TCONS_00028094 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00028094
Unique Name	TCONS_00028094
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2673

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000664:63881..83583+

transcript sequence

>TCONS_00028094 ID=TCONS_00028094|Name=TCONS_00028094|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2673bp
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AACGATGCAGGTTATTACTTCTGGCAACTTTCGATGCAGTGTCTTGATCT
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transcript from alignment at sc0000664:63881..83583+

Legend: exon

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>TCONS_00028094 ID=TCONS_00028094|Name=TCONS_00028094|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=19703bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000664:63881..83583+ (Clytia hemisphaerica)
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ACTTGGGTTGATAAAGTTCATGATAAAGACCAAGTTCCTGTTGTgtgagt
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TGATTTGTTGggtaaaaaaaacaaccaaaaaagcTACATAATATCTTGAA
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TGAAATAATTCATATTTTTAAGCATCGTCGCTTAGTTAGCTATTTTGATG
TATATCTATCAAGGTTTGTTACTGATTTACTACACAAGAGCTGGTGCAAA
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GCTTGAGCGTTACAGTCTTGTCAACTGCCTTTGCCCCTTCTCACTATGTT
TCTCTGATTTTTCCTTTTGcagattttgaagattttcgtCGACAATCAGT
TTCCTATTCCAATCTTGAAGCAGCAAACCAGCGTTCGCTGTCTTGATTTA
TCTTGCAGGTAATAATCGAAGGCACTTGATTCAGTTCCATTTAAGTAACA
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TGGATGTCACATAAGATAAACCTTggtatcagatttaaaaagactTGGCT
TACGAATATCTAATGTTTTGAAAGCTGAAGAATTGTCCCTTCATTTTTCA
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GATGTTGATACGAAGGAACTCCTATTCCAGGTAAGATAGGAAAACTAAAA
AGGCAACTATTTTTATCTTTGAAGAATATGTTTTCAAGCTATTTTGATAG
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ACATCATTATTAAGATATAGATTGATAGACTAAAACTACTGTTTTTCTCT
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TTCAGTGTAGAAAATGGGAGATTTGTGATCCAGCAGATGCCAGTGAGGAG
ATCTACATTTTTGATGGTCCAATCTCGAACAGTTACAAACAAACTAGAAT
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GCTCAGAAGAGTTAGCTTCTAACAGTCAAGACAGGCTAGATTTTTACCAA
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TGTATTTTACAATAAAATTGCTTATTTTTTCGTCTTATCTTTTACAAAGG
GGTTCGTTGTTGGGTTTTGTGGATCgaagattttttgtttacacGTTTAC
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TGAAATTTAGATTTATCATCTCCCTTTGTTTTCAGTCGACACCCATGTAC
CAATATTTggaaaagaaaatgtttcaGTAAGTTTATCAAAGCTCTGCAGA
TTGAAAAGGAATTTCATGTCGACCAAAGTCATCTTAAAGTaaagtctcaa
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TGTTTCCTTTCTAATCCCGGTGCTGATTCCAACACCCCTCAAACGTTGTG
TCTGTAGAGCATTCCCAAAGCGTAAGATCTTTCTCCTCGTCCTTCCCTTC
GAAAAAATGTTCCTGAGGAAAATATCTCAATTAACGCAAATCTCTTCACT
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TCACTGTGAGTAGTATTTGTAGTAAACGTCTTGTATTTTGCGTGAAATAT
CTTATATACAACATTTTTTATAGAGAGGCATATAAAGTGGCGTGCTTGGG
CGTAACAGATGGTGATTGGAGGGCGTTAGCCATGTCAGCACTTGAAGGAC
TCCAATTCAACATAGCGAAACTGGTAATACCTGGCTTTAATTGATGTATT
CATAGAAATGAAATTATTGTTCTACATACTCTACTTATTCACCTAATCTT
AACAACCCTTTTGCAAGATGCTGCCTTAATTGAGATTGTATTCCAGTTTA
CTAGGGTTGAGTGGCGTCCAATGTCTGAACATATACACCTACCAAGCTTT
AACGTGTGAGAAGTCTGGGTTCGAGTTACCAGAAAGGACTAACGTCAAAG
TGCATGCATTTACATTCTCAAAGGCAAAAAATATTAAGTCACTTGCTAAC
AGTCCAAAAGGCTGACCGCGCTTCAAAAGGGTTTCACAGACAGAGGTGTG
TTCAAAAACATATATTTAGCGCTTTTCGAGGAGACAATTAACTAGAACCC
AATCTTTGGGGTAACTTTTTGCAACACGGTTGACAGGTTAATTCGTTAAT
TTGTAGGCATTCGTTCGAGTTCGCGATCTGAGATATCTGGAACTGATTCA
CAATATCGAGGTAAGAGTTGTTTACAATGATAAATCTACAAGACATTTTT
GCTAGATTAGCAGGGGTTTTGCTCTTTTGATTGGCCTGTGAATTACAAAA
TATTTCTAGTGAATAATGGGTTCTAAATTGACCATTCCGAGCGTATTGGT
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GACCCTGattggaaatctttttttttgtacCTCTTCTAGGAGCGCAAGAA
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AGGTACGTCTTAGTGAGATAGATTGTTTGAAATCCAACCTTTTGTTTTGA
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TGAAAGCTATGTTTGTTGCCAGAGCACATGACACGTTTTGTAATTGCAGT
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tGAAATTGCTTATGATGAAATCTCACTCCAGCCCGCCTTCTGTAAATGGT
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TTCGGCTACAGTTTGTCTTCTTTTTCTCTATGAAGATATGATAAAATACC
CAATTTTGAAAGCTTTGTTGCTCCTTCAACCTTGTCTGAAAAACAGACAG
CAAAATCATTTATCAACGAATAAACAGCTATTATTTTGATCATCGTACGT
TTTAGTTACGTTTTCAACGTTTTTTGCTCCATCTTGTATAGGCATTGGAG
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CAGTGACCAACGAAATGTCAAACAATTGATCAAGAAACAAGCAGAATGGT
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TTCACTAGTCTCTTGAACTGGTCGCTAAAAAGATTGAAATTACGCCGAAT
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TCTCCGCATCATTGGAATTGACCCTTTCCCCAAAGAAGCTGCTAATCCTT
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CAATTAGTTTTGCGTCACCATCCGACACAATGACGCTCTTAGTATACTTC
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TCTACTTACTAGCCTCTGTGAATGTTTGATTTATACTGCTGTTCTTATAG
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TCAGTACCAAGGcatttttcttgtttcattTTAGTGACATGTACATTGCA
GCTGGGGAATTCATCAAAGCTATTGAGATCCTTGGTGATAATGGATGGGC
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ACCTaaactgacctttatatatccctggaccaagctactCAATGTCGGCC
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ATATAGCGCCGTTTGTCtgtaggcaaagtttcaaacactacaatggcttc
tttacgggtaccaactttcaaaaaacttctatcaaagatggcggatatag
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GGATGGGGCAGGCTAGTGCGACTTTGAAGGGACTTTTCTTACACCCAGCC
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CGCTTGAAAAGTGTGCTCATTACCTTACAAAGTTACAAAAGTACCAGATG
GCTGgagaaattttgcaaaaacttGGTGATAAcaagaaattgatcaaact
ttaCGTTGAATCACAACAATGGGAGGAggtaagaatttttttccagtTAA
TATTTCTATCTTTTTATTTGATCCTTCTTTGAACATGACCCAAGAATTTA
TAGTAAAGGGCTTTTCCGATGCTTCAGACTGTTTTTCTTTGCGACTGTTA
TCGAGGGGGACTGAAATTCCCCCTTTTTAAAGGTGTTTTCTTCAGAAAGG
TCGGGGAGGTTGGTGCTCTCCCCCTGGATTCCCTCGCTTACCCTTGACTT
ATCACCTCTATtgttgaacatttttaaaagcaGAGAGCTTTAATTACCGT
TATGAGCCAGCTTTAGGGTAAACTCACAACCTCATGTACTGTATTTTCAT
GCTCTACCTTGTAATGCTACGATCATCTCGATTCATTTCTTATTTTAAGA
ATAACACtacctttcttctctttttaggCGTTCATTCTTGTTGAAACACA
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AGCGCATCCTGCCTATTTATTATACACCTTCCCATTGTTTTCAAGGTCTT
GAAAATCCACATTCTTTCTGAAAATAGTTCCTAGCGATTTCAGTATATCT
ATCTCAAAACTAACATTCTACAGAGAATAACGGctgcaatatttttttct
atacAACCGAATATTTATTTCTAGGATGAAGTCTACGTACCATATGCTAA
TTGGTTGGCGGAAAATGACCGCTTTGACGAGGCACAAGAAGGTACATAGC
ATAATTGAATACCATATtagaaatgtcaatgattataAAATAACATGAAC
TAACCCTCATGATCCGTAAAATCTCTCATGGTAACAGACCACTTGTGGTT
TTgttcgataaaaaaagaataaacttTAAGACTTATTTAACAATTCAGCT
TGGCAAACTTGTTgactttaatttttcaaatttggaaCTGGAGCTTGGCT
GAATTTAGCCTTGATCTTACATCGTGTTCTATGGGACTCCCTAATATcgc
taaaaaaaattcacacaaATTGCTATCGAATAGTTCATTGTTTGAGTGTA
AAGTAATTTATTTTCATAGCTTTCCACAAAGCTGGCAAGAGGGCAGACGC
TGTCAAAGTATTGGAACAACTTACACTAAATGCTGTCGTTGAAAACAGGT
ATTTTGTGAAATTCTAATTTCTAACaagctgaaaaagaaaattttccttt
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ATTGTTATTACAAATTTTTCTCGTAGGTTCAACGATGCAGGTTATTACTT
CTGGCAACTTTCGATGCAGTGTCTTGATCTAGCGAGTCAAAAAATGAAAG
GTA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_015897	XLOC_015897	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000664	supercontig	sc0000664:63881..83583 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
3.08565	3.15207	6.38485	6.87527	15.1857	12.8127	11.3673	13.313	8.91524	10.334	7.99281	7.19741	4.55581	3.79809	3.00899	3.93372	4.5297	4.60678	2.89541	3.63844	3.31942	3.60861	2.69945	3.07646	2.27794	5.55581	3.26128	1.96688	1.84094	1.75486

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00028094 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: IF122 (Intraflagellar transport protein 122 homolog OS=Homo sapiens GN=IFT122 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 1018.45 bits (2632), Expect = 0.000e+0
Identity = 471/681 (69.16%), Postives = 577/681 (84.73%), Query Frame = 3

Query:  612 DENDILAVGDWGQRLSFYTLNGKQIGKDRSLGFDPCSLSYFPRGEFLIIGGSDKKCYLYTKEGVRLSVIGEQDSWIWSCKARPEGNYVACGSQDGTIAFYLLIFSTVHGLYKDRYAYRDNMTDVIIQHLITEQKVRIKCRELVKRIAIYRHKLAVQMPEKILIYEIFSNDSSDMTYKIKEKINKKVDCNLLVVTGNNLILCQEKRLQCLAFDGTKEREWEMESLIRYIKVIGGPIGREGLLVGLKSGQILKIFVDNQFPIPILKQQTSVRCLDLSCSRKKIAVVDENNTVLVYDVDTKELLFQEPNGNSVAWNTHNDDMLCFSGAGMLNIKAGNFPVHQQKVPGFVVGFCGSKIFCLHVYNMSSVEVPQSTPMYQYLEKKMFQEAYKVACLGVTDGDWRALAMSALEGLQFNIAKLAFVRVRDLRYLELIHNIEERKKRGENINHLFLADIYAYQGRFHEAANFYKKTNNEDKALEMFTDLRQFEYAKEFLSNSDQRNVKQLIKKQAEWCRTTNDPQAAADMYIAAGEFIKAIEILGDNGWAEKLIELGRNLNKADTEPLEKCAHYLTKLQKYQMAGEILQKLGDNKKLIKLYVESQQWEEAFILVETHQNLKDEVYVPYANWLAENDRFDEAQEAFHKAGKRADAVKVLEQLTLNAVVENRFNDAGYYFWQLSMQCLDLA 2654
            + NDILAV DWGQ++SFY L+GKQIGKDR+L FDPC +SYF +GE++++GGSDK+  L+TK+GVRL  +GEQ+SW+W+C+A+P+ NYV  G QDGTI+FY LIFSTVHGLYKDRYAYRD+MTDVI+QHLITEQKVRIKC+ELVK+IAIYR++LA+Q+PEKILIYE++S D SDM Y++KEKI KK +CNLLVV  N++ILCQEKRLQCL+F G KEREW+MESLIRYIKVIGGP GREGLLVGLK+GQILKIFVDN F I +LKQ T+VRCLD+S SRKK+AVVDEN+T LVYD+DTKELLFQEPN NSVAWNT  +DMLCFSG G LNIKA  FPVH+QK+ GFVVG+ GSKIFCLHV+++S+VEVPQS PMYQYL++K+F+EAY++ACLGVTD DWR LAM ALEGL F  AK AF+RV+DLRYLELI +IEERKKRGE  N LFLAD+++YQG+FHEAA  YK++ +E+ ALEM+TDL  FEYAK+FL + D +  K LI KQA+W R   +P+AA +MYI+AGE +KAIEI GD+GW + LI++ R L+KA+ EPL  CA YL KL     A E   K+GD K L++L+VE+Q+W+EAF L E H   KD++Y+PYA WLAENDRF+EAQ+AFHKAG++ +AV+VLEQLT NAV E+RFNDA YY+W LSMQCLD+A
Sbjct:  249 ERNDILAVADWGQKVSFYQLSGKQIGKDRALNFDPCCISYFTKGEYILLGGSDKQVSLFTKDGVRLGTVGEQNSWVWTCQAKPDSNYVVVGCQDGTISFYQLIFSTVHGLYKDRYAYRDSMTDVIVQHLITEQKVRIKCKELVKKIAIYRNRLAIQLPEKILIYELYSEDLSDMHYRVKEKIIKKFECNLLVVCANHIILCQEKRLQCLSFSGVKEREWQMESLIRYIKVIGGPPGREGLLVGLKNGQILKIFVDNLFAIVLLKQATAVRCLDMSASRKKLAVVDENDTCLVYDIDTKELLFQEPNANSVAWNTQCEDMLCFSGGGYLNIKASTFPVHRQKLQGFVVGYNGSKIFCLHVFSISAVEVPQSAPMYQYLDRKLFKEAYQIACLGVTDTDWRELAMEALEGLDFETAKKAFIRVQDLRYLELISSIEERKKRGETNNDLFLADVFSYQGKFHEAAKLYKRSGHENLALEMYTDLCMFEYAKDFLGSGDPKETKMLITKQADWARNIKEPKAAVEMYISAGEHVKAIEICGDHGWVDMLIDIARKLDKAEREPLLLCATYLKKLDSPGYAAETYLKMGDLKSLVQLHVETQRWDEAFALGEKHPEFKDDIYMPYAQWLAENDRFEEAQKAFHKAGRQREAVQVLEQLTNNAVAESRFNDAAYYYWMLSMQCLDIA 929

HSP 2 Score: 270.781 bits (691), Expect = 7.407e-76
Identity = 130/194 (67.01%), Postives = 161/194 (82.99%), Query Frame = 3

Query:   36 MRSTPTWVDKVHDKDQVPVVIYDLAFSPDGAQLIVAAGNKVLVYDTANGSLVRPLKGHKENVYCVAYAKNGKRFASGGADKCVIIWTNKLEGILKYTHNSAIQCVSYNPFTHQLASCAADDIGLWSTEQKSVSKHKIPSRALCCSWTNDGQYIAVGLFSGLITVRNKLGEEKMKIDRPGG--HPVWTLSWNPGA 611
            MR+  TW DK          I D+AF PDG QLI+AAG+++LVYDT++G+L++PLKGHK+ VYCVAYAK+GKRFASG ADK VIIWT+KLEGILKYTHN AIQCVSYNP THQLASC++ D GLWS EQKSVSKHK  S+ +CCSWTNDGQY+A+G+F+G+I++RNK GEEK+KI+RPGG   P+W++ WNP +
Sbjct:    1 MRAVLTWRDKAEH------CINDIAFKPDGTQLILAAGSRLLVYDTSDGTLLQPLKGHKDTVYCVAYAKDGKRFASGSADKSVIIWTSKLEGILKYTHNDAIQCVSYNPITHQLASCSSSDFGLWSPEQKSVSKHKSSSKIICCSWTNDGQYLALGMFNGIISIRNKNGEEKVKIERPGGSLSPIWSICWNPSS 188

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00028094 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00028094 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
IF122	7.407e-76	69.16	Intraflagellar transport protein 122 homolog OS=Ho...	[more]

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TCONS_00028094 (transcript) - C. hemisphaerica