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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00028537 ID=TCONS_00028537|Name=TCONS_00028537|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4933bp
cttcgcgaataaaaaaagacattcttaGAAAATCACATAAAATAATccca
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cTAAAAGGTTTTATACAAAAAACCATTCAAACcaatgttttaaaaatcag
CAAGTTGTAAATCTTCGtttctatattttgaaaaagattttctatatttt
gaaaaatatatttaccAATTTCAAGCTAAATTTCAATGCTtggttttact
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ccttcttagcatattcttagatttttggctaatcacatcatgaatattct
tataaaagagtagattcttataaaagaaagcgtGTACAGATTCATTTCCT
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AATATACAacttattaagttttgatcaCATCACATATACAACACAAAAAA
ATCCTTCATTCCATAGCAATCCCTATTAAGTTT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000690:38886..46133- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00028537 ID=TCONS_00028537|Name=TCONS_00028537|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7248bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000690:38886..46133- (Clytia hemisphaerica)
CTTCGCGAATAAAAAAAGACATTCTTAGAAAATCACATAAAATAATCCCA
AAATTGTGAAAATAAGAATATTTATAGGCTTAAAACTCAAAAAGCTGAAC
AAATCTTAGGCTTAAAAGTTTTTGGATGTTCTTATAAAAAACGTGTACGA
GAGTACTTTAAGAGTGTCAAGTCAAGATAATAGTGATACAGAATGAAGAA
ATGTGTAATTTCAAGAGCTCGACCGTAGAAAAAAAAAGCTAGTGAAGTTT
CCCATTTAGGAAGTCCTTTTTGGTAATTTCTTGGAAAAGCTTGGTTGATT
ATATATGATTGGTATGGGTCGTCTGAAAGTTCGATTTTAAGTCTGCCGGC
TTATATTTCGAGTGCACTTGAAAAAATATCATCATTTTTTTTGATTCCAT
GGAAATCTTTAAGGCTTAAGATAAATCTAAATCTATGAGCTGTTAAATCC
TTTTGAGGGGGTCTTTGAGTTTTAAAAATACTTTAGGCGTGAACAAGCAA
AGCTTTCATCTTCAAAAAATAAATCTTTAAGCGTTAGCATGCGAATTGGA
ATTTTATCAAGCGTATAAGACAAAAAAGAACGTGCATTTATCTTATCCGT
TCTTGCTTCGAAAGAGAAACGAATTTGTAGATAAAATTCAAGAAAAAATA
AATAAAATATATCAACATTTAACATTTCTGTATTTTTATAACGTCATGCC
ATTGATAGCTGAATACGGTCCTGGACCGACCATTCACCGGCCGACCCTTT
AGAGCCATAGGTCCCTGAACAAGAGCCATCTTTACTTCCAGTCGTTGAAG
AGGCCGAAGATGACGTAATGTTTTGATTAGAGCGTGTTCTGATACGATGG
ACACTTTGTATATGATCTTCGCGTTTTTCTTTGTCTCGCTTATGTTGTTC
GATTTGTATTTTCTTGAATAATTGAGACACACGTTTGGCGAGTTCTTTTG
CGTCCTTAGGGTTCTTACACACTATCATGTGTAAATCAACATTTTCCGCT
CGCGATCCGTATTGATAGTTAAAGAAAAATACTTTCTGATGTGTTTTATC
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CTTTCGTGTAAGCAGTCCCTACAGTTTCCATCATATCCGTCAAGCCAGGG
TTTCGTAATCGAATCGGCTCTAAGTGTATAACGTCCATTGTGAATTCATG
AAATCCGAAATCCGGATCTGAATCCGAAACTAAACCCGATTGTTCTTTAG
TAACAACCGATTTTCGTTGTCGGGGAGAATCGGTAATTGATCCTGTTTCT
TGTGTCGGAGATTGTATTGATGATTCTGAGTTTTGTCGAGATGTAAACGG
ATTCATGAAAGATAATTTTCGTTTAGTGATTTTATTTGGGGCGGTCGTTG
AAGTGTTATTGTTTGGCGGTGGCGCATCATGTGGTTCCGCCATGTCAGGC
TGACTCGTATGGAAGTATTTGGAGAGTTTGTCTGTAGAGAAAAAAATATA
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CCGGTGGGACTCCTGCCCAACTGGAAAATTTGGCTAATAATTCATTCCGG
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GAAAAGAGTTTCTATCCTCATTGGGATTTCAATATAAATTCCGTCATTAA
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ATACTGTATCTTTAATTGGGGCAAACCAACGGTAGTATATCAAGCAGGTA
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CCAAAGACAAAGTGGAAATTTCACTCAGTGGAAGCACACATGTAAACCAA
AATATACACTAGTTATGTACACAAAAAAACATAGGAAGAGATCCACAAAC
AAGTTGACTTGATCAAATGTTTACAAATTTTTTAAACATCGTTTCCTGTT
AACCTTGTCGACTCTCTTTGTAAACATGCACTGATGAAAATAAAAACTAT
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AAAAAAACAGGACTAAAAATTAACCATAGTACAGAGAAGGAATGCACAAG
ACATAAAAGGAAGAATGCGCACAAGTTTTGATGATTTTAGGTAGTTAAAA
CAATCTCATTATAAGCACGATTATAATTCACAAGGCCAGTTGAACAACAG
CCTCAACCAACCAAGAACTGTTCATGTATATTTCAGATAAGAGAGCATGG
AAAGATTTTGTTCGGTCTGAAGGGGGGGCTCTGAAGGGTCTGGCCATCTT
TTCGTTTCCTATCTTTTATTCTTTATAAAGTTTTTTGGACCAAANCTCTG
AAGGGTCTGGCCATCTTTTCGTTTCCTATCTTTTATTCTTTATAAAGTTT
TTTGGACCAAATTCCCGTTGGATAAATTGAATGGCCTTAAAATTGTTGGC
ACCATATTTCTATATTTTATAGGAAAATGAGCTTTTGGGGAAAATCGTCC
TCGACAGTATTCTTGACATTACTGAATCTAAATTAAACCTGGATTTAACC
CTTTCCGTGCCAAAATTGAATTTATGCTGTTCCACTTTCTTTCGACTTTT
ATAAGCATTTTGCTAAAAGGTTTTATACAAAAAACCATTCAAACCAATGT
TTTAAAAATCAGCAAGTTGTAAATCTTCGTTTCTATATTTTGAAAAAGAT
TTTCTATATTTTGAAAAATACGGTCCTGGACCGACCATTCACCGGCCGAC
CCTTTAGAGCCATAGGTCCCTGAACAAGAGCCATCTTTACTTCCAGTCGT
TGAAGAGGCCGAAGATGACGTAATGTTTTGATTAGAGCGTGTTCTGATAC
GATGGACACTTTGTATATGATCTTCGCGTTTTTCTTTGTCTCGCTTATGT
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CCGCTCGCGATCCGTATTGATAGTTAAAGAAAAATACTTTCTGATGTGTT
TTATCAACTGCACAATATAACATCCTTCTTACTTTATATAAAAATTCTAA
GTCTGTTGCGGTGGCCGGCGTAATACCGTCTCCATCATGCGATGTATTCC
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CCGTCTGTATTTAAATTAAGGGTACATTTACACATTGTTTTTAGTTTTGG
TTTTGCTTTCGTGTAAGCAGTCCCTACAGTTTCCATCATATCCGTCAAGC
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TCATGAAATCCGAAATCCGGATCTGAATCCGAAACTAAACCCGATTGTTC
TTTAGTAACAACCGATTTTCGTTGTCGGGGAGAATCGGTAATTGATCCTG
TTTCTTGTGTCGGAGATTGTATTGATGATTCTGAGTTTTGTCGAGATGTA
AACGGATTCATGAAAGATAATTTTCGTTTAGTGATTTTATTTGGGGCGGT
CGTTGAAGTGTTATTGTTTGGCGGTGGCGCATCATGTGGTTCCGCCATGT
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CAGACCCGGTGGGACTCCTGCCCAACTGGAAAATTTGGCTAATAATTCAT
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ACCAAAATATACACTAGTTATGTACACAAAAAAACATAGGAAGAGATCCA
CAAACAAGTTGACTTGATCAAATGTTTACAAATTTTTTAAACATCGTTTC
CTGTTAACCTTGTCGACTCTCTTTGTAAAAATATAGTGAAGTCACATGCA
CTGATGAAAATAAAAACTATCAACTAACCATGACAATACGTAATTCAAAA
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ACAGAGAAGGAATGCACAAGACATAAAAGGAAGAATGCGCACAAGTTTTG
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CAAGGCCAGTTGAACAACAGCCTCAACCAACCAAGAACTGTTCATGTATA
TTTCAGATAAGAGAGCATGGAAAGATTTTGTTCGGTCTGAAGGGGGGGCT
CTGAAGGGTCTGGCCATCTTTTCGTTTCCTATCTTTTATTCTTTATAAAG
TTTTTTGGACCAAATTCCCGTTGGATAAATTGAATGGCCTTAAAATTGTT
GGCACCATATTTCTATATTTTATAGGAAAATGAGCTTTTGGGGAAAATCG
TCCTCGACAGTATTCTTGACATTACTGAATCTAAATTAAACCTGGATTTA
ACCCTTTCCGTGCCAAAATTGAATTTATGCTGTTCCACTTTCTTTCGACT
TTTATAAGCATTTTGCTAAAAGGTTTTATACAAAAAACCATTCAAACCAA
TGTTTTAAAAATCAGCAAGTTGTAAATCTTCGTTTCTATATTTTGAAAAA
GATTTTCTATATTTTGAAAAATATATTTACCAATTTCAAGCTAAATTTCA
ATGCTTGGTTTTACTTTATTTTTTGAAGCACCAAGATGACCAACATATCG
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ATGGCATATTTCATGAAATCTTTTAGCATTACTGGAAGTAATTGGCAATT
TACAGTTACAATACTCTAATAATGGCATTCTTAGGTTCAGCTTCCAAATT
CAATGTCTTCTTATGCCTTCTTAGCATATTCTTAGATTTTTGGCTAATCA
CATCATGAATATTCTTATAAAAGAGTAGATTCTTATAAAAGAAAGCGTGT
ACAGATTCATTTCCTAATCTCTATCCTTCGCATGAGTAACAATGTCGTTT
CACACCTTCTTCTCATCTTCACAGATATACAACACAGGCAAAAAAAGGTT
ACAATCATGTATCATTCAACACTAAAGGATAAGTATCATAAAAATCACTA
CTTGACAAGAGAATGTTGATTTGAATTTCCAACTTAATCGTATAATTTTT
TCTCTCTATAATTTGTACTTTTGATCCTATGTTAAGACGTAGTATACAAG
ATAGGCTGATCGTGTTAGCTGATATGATTAATCGATTAGTTGACTTATTG
CATGTAAAAAACCTCACAGAATCACTTTAACAAAGCCTATCTTCTTATTA
CTGTCTTTGTTGAAATGACACTTGACATCAGTTCGATTAAGATTGGATAA
GTTGCATGAACGATGGCTTGAAAAATGTTATCGAATTAACTTGATATGAC
ACTAGTAGCAAATACCCTCTTTTTTATAAGAGCCAGTAATTTCTTGCTGA
GGCTCAGCTGTTTTTTTGGCAATTTGAGGCTCAAATTGTTCTTATCCTGC
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AGTTGTTCTATAATTGTTCTTATTTTTCAGCATTTTTAAGCCTCATTGTT
CTTATAAAATTGTGCTAAAAAAAAAGAGTGTAGTAGCAAACATTAAAAAA
CAAAGAAAAAAACTAAAAGATATACCAGTCCAACAATCTAAGAATATTGT
CTAAAATTTTACCAAAAGGAAACATGGTTCTTAGTTTGAAAGCATAATAC
ACTCCTAATAATGAGACTATGCCTATCTTAGAAAAATAATAAAAGTCAAG
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GGTCAAAGCAAGCTTATATTGCATTGGTATCAAAAACTCAACAATTCAGC
ACAATTTTGACTTATCGGAAAGGTTTTATATAGAAGTGGAAAAAATAATT
GATATCAAAGCATACATTAAAAAGGAAAGAAAAATTCTATGGTTTTTCTC
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TTGTATTTGTTACATATTATATGTATTATAAAGGCTTAATCATAACATTA
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TATAATCCAAAAAAAATCAAAAAAAATCTTTAATTAGAAAGTTTTTAACA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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|---|
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| TCONS_00028537-exon-sc0000690-1491911889:43557..46133 | TCONS_00028537-exon-sc0000690-1491911889:43557..46133 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028537-exon-sc0000690-1491911889:38886..41241 | TCONS_00028537-exon-sc0000690-1491911889:38886..41241 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000690 | supercontig | sc0000690:38886..46133 - |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: Molecular Function
| Term | Definition |
|---|
| GO:0005515 | protein binding |
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
| Category |
Term Accession |
Term Name |
| molecular_function |
GO:0005515 |
protein binding |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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