TCONS_00028023 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00028023
Unique NameTCONS_00028023
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3184

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00028023 ID=TCONS_00028023|Name=TCONS_00028023|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3184bp
AGCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTTGCCTTCG
TTACGGTTGTTATTGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTGCA
GCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTAAAGCTGGAGAGCTTTTCGT
CTCGGTTGTTTTCGCAGCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAG
CTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTACAGCTGGAGAGATTTTCGTC
TCGGTTGGCTTAGCAGTTGGTGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTACAGC
TGGAGAGGTTTTCGTCTCGGTTGTTTCAGCAGTTGGAGTTGCCTTCGTTA
TGGATGGTTTTTCTGGTGGAGTAGCTTTCGTCTTGGTTGGTTTTGTTATT
AGAGTATCTTTTATCTGGACTGGTTTTGCAGATGGAATAGTTTTGGTCTG
GCTTgcttttgtttggtttggtttagTAGTTGAAGTGTTCTGCGTTGGCT
TTTTAGCTTGAGTTGCCTTGGGCTGAGATGGCTTTGTAGCCGAAGCTGCT
TTCGTCTTTGTTGGTTTTCCTTCTGGAGTTGCATTAGCTATGGTTGGTTT
TGCAGATGTAGTTGCATTGGTTTTGGTTGGTTTTGCAGATGGAGTTGCAT
TGGTTTTAGTTGGTTTTGCAGCTGGAGTTGTCTTGGTCTGGAATGATTTC
GTAACTGGAGCTACTTTCGTCTGTGGTGGTACTGCATTAAGAGTAGTTTT
CATCTGCGGTGGTATTGTACTTGCAGTTAGAATAGCTTTCGTGTGGATTG
GTTTTGGTGATGCGTCTATTGCTTTGGATGGAGGTTCTTCAATTTGGGAC
GGCTGCGTGGTTTTAACCAGTTTGGTATCAACTGGATTTGGCGTAGACGA
CTCCGTATATTTATTTGGTAGTGTGATTTTCTCTTGGACGGGTTGGTGAG
GATCCATGGCTTTTGGTTCGCTTGCAGGCTGGAAAGATTTCTCTTTTGAA
AGTTCTAAAGCTACTGAATCTGGATTCTCCACAAAGTGTTTACATTTGCT
CTGAGTAGGTGAATATTGTggatttttttctgatgaaTTAGGGGATTGGA
AAATATCAACGTTACATTGTGATGGCTTGACGGTCTTTGCCTCGATTTGA
TTGGGGGTCTTCTGTTGAACGTTTATCTGAGATATTTCCGAGATTTCACA
TGGAGTGGATATTTTCTGATTCAGAGGTTCagacttttttgcttcttcag
TTATTAGAGAGTCGGTATCTAACGGTTCTGGTGAATCTGGAGTTTGTAAT
CTCTCATCAATAGCTGCATAATCAATCTTATTCCATTGTATATCTTTCAC
CTCTTTCGAACCGAACTTAATTTCTTTAGCAACAACAGCAATACCATCCC
AATAATACTCTAAATATTCATTCATCAAAGCATATATCTgacaatatttc
attttatgttCATTTAAATAATGATTAACAAATCGAACATTACAAAACCA
AACATTGCAAATCTCACATGGCAAAGGTGTGTGTATCCCACCATGGTTTA
CATTACAACGATAAACTTGTTGCTGTTTGAGTGTTTCAAATGTCGCTATC
TTAGTATCGTAATAGTGATAAAATGCTAAATGGTGTATCAAATAAGTCGC
TAATGAGAAATATTGACCTTCGCAATGAGGACATTGATAGAGAAATTTTG
CTCCAGTCGTTCTTTGGATTGTCCTATGTTCAGTTGGAATGGAATCGAGT
GAACAAAGCCCTGTTAGTGTGTGTGAATCATTCGACTTCAATTCTAATGT
AGATAGTTTAACTCTTGCATTAGGTGGATTTGGAGGTTTCTTGTCTTTGG
TAGCTAGTGGTTTGGTAGGATGTGAATCTTTGTTCGTTGGTTGTTCTAGA
GGTTTTTTCAATACCGTTCCAGTTCGTTTTGCAAGCTGTACGACTTTGCC
TGATGTTAGTTTTATAGTTGTtaagtttttgacatttgatGCTTGTGAAG
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CAGACTTTTGTAAATCAGTAAAACGTTTAGAACTTTCGGATGAATTTGTC
ACATTTACGGAATCGattactttttcagtttttgatttctttgtttgaat
ttcttcatCTTGAGGAAGAGAATCGATATCTAAATTTGCTCGTTTGCGAG
TATTGATAGTTTCCTTATCCTCCTTCTCACCATCCTCATCGCTACTCATA
ATCTCAATAACTTCAATTTTAACAGTTGCAGGTTTTAAACGATTCTTGCT
AATAATGTCAATATCAACTGCTGAATCACTCGTTTCCCTGCTTTCGTTTA
TAGAGTCAGTCTTCTGACCGATGTTCAACAGTGTTTTATTGATATTTGAC
ATATCCTCAATCTCCTTTGCCATTTTTGCAATCTCTTCTGGCGATTTTTC
TGGTGATACAGCTAGAGTTTCAGTTGCAGTTTTCTGTGCTTTCTCAGATG
TCTTTCTAACCTCGTTTGACTGTTTCCCACGTGTAGCAACACCAGATTTA
GTTtgctcttttgtttttgttgtcgTTGTCGTAGTTTTATGTTTCAATTT
CGATTGGTTTAGCAGATCCGTAGCTTTTCTTTTTAACTTCGATGGTCTAA
CCACAACATTTCCATACTGGTCAAGTTTTTTGGCTGTGATTCTGTGACCT
GCCCAATATTTCTGTATCAAGTCTTTAATATCAGCTCCTATCATCGTCAT
ACGATGTGATTTCTTGATATGTTGAATAAGGGTAGGTTCACAAAGCCATA
TCTCGCAACGATCACACGGTAGTATAACATGTTGCCCATGATGCTTAGCT
TGACAGTGTTGTATACATTCCTGTTGCTTTTGTTCAAATCTAGCATTATG
ACGTAAATAATCATGCTCCAATTGTAAATGTCCCGTTAAGTCTGACTGCT
TCTCCTGGCAGATATGGCACTGGAAAATCGCATCTTTCTTTACTTCGTTT
TTGGTTTTCTTACGTTCATACTGATGCACCTTTTTCAAATGGTTTCGTAA
GTCTGTTAGTTTCTTATCACAAAAAGGGCattta
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000661:24458..28499-

Legend: exon
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>TCONS_00028023 ID=TCONS_00028023|Name=TCONS_00028023|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4042bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000661:24458..28499- (Clytia hemisphaerica)
AGCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTTGCCTTCG
TTACGGTTGTTATTGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTGCA
GGTGGAGTTGCCTTCGTTTCGGTTGTTTTTGCAGCTGGAGTGGCCTTCGT
TACGGATGGTTTTGCAGGTGGAGTTGCCTTCGTTTCGGTTGTTTTTGCAG
CTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTT
ACGGATGTTTTTGCAGCTAGAGTTGCCTTCGTTACGGATAGTTTTGCAGG
TGGAGTTGCCTTCGTTACGGATAGTTTTGCAGGTGGAGTTGCCTTCGTTA
CGGTTGTTTTTGCAGCTAGAGTTGCCTTCGTTACGGATAGTTTTGCAGGT
GGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTAC
GGATAGTTTTGCAGCTTGAGCAGTCTTCGTTACGGATAGTTTTGCAGGTG
GAGTTGCCTTCGTTACGGATAGTTTTGCAGGTGGAGTTGCCTTCGTTTCG
GTTGTTTTTGCAGCTGGAGTGGTCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGG
AGTTGCCTTCGTTACGGATGTTTTTACAGCTAAAGATGCCTTCGTTCCGG
GTGGTTTTACAGCTGGAGAGGTTTTCGTCTCGGTTGATTTCGCTGTTGGA
GTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTCGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGA
TGGTTTTAAATCTGGAGAGCTTTTCGTCTCGGCTGTTTTCGCAGCTGGAG
TGGCCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGAT
GTTTTTACAGCTAAAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTACAGCTGGAGC
GGTTTTCGTCTCGGTTGATTTCGCTGTTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATG
GTTTCGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTAAAGCTGGAGAG
CTTTTCGTCTCGGTTGTTTTCGCAGCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATGG
CTTTGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTACAGCTGGAGAGA
TTTTCGTCTCGGTTGGCTTAGCAGTTGGTGTTGCCTTCGTTACGGATGGT
TTTACAGCTGGAGAGGTTTTCGTCTCGGTTGTTTCAGCAGTTGGAGTTGC
CTTCGTTATGGATGGTTTTTCTGGTGGAGTAGCTTTCGTCTTGGTTGGTT
TTGTTATTAGAGTATCTTTTATCTGGACTGGTTTTGCAGATGGAATAGTT
TTGGTCTGGCTTGCTTTTGTTTGGTTTGGTTTAGTAGTTGAAGTGTTCTG
CGTTGGCTTTTTAGCTTGAGTTGCCTTGGGCTGAGATGGCTTTGTAGCCG
AAGCTGCTTTCGTCTTTGTTGGTTTTCCTTCTGGAGTTGCATTAGCTATG
GTTGGTTTTGCAGATGTAGTTGCATTGGTTTTGGTTGGTTTTGCAGATGG
AGTTGCATTGGTTTTAGTTGGTTTTGCAGCTGGAGTTGTCTTGGTCTGGA
ATGATTTCGTAACTGGAGCTACTTTCGTCTGTGGTGGTACTGCATTAAGA
GTAGTTTTCATCTGCGGTGGTATTGTACTTGCAGTTAGAATAGCTTTCGT
GTGGATTGGTTTTGGTGATGCGTCTATTGCTTTGGATGGAGGTTCTTCAA
TTTGGGACGGCTGCGTGGTTTTAACCAGTTTGGTATCAACTGGATTTGGC
GTAGACGACTCCGTATATTTATTTGGTAGTGTGATTTTCTCTTGGACGGG
TTGGTGAGGATCCATGGCTTTTGGTTCGCTTGCAGGCTGGAAAGATTTCT
CTTTTGAAAGTTCTAAAGCTACTGAATCTGGATTCTCCACAAAGTGTTTA
CATTTGCTCTGAGTAGGTGAATATTGTGGATTTTTTTCTGATGAATTAGG
GGATTGGAAAATATCAACGTTACATTGTGATGGCTTGACGGTCTTTGCCT
CGATTTGATTGGGGGTCTTCTGTTGAACGTTTATCTGAGATATTTCCGAG
ATTTCACATGGAGTGGATATTTTCTGATTCAGAGGTTCAGACTTTTTTGC
TTCTTCAGTTATTAGAGAGTCGGTATCTAACGGTTCTGGTGAATCTGGAG
TTTGTAATCTCTCATCAATAGCTGCATAATCAATCTTATTCCATTGTATA
TCTTTCACCTCTTTCGAACCGAACTTAATTTCTTTAGCAACAACAGCAAT
ACCATCCCAATAATACTCTAAATATTCATTCATCAAAGCATATATCTGAC
AATATTTCATTTTATGTTCATTTAAATAATGATTAACAAATCGAACATTA
CAAAACCAAACATTGCAAATCTCACATGGCAAAGGTGTGTGTATCCCACC
ATGGTTTACATTACAACGATAAACTTGTTGCTGTTTGAGTGTTTCAAATG
TCGCTATCTTAGTATCGTAATAGTGATAAAATGCTAAATGGTGTATCAAA
TAAGTCGCTAATGAGAAATATTGACCTTCGCAATGAGGACATTGATAGAG
AAATTTTGCTCCAGTCGTTCTTTGGATTGTCCTATGTTCAGTTGGAATGG
AATCGAGTGAACAAAGCCCTGTTAGTGTGTGTGAATCATTCGACTTCAAT
TCTAATGTAGATAGTTTAACTCTTGCATTAGGTGGATTTGGAGGTTTCTT
GTCTTTGGTAGCTAGTGGTTTGGTAGGATGTGAATCTTTGTTCGTTGGTT
GTTCTAGAGGTTTTTTCAATACCGTTCCAGTTCGTTTTGCAAGCTGTACG
ACTTTGCCTGATGTTAGTTTTATAGTTGTTAAGTTTTTGACATTTGATGC
TTGTGAAGGCTGTACGGGTATTTTTGTAGAGGTAGTGGAAGCATTTATAG
ATTGTTCGTCAGCTGATTTTGAAACGTCCTTTAAAGGTTCGGTAACTTTT
ATCTGGTTCGATTTCGTAGGCTCATGGTTAATTTGTTTTACATCTTGCTC
ATTAGATGCAGACTTTTGTAAATCAGTAAAACGTTTAGAACTTTCGGATG
AATTTGTCACATTTACGGAATCGATTACTTTTTCAGTTTTTGATTTCTTT
GTTTGAATTTCTTCATCTTGAGGAAGAGAATCGATATCTAAATTTGCTCG
TTTGCGAGTATTGATAGTTTCCTTATCCTCCTTCTCACCATCCTCATCGC
TACTCATAATCTCAATAACTTCAATTTTAACAGTTGCAGGTTTTAAACGA
TTCTTGCTAATAATGTCAATATCAACTGCTGAATCACTCGTTTCCCTGCT
TTCGTTTATAGAGTCAGTCTTCTGACCGATGTTCAACAGTGTTTTATTGA
TATTTGACATATCCTCAATCTCCTTTGCCATTTTTGCAATCTCTTCTGGC
GATTTTTCTGGTGATACAGCTAGAGTTTCAGTTGCAGTTTTCTGTGCTTT
CTCAGATGTCTTTCTAACCTCGTTTGACTGTTTCCCACGTGTAGCAACAC
CAGATTTAGTTTGCTCTTTTGTTTTTGTTGTCGTTGTCGTAGTTTTATGT
TTCAATTTCGATTGGTTTAGCAGATCCGTAGCTTTTCTTTTTAACTTCGA
TGGTCTAACCACAACATTTCCATACTGGTCAAGTTTTTTGGCTGTGATTC
TGTGACCTGCCCAATATTTCTGTATCAAGTCTTTAATATCAGCTCCTATC
ATCGTCATACGATGTGATTTCTTGATATGTTGAATAAGGGTAGGTTCACA
AAGCCATATCTCGCAACGATCACACGGTAGTATAACATGTTGCCCATGAT
GCTTAGCTTGACAGTGTTGTATACATTCCTGTTGCTTTTGTTCAAATCTA
GCATTATGACGTAAATAATCATGCTCCAATTGTAAATGTCCCGTTAAGTC
TGACTGCTTCTCCTGGCAGATATGGCACTGGAAAATCGCATCTTTCTTTA
CTTCGTTTTTGGTTTTCTTACGTTCATACTGATGCACCTTTTTCAAATGG
TTTCGTAAGTCTGTTAGTTTCTTATCACAAAAAGGGCATTTA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_015857XLOC_015857Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00028023-exon-sc0000661-1575043694:28399..28499TCONS_00028023-exon-sc0000661-1575043694:28399..28499Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028023-exon-sc0000661-1575043694:24458..27540TCONS_00028023-exon-sc0000661-1575043694:24458..27540Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028023-exon-sc0000661-1510915933:28399..28499TCONS_00028023-exon-sc0000661-1510915933:28399..28499Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028023-exon-sc0000661-1510915933:24458..27540TCONS_00028023-exon-sc0000661-1510915933:24458..27540Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028023-exon-sc0000661-1491911889:28399..28499TCONS_00028023-exon-sc0000661-1491911889:28399..28499Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028023-exon-sc0000661-1491911889:24458..27540TCONS_00028023-exon-sc0000661-1491911889:24458..27540Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000661supercontigsc0000661:24458..28499 -
Expression

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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR013087Znf_C2H2_type
IPR003006Ig/MHC_CS
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0003676nucleic acid binding
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
molecular_function GO:0003676 nucleic acid binding
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00028023 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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