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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00028025 ID=TCONS_00028025|Name=TCONS_00028025|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3079bp
AGTTGTCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGAGCTTTTCGTCTCGG
TTGTTTTCGCAGCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGA
GTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTACAGCTGGAGAGATTTTCGTCTCGGT
TGGCTTAGCAGTTGGTGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTACAGCTGGAG
AGGTTTTCGTCTCGGTTGTTTCAGCAGTTGGAGTTGCCTTCGTTATGGAT
GGTTTTTCTGGTGGAGTAGCTTTCGTCTTGGTTGGTTTTGTTATTAGAGT
ATCTTTTATCTGGACTGGTTTTGCAGATGGAATAGTTTTGGTCTGGCTTg
cttttgtttggtttggtttagTAGTTGAAGTGTTCTGCGTTGGCTTTTTA
GCTTGAGTTGCCTTGGGCTGAGATGGCTTTGTAGCCGAAGCTGCTTTCGT
CTTTGTTGGTTTTCCTTCTGGAGTTGCATTAGCTATGGTTGGTTTTGCAG
ATGTAGTTGCATTGGTTTTGGTTGGTTTTGCAGATGGAGTTGCATTGGTT
TTAGTTGGTTTTGCAGCTGGAGTTGTCTTGGTCTGGAATGATTTCGTAAC
TGGAGCTACTTTCGTCTGTGGTGGTACTGCATTAAGAGTAGTTTTCATCT
GCGGTGGTATTGTACTTGCAGTTAGAATAGCTTTCGTGTGGATTGGTTTT
GGTGATGCGTCTATTGCTTTGGATGGAGGTTCTTCAATTTGGGACGGCTG
CGTGGTTTTAACCAGTTTGGTATCAACTGGATTTGGCGTAGACGACTCCG
TATATTTATTTGGTAGTGTGATTTTCTCTTGGACGGGTTGGTGAGGATCC
ATGGCTTTTGGTTCGCTTGCAGGCTGGAAAGATTTCTCTTTTGAAAGTTC
TAAAGCTACTGAATCTGGATTCTCCACAAAGTGTTTACATTTGCTCTGAG
TAGGTGAATATTGTggatttttttctgatgaaTTAGGGGATTGGAAAATA
TCAACGTTACATTGTGATGGCTTGACGGTCTTTGCCTCGATTTGATTGGG
GGTCTTCTGTTGAACGTTTATCTGAGATATTTCCGAGATTTCACATGGAG
TGGATATTTTCTGATTCAGAGGTTCagacttttttgcttcttcagTTATT
AGAGAGTCGGTATCTAACGGTTCTGGTGAATCTGGAGTTTGTAATCTCTC
ATCAATAGCTGCATAATCAATCTTATTCCATTGTATATCTTTCACCTCTT
TCGAACCGAACTTAATTTCTTTAGCAACAACAGCAATACCATCCCAATAA
TACTCTAAATATTCATTCATCAAAGCATATATCTgacaatatttcatttt
atgttCATTTAAATAATGATTAACAAATCGAACATTACAAAACCAAACAT
TGCAAATCTCACATGGCAAAGGTGTGTGTATCCCACCATGGTTTACATTA
CAACGATAAACTTGTTGCTGTTTGAGTGTTTCAAATGTCGCTATCTTAGT
ATCGTAATAGTGATAAAATGCTAAATGGTGTATCAAATAAGTCGCTAATG
AGAAATATTGACCTTCGCAATGAGGACATTGATAGAGAAATTTTGCTCCA
GTCGTTCTTTGGATTGTCCTATGTTCAGTTGGAATGGAATCGAGTGAACA
AAGCCCTGTTAGTGTGTGTGAATCATTCGACTTCAATTCTAATGTAGATA
GTTTAACTCTTGCATTAGGTGGATTTGGAGGTTTCTTGTCTTTGGTAGCT
AGTGGTTTGGTAGGATGTGAATCTTTGTTCGTTGGTTGTTCTAGAGGTTT
TTTCAATACCGTTCCAGTTCGTTTTGCAAGCTGTACGACTTTGCCTGATG
TTAGTTTTATAGTTGTtaagtttttgacatttgatGCTTGTGAAGGCTGT
AcgggtatttttgtagaggTAGTGGAAGCATTTATAGATTGTTCGTCAGC
TGATTTTGAAACGTCCTTTAAAGGTTCGGTAACTTTTATCTGGTTCGATT
TCGTAGGCTCATGGTTAATTTGTTTTACATCTTGCTCATTAGATGCAGAC
TTTTGTAAATCAGTAAAACGTTTAGAACTTTCGGATGAATTTGTCACATT
TACGGAATCGattactttttcagtttttgatttctttgtttgaatttctt
catCTTGAGGAAGAGAATCGATATCTAAATTTGCTCGTTTGCGAGTATTG
ATAGTTTCCTTATCCTCCTTCTCACCATCCTCATCGCTACTCATAATCTC
AATAACTTCAATTTTAACAGTTGCAGGTTTTAAACGATTCTTGCTAATAA
TGTCAATATCAACTGCTGAATCACTCGTTTCCCTGCTTTCGTTTATAGAG
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CTCAATCTCCTTTGCCATTTTTGCAATCTCTTCTGGCGATTTTTCTGGTG
ATACAGCTAGAGTTTCAGTTGCAGTTTTCTGTGCTTTCTCAGATGTCTTT
CTAACCTCGTTTGACTGTTTCCCACGTGTAGCAACACCAGATTTAGTTtg
ctcttttgtttttgttgtcgTTGTCGTAGTTTTATGTTTCAATTTCGATT
GGTTTAGCAGATCCGTAGCTTTTCTTTTTAACTTCGATGGTCTAACCACA
ACATTTCCATACTGGTCAAGTTTTTTGGCTGTGATTCTGTGACCTGCCCA
ATATTTCTGTATCAAGTCTTTAATATCAGCTCCTATCATCGTCATACGAT
GTGATTTCTTGATATGTTGAATAAGGGTAGGTTCACAAAGCCATATCTCG
CAACGATCACACGGTAGTATAACATGTTGCCCATGATGCTTAGCTTGACA
GTGTTGTATACATTCCTGTTGCTTTTGTTCAAATCTAGCATTATGACGTA
AATAATCATGCTCCAATTGTAAATGTCCCGTTAAGTCTGACTGCTTCTCC
TGGCAGATATGGCACTGGAAAATCGCATCTTTCTTTACTTCGTTTTTGGT
TTTCTTACGTTCATACTGATGCACCTTTTTCAAATGGTTTCGTAAGTCTG
TTAGTTTCTTATCACAAAAAGGGCattta Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000661:24458..28625- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00028025 ID=TCONS_00028025|Name=TCONS_00028025|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4168bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000661:24458..28625- (Clytia hemisphaerica)
AGTTGTCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGAGGTTTTTGTTTCGG
TTGGTTTCGCTGTTAGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTGCAGCTGGG
GTTGCCTTCATTTCGGTTGTTTTTGCAGCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGA
TGGCTTTGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGTTGTTATTGCAGCTGGAG
TTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTGCAGGTGGAGTTGCCTTCGTTTCGGTT
GTTTTTGCAGCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATGGTTTTGCAGGTGGAGT
TGCCTTCGTTTCGGTTGTTTTTGCAGCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATG
GCTTTGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGTTTTTGCAGCTAGAGTT
GCCTTCGTTACGGATAGTTTTGCAGGTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATAG
TTTTGCAGGTGGAGTTGCCTTCGTTACGGTTGTTTTTGCAGCTAGAGTTG
CCTTCGTTACGGATAGTTTTGCAGGTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGC
TTTGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATAGTTTTGCAGCTTGAGCAGT
CTTCGTTACGGATAGTTTTGCAGGTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATAGTT
TTGCAGGTGGAGTTGCCTTCGTTTCGGTTGTTTTTGCAGCTGGAGTGGTC
TTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGTTTT
TACAGCTAAAGATGCCTTCGTTCCGGGTGGTTTTACAGCTGGAGAGGTTT
TCGTCTCGGTTGATTTCGCTGTTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTC
GCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTAAATCTGGAGAGCTTTT
CGTCTCGGCTGTTTTCGCAGCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATGGCTTTG
CAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGTTTTTACAGCTAAAGTTGCCTTC
GTTACGGATGGTTTTACAGCTGGAGCGGTTTTCGTCTCGGTTGATTTCGC
TGTTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTCGCAGCTGGAGTTGCCTTCG
TTACGGATGGTTTTAAAGCTGGAGAGCTTTTCGTCTCGGTTGTTTTCGCA
GCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTTGCCTTCGT
TACGGATGGTTTTACAGCTGGAGAGATTTTCGTCTCGGTTGGCTTAGCAG
TTGGTGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTACAGCTGGAGAGGTTTTCGTC
TCGGTTGTTTCAGCAGTTGGAGTTGCCTTCGTTATGGATGGTTTTTCTGG
TGGAGTAGCTTTCGTCTTGGTTGGTTTTGTTATTAGAGTATCTTTTATCT
GGACTGGTTTTGCAGATGGAATAGTTTTGGTCTGGCTTGCTTTTGTTTGG
TTTGGTTTAGTAGTTGAAGTGTTCTGCGTTGGCTTTTTAGCTTGAGTTGC
CTTGGGCTGAGATGGCTTTGTAGCCGAAGCTGCTTTCGTCTTTGTTGGTT
TTCCTTCTGGAGTTGCATTAGCTATGGTTGGTTTTGCAGATGTAGTTGCA
TTGGTTTTGGTTGGTTTTGCAGATGGAGTTGCATTGGTTTTAGTTGGTTT
TGCAGCTGGAGTTGTCTTGGTCTGGAATGATTTCGTAACTGGAGCTACTT
TCGTCTGTGGTGGTACTGCATTAAGAGTAGTTTTCATCTGCGGTGGTATT
GTACTTGCAGTTAGAATAGCTTTCGTGTGGATTGGTTTTGGTGATGCGTC
TATTGCTTTGGATGGAGGTTCTTCAATTTGGGACGGCTGCGTGGTTTTAA
CCAGTTTGGTATCAACTGGATTTGGCGTAGACGACTCCGTATATTTATTT
GGTAGTGTGATTTTCTCTTGGACGGGTTGGTGAGGATCCATGGCTTTTGG
TTCGCTTGCAGGCTGGAAAGATTTCTCTTTTGAAAGTTCTAAAGCTACTG
AATCTGGATTCTCCACAAAGTGTTTACATTTGCTCTGAGTAGGTGAATAT
TGTGGATTTTTTTCTGATGAATTAGGGGATTGGAAAATATCAACGTTACA
TTGTGATGGCTTGACGGTCTTTGCCTCGATTTGATTGGGGGTCTTCTGTT
GAACGTTTATCTGAGATATTTCCGAGATTTCACATGGAGTGGATATTTTC
TGATTCAGAGGTTCAGACTTTTTTGCTTCTTCAGTTATTAGAGAGTCGGT
ATCTAACGGTTCTGGTGAATCTGGAGTTTGTAATCTCTCATCAATAGCTG
CATAATCAATCTTATTCCATTGTATATCTTTCACCTCTTTCGAACCGAAC
TTAATTTCTTTAGCAACAACAGCAATACCATCCCAATAATACTCTAAATA
TTCATTCATCAAAGCATATATCTGACAATATTTCATTTTATGTTCATTTA
AATAATGATTAACAAATCGAACATTACAAAACCAAACATTGCAAATCTCA
CATGGCAAAGGTGTGTGTATCCCACCATGGTTTACATTACAACGATAAAC
TTGTTGCTGTTTGAGTGTTTCAAATGTCGCTATCTTAGTATCGTAATAGT
GATAAAATGCTAAATGGTGTATCAAATAAGTCGCTAATGAGAAATATTGA
CCTTCGCAATGAGGACATTGATAGAGAAATTTTGCTCCAGTCGTTCTTTG
GATTGTCCTATGTTCAGTTGGAATGGAATCGAGTGAACAAAGCCCTGTTA
GTGTGTGTGAATCATTCGACTTCAATTCTAATGTAGATAGTTTAACTCTT
GCATTAGGTGGATTTGGAGGTTTCTTGTCTTTGGTAGCTAGTGGTTTGGT
AGGATGTGAATCTTTGTTCGTTGGTTGTTCTAGAGGTTTTTTCAATACCG
TTCCAGTTCGTTTTGCAAGCTGTACGACTTTGCCTGATGTTAGTTTTATA
GTTGTTAAGTTTTTGACATTTGATGCTTGTGAAGGCTGTACGGGTATTTT
TGTAGAGGTAGTGGAAGCATTTATAGATTGTTCGTCAGCTGATTTTGAAA
CGTCCTTTAAAGGTTCGGTAACTTTTATCTGGTTCGATTTCGTAGGCTCA
TGGTTAATTTGTTTTACATCTTGCTCATTAGATGCAGACTTTTGTAAATC
AGTAAAACGTTTAGAACTTTCGGATGAATTTGTCACATTTACGGAATCGA
TTACTTTTTCAGTTTTTGATTTCTTTGTTTGAATTTCTTCATCTTGAGGA
AGAGAATCGATATCTAAATTTGCTCGTTTGCGAGTATTGATAGTTTCCTT
ATCCTCCTTCTCACCATCCTCATCGCTACTCATAATCTCAATAACTTCAA
TTTTAACAGTTGCAGGTTTTAAACGATTCTTGCTAATAATGTCAATATCA
ACTGCTGAATCACTCGTTTCCCTGCTTTCGTTTATAGAGTCAGTCTTCTG
ACCGATGTTCAACAGTGTTTTATTGATATTTGACATATCCTCAATCTCCT
TTGCCATTTTTGCAATCTCTTCTGGCGATTTTTCTGGTGATACAGCTAGA
GTTTCAGTTGCAGTTTTCTGTGCTTTCTCAGATGTCTTTCTAACCTCGTT
TGACTGTTTCCCACGTGTAGCAACACCAGATTTAGTTTGCTCTTTTGTTT
TTGTTGTCGTTGTCGTAGTTTTATGTTTCAATTTCGATTGGTTTAGCAGA
TCCGTAGCTTTTCTTTTTAACTTCGATGGTCTAACCACAACATTTCCATA
CTGGTCAAGTTTTTTGGCTGTGATTCTGTGACCTGCCCAATATTTCTGTA
TCAAGTCTTTAATATCAGCTCCTATCATCGTCATACGATGTGATTTCTTG
ATATGTTGAATAAGGGTAGGTTCACAAAGCCATATCTCGCAACGATCACA
CGGTAGTATAACATGTTGCCCATGATGCTTAGCTTGACAGTGTTGTATAC
ATTCCTGTTGCTTTTGTTCAAATCTAGCATTATGACGTAAATAATCATGC
TCCAATTGTAAATGTCCCGTTAAGTCTGACTGCTTCTCCTGGCAGATATG
GCACTGGAAAATCGCATCTTTCTTTACTTCGTTTTTGGTTTTCTTACGTT
CATACTGATGCACCTTTTTCAAATGGTTTCGTAAGTCTGTTAGTTTCTTA
TCACAAAAAGGGCATTTA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00028025-exon-sc0000661-1575043694:28589..28625 | TCONS_00028025-exon-sc0000661-1575043694:28589..28625 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028025-exon-sc0000661-1575043694:24458..27499 | TCONS_00028025-exon-sc0000661-1575043694:24458..27499 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028025-exon-sc0000661-1510915933:28589..28625 | TCONS_00028025-exon-sc0000661-1510915933:28589..28625 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028025-exon-sc0000661-1510915933:24458..27499 | TCONS_00028025-exon-sc0000661-1510915933:24458..27499 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028025-exon-sc0000661-1491911889:28589..28625 | TCONS_00028025-exon-sc0000661-1491911889:28589..28625 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028025-exon-sc0000661-1491911889:24458..27499 | TCONS_00028025-exon-sc0000661-1491911889:24458..27499 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000661 | supercontig | sc0000661:24458..28625 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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