|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00028377 ID=TCONS_00028377|Name=TCONS_00028377|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3744bp
GACTGGGTTCGACTTTGTTTTAGACGTAAATGGTCCTTTTGAATAATTTT
AGAATAAATGCTAAATACACTTATTAGACAAGACATGTCACCAAGACAAA
GAATATACATTTTATTGTTGGTGTCTGGTTTCTGTTGTGCAAATTCGTCA
GTCGAGGAGCGGGAGGTCTATACACAAGCTCTTTTAAACATCGAGTACAA
ACCATTGAATAGTATGGAATATTTGACGAAAAAGATGGCTGGAAAATTTG
CTGAACAATCTACAAAACAGAATGTAAGAGGAATTTTGTATTATGCAGAT
GATTGGTGCAAAGAGCCTCAAGACATAAAGGTATATCCGAACATACCGTT
AAATAGAAGCTGGATAGCTTTGATACCTCTGGGAAATACACAACAAAGCT
CTTCATGTTTGTTAACAGAGAAGATATTGACCGCTAAGAAGTTGAATGCA
AATGGTGTTGTAGTAACGCACAATGAAGTTAATGGAGAGGTGCCAGTTCT
TCAAGATGACACCCATGACGTCATTACGGTCATGATAAACCTTCAAAGTG
GGGAAGAACTTCGAAACTTGATTTTGGATAAAGAAATAGTCGATGAAATG
CAATGCACTGTGTCTGTGGGGACAAGATTTGTTGATCGACAATGGTCTAA
TAgaaataattcaattttagCAGTTATAATTATACCAGGTGTCATCGGAG
TTGCTTTGATACTGATAACTATATGGTGGCTTTTGACAAAAAGGCGCAAC
GGCCTGTAGTGTGGCAGATTGACAAAAAAAGGAAATACACTcccaaaata
tgaaattttcgaaattttcggaaaattccattattttaggaaatttcaGT
GACTTTCATTTCAACGAATGTTCTTTGATCAAGGGACAGCCTTATCAGCA
GTCGGACCCACGATCGAAGGACCGGTGtttattttgtacaaaaaaGAGCT
CACTTTGTGATTATAAATAGTAAAGAAAGCACTGTATTGAAATTAAGAGG
CGTacacaaaaaaaatgaattctttcatttagaaattttacagaaaaatg
tatCTTCGGAAGACAAAACTAAATATTaagtaataatattttatatagaa
aattataaatttcaTACAATCTCGGTCAAGatatattgggaattttggtt
aatttctcgttttcaacaatttaaagttcgggcaaaaaagtcgcttttgg
gcaaattgataTATCTATTCCAATATTTCGATTCAGGAGGCGTTTAtagg
cttccaggctatattctgagccctattggatcattcttgaacttttagtt
cctcagatcctaaggtctcgtcctacctaatttagagcgcttccaaatcg
tttgtggttataagatttcgtgggaacttcccttttttctcaaatatcat
GACTTTGATTGTAGCTAGGAACGTTATATTGATATCATAATTCTAAATTG
AACAATTTCTATCAATGTAAAATTAGTAATAAAAGATTGATTTACAACGG
TATGTAATATATGAAAAAACTGGAAAATCTGATCTGGTACTCTCGGGTAT
CGGGTATTAGATCTAATAAAGCCCCCTCCCtgcgctaattaatttttgga
aaattttccacccaagacatttttatttcaactgaTCTTGGATGTGCTTT
aatctttttaacaattttaaaatttaaaaaaaaattctttttttggcGTT
CTTGAAATTAATTTACTGAAATATACAGGATTACCTTAGGTTATGGAAAT
TAGACCTCGAGTCGATCAAATCTGCTAATCTAATTTAAATGGGGAAATAA
AAGAATTACTGCAGTCTATAAAAGTTTCTTacgaatttgaattattttga
gGAACTTCGAATAATTACTTAACAGAATAATAACTGACcccaatcaatca
accaatcaaccaatcaagaaTATCTGCTAtccttaaaaattattttatgc
TGAAGACGTGAACAtactacggaaaaaaaatcttaaaaaatttcatttat
taaaaaatatataatagaCCCTATTTACAACAACTATCGACTAATTAGAT
TGATCCCAGACTTAAGGCCTCTTTGTTTAGGTACGTCTTTTTCTTGCAAA
TTTTTGTATAAGGAAGGCGTTTGGTACCCTGGATTTAACTTTTGGTCATA
AATTTCctttcaaaacaatgaaaacataaaatttaacAGTCGGGTATATT
TGAGCCTAAATTTGAGTCTTTTGTCGTATAATTGAAAGCTAGGTAATTGT
AGGTCAAACATTCAAAAGTGCTGTTAAAGTGCGGATTAGATTTCCATTGA
AAAAAAGGACATAAGCTAAGTTAAGCCGGGACCAAAGTATATGAAAGATG
atcatgaaattaaaaaatatctaaCTCTATTTCAAAGGTGATGGTAGGAA
ATCTTTATAAGACGAACCAATGTCTAAAGTCTTGAACACCGATTGATCTT
TAGTGGAACGCCATGTGAACGACTTTGAACGCGTCACATGTGTAGGAGTG
ACACGCGATCGAGGAATAAAGTCTTTAGATCTGTTCATGTTATAACTGGA
TGGCGGTgaaatcaatgatgaaaaacgCGAATTTGTGCTTCGTTGTTGAT
GAGGGTATCCCTTGGTGGGCCAACTATGGCTACGATCATAAATAAGCGAG
CGGTTAGATTGAGCGGACGCGCGACTCATTGGTGACTGTAAGGAACAACC
AGAACGATTCAAGAATGGAGAAGCACGATAGACGTACGGCGAACGCACGT
TCTTTTTATTGGCAGACAATGCTCCAGGTGTATTTCCATTCCTCAAATGC
AGCTCCCGTAAATTCATAACTGGCGAAATTGAAAACGATTTCAAGTCGTT
TTTCGGCGTTACAGGTACCGTGGCTGCGTCCCCAGATGACGTTAATTTAG
CACGAAATAGATTAGGATCACTGACCCAATCCATACTTGACACACCACTA
TCCGTACGCCCTTCTTCAAAAACATCATCCGTAGAGATCTTTGCGAAATC
AAGTGGTCTTAACATAGAAGATGATGATCCACTTCCGCTTGCAACCGCTG
TGCTGTTCAACTGATATTTCCTCCGTTGTTTTGTTGTGGTCGATTGGAAG
GGTGAACTATTTTCTTTATCGAATATTTCCTCTTCTAGATAAGAAGACAC
TTTAAGAGATCGTTTCATAGCGGATAAGGCTCTCCTACACACAAATTCAT
CCCCAAAAGACACATTTTCACCTCTCGGCCAACTCCATTTAAACTGTTCG
TCATTCTCAATGGGCGAGGGTGAAACATCATCATTGCTATCCCCGGTGGA
GGGTGATCCTATTAAGATCGGTCTCGGTAAATTAGTTGACCCGGTTAAAG
ATTGCAAGATCCGGGATCGAGCTCGTCCGGTGTTTCGTTCCGTATTGAAT
TTAGTTTCTTCAACTGAATTTTCCTTCGACTTTCCACTTGATGAAGGTAC
TTCACGATGCTTCAAAATCCCTTTAAGAGGTGTCGCAACCAGTTGGGACC
GATTCGGGGTGGTGGGCGTTAAAATAATCTTGGGCGTCGGGGCGGGATCT
TCATCTTGATCCATTTTTGCACTGTTTGTAGGTTTCTCTGGCTTGGGCGT
CTCGACTGTTTCCCTTTCTAGATCACCTAATTTCAAGGGCGGTGAATTAT
TGTCTTCGGTTTTGACGTCGGTTTGGTCATTGGTCAAGACCACATCTTGT
TCTTCATCATCTGGTTCAAGTTCAGTAATATCTAACGGTCCTTT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000675:14393..18959- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00028377 ID=TCONS_00028377|Name=TCONS_00028377|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4567bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000675:14393..18959- (Clytia hemisphaerica)
GACTGGGTTCGACTTTGTTTTAGACGTAAATGGTCCTTTTGAATAATTTT
AGAATAAATGCTAAATACACTTATTAGACAAGACATGTCACCAAGACAAA
GAATATACATTTTATTGTTGGTGTCTGGTTTCTGTTGTGCAAATTCGTCA
GTCGAGGAGCGGGAGGTCTATACACAAGCTCTTTTAAACATCGAGTACAA
ACCATTGAATAGTATGGAATATTTGACGAAAAAGATGGCTGGAAAATTTG
CTGAACAATCTACAAAACAGAATGTAAGAGGAATTTTGTATTATGCAGAT
GATTGGTGCAAAGAGCCTCAAGACATAAAGGTATATCCGAACATACCGTT
AAATAGAAGCTGGATAGCTTTGATACCTCTGGGAAATACACAACAAAGCT
CTTCATGTTTGTTAACAGAGAAGATATTGACCGCTAAGAAGTTGAATGCA
AATGGTGTTGTAGTAACGCACAATGAAGTTAATGGAGAGGTGCCAGTTCT
TCAAGATGACACCCATGACGTCATTACGGTCATGATAAACCTTCAAAGTG
GGGAAGAACTTCGAAACTTGATTTTGGATAAAGAAATAGGTAAGATATTG
ACAAAAATCATATACTTTACGCCAAATCTCGTAGTACCTAGAGCCACTTG
TGCTTTTTTTATTTCACTGATGGACACGATACAATCGTGAAACCTTAAGT
GTGCGTCATCAGAATCATCAAATCAAAAAGCGAGCTAAGGAACTGGATAT
GACTTTGACTTATCACTAAAGAATTCCAGGGTAAAAAATTGTTCGGCGAA
AATCTTCATGTCCTTCGCCAACAATATCGTCACTTTTCAGACATTTTTTT
CCAAAATAACTTTTACCCTTTTACCGATACATAGATCTGATGCTTTTCAA
TTCCCATCAAGTTCAGCTATTCCAGGTCCCCAAAAGTATCCAGACACAAT
AGGCCTTTTCATAAATTACGTCACGAACACCACTTGCCTCGTATTCAAAC
AATTACCATGGTGATTATGTCCCTTGACATAAAATGATTTTTTTATGAAT
AGAAAGTAGTTTCAATAAAATCCACTGAGAGTTAATCACTATGGCAATAA
TTTCAAAACGAGGCAAGTGATGTTCGTGACGTAATTCATGAAAAGGTCTA
TTACCTGGCTCTGAGAGATCGGAAGGATAAACCCTAATTGCTCTGTTTGT
AGGTTTTTTTGGCGCCTCTAATTCAGTAAATGCCATCAAACCGTAACTTC
AAAATTGCAAATATCTTTTGCGTACACACCCCAACTAAGAAAAAAAGGCA
ATCTATTTTTTTATGGAGACAAAAAAAACCGCGGCCGAGAAAAATCGGGT
AAACTCATATGATGCCAGTGGCACTCAATGGTTAAAATTGATAATCTTGT
TATTGTTTTCAGTCGATGAAATGCAATGCACTGTGTCTGTGGGGACAAGA
TTTGTTGATCGACAATGGTCTAATAGAAATAATTCAATTTTAGCAGTTAT
AATTATACCAGGTGTCATCGGAGTTGCTTTGATACTGATAACTATATGGT
GGCTTTTGACAAAAAGGCGCAACGGCCTGTAGTGTGGCAGATTGACAAAA
AAAGGAAATACACTCCCAAAATATGAAATTTTCGAAATTTTCGGAAAATT
CCATTATTTTAGGAAATTTCAGTGACTTTCATTTCAACGAATGTTCTTTG
ATCAAGGGACAGCCTTATCAGCAGTCGGACCCACGATCGAAGGACCGGTG
TTTATTTTGTACAAAAAAGAGCTCACTTTGTGATTATAAATAGTAAAGAA
AGCACTGTATTGAAATTAAGAGGCGTACACAAAAAAAATGAATTCTTTCA
TTTAGAAATTTTACAGAAAAATGTATCTTCGGAAGACAAAACTAAATATT
AAGTAATAATATTTTATATAGAAAATTATAAATTTCATACAATCTCGGTC
AAGATATATTGGGAATTTTGGTTAATTTCTCGTTTTCAACAATTTAAAGT
TCGGGCAAAAAAGTCGCTTTTGGGCAAATTGATATATCTATTCCAATATT
TCGATTCAGGAGGCGTTTATAGGCTTCCAGGCTATATTCTGAGCCCTATT
GGATCATTCTTGAACTTTTAGTTCCTCAGATCCTAAGGTCTCGTCCTACC
TAATTTAGAGCGCTTCCAAATCGTTTGTGGTTATAAGATTTCGTGGGAAC
TTCCCTTTTTTCTCAAATATCATGACTTTGATTGTAGCTAGGAACGTTAT
ATTGATATCATAATTCTAAATTGAACAATTTCTATCAATGTAAAATTAGT
AATAAAAGATTGATTTACAACGGTATGTAATATATGAAAAAACTGGAAAA
TCTGATCTGGTACTCTCGGGTATCGGGTATTAGATCTAATAAAGCCCCCT
CCCTGCGCTAATTAATTTTTGGAAAATTTTCCACCCAAGACATTTTTATT
TCAACTGATCTTGGATGTGCTTTAATCTTTTTAACAATTTTAAAATTTAA
AAAAAAATTCTTTTTTTGGCGTTCTTGAAATTAATTTACTGAAATATACA
GGATTACCTTAGGTTATGGAAATTAGACCTCGAGTCGATCAAATCTGCTA
ATCTAATTTAAATGGGGAAATAAAAGAATTACTGCAGTCTATAAAAGTTT
CTTACGAATTTGAATTATTTTGAGGAACTTCGAATAATTACTTAACAGAA
TAATAACTGACCCCAATCAATCAACCAATCAACCAATCAAGAATATCTGC
TATCCTTAAAAATTATTTTATGCTGAAGACGTGAACATACTACGGAAAAA
AAATCTTAAAAAATTTCATTTATTAAAAAATATATAATAGACCCTATTTA
CAACAACTATCGACTAATTAGATTGATCCCAGACTTAAGGCCTCTTTGTT
TAGGTACGTCTTTTTCTTGCAAATTTTTGTATAAGGAAGGCGTTTGGTAC
CCTGGATTTAACTTTTGGTCATAAATTTCCTTTCAAAACAATGAAAACAT
AAAATTTAACAGTCGGGTATATTTGAGCCTAAATTTGAGTCTTTTGTCGT
ATAATTGAAAGCTAGGTAATTGTAGGTCAAACATTCAAAAGTGCTGTTAA
AGTGCGGATTAGATTTCCATTGAAAAAAAGGACATAAGCTAAGTTAAGCC
GGGACCAAAGTATATGAAAGATGATCATGAAATTAAAAAATATCTAACTC
TATTTCAAAGGTGATGGTAGGAAATCTTTATAAGACGAACCAATGTCTAA
AGTCTTGAACACCGATTGATCTTTAGTGGAACGCCATGTGAACGACTTTG
AACGCGTCACATGTGTAGGAGTGACACGCGATCGAGGAATAAAGTCTTTA
GATCTGTTCATGTTATAACTGGATGGCGGTGAAATCAATGATGAAAAACG
CGAATTTGTGCTTCGTTGTTGATGAGGGTATCCCTTGGTGGGCCAACTAT
GGCTACGATCATAAATAAGCGAGCGGTTAGATTGAGCGGACGCGCGACTC
ATTGGTGACTGTAAGGAACAACCAGAACGATTCAAGAATGGAGAAGCACG
ATAGACGTACGGCGAACGCACGTTCTTTTTATTGGCAGACAATGCTCCAG
GTGTATTTCCATTCCTCAAATGCAGCTCCCGTAAATTCATAACTGGCGAA
ATTGAAAACGATTTCAAGTCGTTTTTCGGCGTTACAGGTACCGTGGCTGC
GTCCCCAGATGACGTTAATTTAGCACGAAATAGATTAGGATCACTGACCC
AATCCATACTTGACACACCACTATCCGTACGCCCTTCTTCAAAAACATCA
TCCGTAGAGATCTTTGCGAAATCAAGTGGTCTTAACATAGAAGATGATGA
TCCACTTCCGCTTGCAACCGCTGTGCTGTTCAACTGATATTTCCTCCGTT
GTTTTGTTGTGGTCGATTGGAAGGGTGAACTATTTTCTTTATCGAATATT
TCCTCTTCTAGATAAGAAGACACTTTAAGAGATCGTTTCATAGCGGATAA
GGCTCTCCTACACACAAATTCATCCCCAAAAGACACATTTTCACCTCTCG
GCCAACTCCATTTAAACTGTTCGTCATTCTCAATGGGCGAGGGTGAAACA
TCATCATTGCTATCCCCGGTGGAGGGTGATCCTATTAAGATCGGTCTCGG
TAAATTAGTTGACCCGGTTAAAGATTGCAAGATCCGGGATCGAGCTCGTC
CGGTGTTTCGTTCCGTATTGAATTTAGTTTCTTCAACTGAATTTTCCTTC
GACTTTCCACTTGATGAAGGTACTTCACGATGCTTCAAAATCCCTTTAAG
AGGTGTCGCAACCAGTTGGGACCGATTCGGGGTGGTGGGCGTTAAAATAA
TCTTGGGCGTCGGGGCGGGATCTTCATCTTGATCCATTTTTGCACTGTTT
GTAGGTTTCTCTGGCTTGGGCGTCTCGACTGTTTCCCTTTCTAGATCACC
TAATTTCAAGGGCGGTGAATTATTGTCTTCGGTTTTGACGTCGGTTTGGT
CATTGGTCAAGACCACATCTTGTTCTTCATCATCTGGTTCAAGTTCAGTA
ATATCTAACGGTCCTTT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00028377-exon-sc0000675-1575043694:18371..18959 | TCONS_00028377-exon-sc0000675-1575043694:18371..18959 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028377-exon-sc0000675-1575043694:14393..17547 | TCONS_00028377-exon-sc0000675-1575043694:14393..17547 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028377-exon-sc0000675-1510915933:18371..18959 | TCONS_00028377-exon-sc0000675-1510915933:18371..18959 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028377-exon-sc0000675-1510915933:14393..17547 | TCONS_00028377-exon-sc0000675-1510915933:14393..17547 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028377-exon-sc0000675-1491911889:18371..18959 | TCONS_00028377-exon-sc0000675-1491911889:18371..18959 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028377-exon-sc0000675-1491911889:14393..17547 | TCONS_00028377-exon-sc0000675-1491911889:14393..17547 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000675 | supercontig | sc0000675:14393..18959 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
