTTTGGTTTT
CTTACGTTCATACTGATGCACCTTTTTCAAATGGTTTCGTAAGTCTGTTA
GTTTCTTATCACAAAAAGGGCattta Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000661:24458..28358- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00028022 ID=TCONS_00028022|Name=TCONS_00028022|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3901bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000661:24458..28358- (Clytia hemisphaerica)
GGCCTTCGTTACGGATGGTTTTGCAGGTGGAGTTGCCTTCGTTTCGGTTG
TTTTTGCAGCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTT
GCCTTCGTTACGGATGTTTTTGCAGCTAGAGTTGCCTTCGTTACGGATAG
TTTTGCAGGTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATAGTTTTGCAGGTGGAGTTG
CCTTCGTTACGGTTGTTTTTGCAGCTAGAGTTGCCTTCGTTACGGATAGT
TTTGCAGGTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTTGC
CTTCGTTACGGATAGTTTTGCAGCTTGAGCAGTCTTCGTTACGGATAGTT
TTGCAGGTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATAGTTTTGCAGGTGGAGTTGCC
TTCGTTTCGGTTGTTTTTGCAGCTGGAGTGGTCTTCGTTACGGATGGCTT
TGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGTTTTTACAGCTAAAGATGCCT
TCGTTCCGGGTGGTTTTACAGCTGGAGAGGTTTTCGTCTCGGTTGATTTC
GCTGTTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTCGCAGCTGGAGTTGCCTT
CGTTACGGATGGTTTTAAATCTGGAGAGCTTTTCGTCTCGGCTGTTTTCG
CAGCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTTGCCTTC
GTTACGGATGTTTTTACAGCTAAAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTAC
AGCTGGAGCGGTTTTCGTCTCGGTTGATTTCGCTGTTGGAGTTGCCTTCG
TTACGGATGGTTTCGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTAAA
GCTGGAGAGCTTTTCGTCTCGGTTGTTTTCGCAGCTGGAGTGGCCTTCGT
TACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTACAG
CTGGAGAGATTTTCGTCTCGGTTGGCTTAGCAGTTGGTGTTGCCTTCGTT
ACGGATGGTTTTACAGCTGGAGAGGTTTTCGTCTCGGTTGTTTCAGCAGT
TGGAGTTGCCTTCGTTATGGATGGTTTTTCTGGTGGAGTAGCTTTCGTCT
TGGTTGGTTTTGTTATTAGAGTATCTTTTATCTGGACTGGTTTTGCAGAT
GGAATAGTTTTGGTCTGGCTTGCTTTTGTTTGGTTTGGTTTAGTAGTTGA
AGTGTTCTGCGTTGGCTTTTTAGCTTGAGTTGCCTTGGGCTGAGATGGCT
TTGTAGCCGAAGCTGCTTTCGTCTTTGTTGGTTTTCCTTCTGGAGTTGCA
TTAGCTATGGTTGGTTTTGCAGATGTAGTTGCATTGGTTTTGGTTGGTTT
TGCAGATGGAGTTGCATTGGTTTTAGTTGGTTTTGCAGCTGGAGTTGTCT
TGGTCTGGAATGATTTCGTAACTGGAGCTACTTTCGTCTGTGGTGGTACT
GCATTAAGAGTAGTTTTCATCTGCGGTGGTATTGTACTTGCAGTTAGAAT
AGCTTTCGTGTGGATTGGTTTTGGTGATGCGTCTATTGCTTTGGATGGAG
GTTCTTCAATTTGGGACGGCTGCGTGGTTTTAACCAGTTTGGTATCAACT
GGATTTGGCGTAGACGACTCCGTATATTTATTTGGTAGTGTGATTTTCTC
TTGGACGGGTTGGTGAGGATCCATGGCTTTTGGTTCGCTTGCAGGCTGGA
AAGATTTCTCTTTTGAAAGTTCTAAAGCTACTGAATCTGGATTCTCCACA
AAGTGTTTACATTTGCTCTGAGTAGGTGAATATTGTGGATTTTTTTCTGA
TGAATTAGGGGATTGGAAAATATCAACGTTACATTGTGATGGCTTGACGG
TCTTTGCCTCGATTTGATTGGGGGTCTTCTGTTGAACGTTTATCTGAGAT
ATTTCCGAGATTTCACATGGAGTGGATATTTTCTGATTCAGAGGTTCAGA
CTTTTTTGCTTCTTCAGTTATTAGAGAGTCGGTATCTAACGGTTCTGGTG
AATCTGGAGTTTGTAATCTCTCATCAATAGCTGCATAATCAATCTTATTC
CATTGTATATCTTTCACCTCTTTCGAACCGAACTTAATTTCTTTAGCAAC
AACAGCAATACCATCCCAATAATACTCTAAATATTCATTCATCAAAGCAT
ATATCTGACAATATTTCATTTTATGTTCATTTAAATAATGATTAACAAAT
CGAACATTACAAAACCAAACATTGCAAATCTCACATGGCAAAGGTGTGTG
TATCCCACCATGGTTTACATTACAACGATAAACTTGTTGCTGTTTGAGTG
TTTCAAATGTCGCTATCTTAGTATCGTAATAGTGATAAAATGCTAAATGG
TGTATCAAATAAGTCGCTAATGAGAAATATTGACCTTCGCAATGAGGACA
TTGATAGAGAAATTTTGCTCCAGTCGTTCTTTGGATTGTCCTATGTTCAG
TTGGAATGGAATCGAGTGAACAAAGCCCTGTTAGTGTGTGTGAATCATTC
GACTTCAATTCTAATGTAGATAGTTTAACTCTTGCATTAGGTGGATTTGG
AGGTTTCTTGTCTTTGGTAGCTAGTGGTTTGGTAGGATGTGAATCTTTGT
TCGTTGGTTGTTCTAGAGGTTTTTTCAATACCGTTCCAGTTCGTTTTGCA
AGCTGTACGACTTTGCCTGATGTTAGTTTTATAGTTGTTAAGTTTTTGAC
ATTTGATGCTTGTGAAGGCTGTACGGGTATTTTTGTAGAGGTAGTGGAAG
CATTTATAGATTGTTCGTCAGCTGATTTTGAAACGTCCTTTAAAGGTTCG
GTAACTTTTATCTGGTTCGATTTCGTAGGCTCATGGTTAATTTGTTTTAC
ATCTTGCTCATTAGATGCAGACTTTTGTAAATCAGTAAAACGTTTAGAAC
TTTCGGATGAATTTGTCACATTTACGGAATCGATTACTTTTTCAGTTTTT
GATTTCTTTGTTTGAATTTCTTCATCTTGAGGAAGAGAATCGATATCTAA
ATTTGCTCGTTTGCGAGTATTGATAGTTTCCTTATCCTCCTTCTCACCAT
CCTCATCGCTACTCATAATCTCAATAACTTCAATTTTAACAGTTGCAGGT
TTTAAACGATTCTTGCTAATAATGTCAATATCAACTGCTGAATCACTCGT
TTCCCTGCTTTCGTTTATAGAGTCAGTCTTCTGACCGATGTTCAACAGTG
TTTTATTGATATTTGACATATCCTCAATCTCCTTTGCCATTTTTGCAATC
TCTTCTGGCGATTTTTCTGGTGATACAGCTAGAGTTTCAGTTGCAGTTTT
CTGTGCTTTCTCAGATGTCTTTCTAACCTCGTTTGACTGTTTCCCACGTG
TAGCAACACCAGATTTAGTTTGCTCTTTTGTTTTTGTTGTCGTTGTCGTA
GTTTTATGTTTCAATTTCGATTGGTTTAGCAGATCCGTAGCTTTTCTTTT
TAACTTCGATGGTCTAACCACAACATTTCCATACTGGTCAAGTTTTTTGG
CTGTGATTCTGTGACCTGCCCAATATTTCTGTATCAAGTCTTTAATATCA
GCTCCTATCATCGTCATACGATGTGATTTCTTGATATGTTGAATAAGGGT
AGGTTCACAAAGCCATATCTCGCAACGATCACACGGTAGTATAACATGTT
GCCCATGATGCTTAGCTTGACAGTGTTGTATACATTCCTGTTGCTTTTGT
TCAAATCTAGCATTATGACGTAAATAATCATGCTCCAATTGTAAATGTCC
CGTTAAGTCTGACTGCTTCTCCTGGCAGATATGGCACTGGAAAATCGCAT
CTTTCTTTACTTCGTTTTTGGTTTTCTTACGTTCATACTGATGCACCTTT
TTCAAATGGTTTCGTAAGTCTGTTAGTTTCTTATCACAAAAAGGGCATTT
A
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00028022-exon-sc0000661-1575043694:28333..28358 | TCONS_00028022-exon-sc0000661-1575043694:28333..28358 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028022-exon-sc0000661-1575043694:24458..27507 | TCONS_00028022-exon-sc0000661-1575043694:24458..27507 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028022-exon-sc0000661-1510915933:28333..28358 | TCONS_00028022-exon-sc0000661-1510915933:28333..28358 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028022-exon-sc0000661-1510915933:24458..27507 | TCONS_00028022-exon-sc0000661-1510915933:24458..27507 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028022-exon-sc0000661-1491911889:28333..28358 | TCONS_00028022-exon-sc0000661-1491911889:28333..28358 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028022-exon-sc0000661-1491911889:24458..27507 | TCONS_00028022-exon-sc0000661-1491911889:24458..27507 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000661 | supercontig | sc0000661:24458..28358 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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