TCONS_00029276 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00029276
Unique NameTCONS_00029276
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2205

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00029276 ID=TCONS_00029276|Name=TCONS_00029276|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2205bp
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TTTCAAAACCATAACAATAATTATTCGGAGCCTTATCTGGCATCACCTAC
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CGGAG
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000735:72343..82351-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00029276 ID=TCONS_00029276|Name=TCONS_00029276|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10009bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000735:72343..82351- (Clytia hemisphaerica)
TNGTTCAAAGATGGTTACGACGATCTGTCAGACCTCAACTCAATGCAGGT GAATGTTTTGAATATTTGCGAAGGTTAGGGAGTGCTAGAGTCGGAAAGCC CAGATGAGATAGGGTTTTTGTAATAATTGGTCATTGGAAGTAATAAAAAT GACGCATTCTTTAAGTAACAAAATTGAATTATTGCTGGTTAACGACCAAC CAAATCAAAAAAGAGCTTGTAAAAACTCCATCTCGTCCCGGACAGCCTAG GTGGGCGCAACCCCGGGCCCATGAACTATTATTTTTCAGCTATCTCTATC CATCTCTAGCCAGTGTCACTTAACGTGTCAATGAATGTTGCCCTTTCCTC TTTTTGATCTCGCTTCGTGTTGGGTTCCACAAGACAAACTTTAAAGCCTC TTCTTGATTATCTATATTCGAGGCCGAATTTTAGAAAAGAATATCTCAAA GAGACCAGAGAAAACTAACCCTTAGAATCTTCACTCCCCCGGAATAAAGG GAAATATGGTTCATACTATGACCTAAAATATACCGCGGTGTCGTTTTAAT AAGGACAGTAAAGCAATTTACAGCTTTTGACTGGAGTGGTTTTAGGTATG TTTACGAGAAATAACATTTTGAAATTGGTACGTGGTTTACGTAATAATTT TCTCTTAAAGCAATATAGTTTCTTAAAACAGACACCATCTTTCGTTGAAG ATAAATTGGCACATGTTTGAAGTTTTAAACGACCATTTGTCTAGTCACGT CTAAATTTTTTCATTTTTCCTTCTTCTTTTTTTGGATTTTAATGTGATAT CTTATTGGATATTGTAATATTTTGTTGTAATCAGATAAGCTTTTCTTAAG AGGAGAGGATCACTCTATCTTCTTCCCATGCTATATAAATGTTCATTCTT AAAAATGACGTGTCGTATTTTCAGACTCCTCAATCAGCTTGTATATTATG ACATTAAATTGCTTAATCCATTTTGAAATGATCAAGAAAAAAATCTTCAC TGGTATTATCTTTAAGCAATATTTCGAAATAGAGAATCTTCTTCTTATGG TCTTTAGTTGTTGTGAAATTAAAAACTTTTAAACTGATTTTTTTGGACCC GTCAATTTCCACATTTTGTCTTCGACGATGTGCAATGATTACTTCTCTTT CAATTTTGAAAAATAATTTTTCAGGATGGTGTGTTTTTACCGAATAAACG CCCTTCTTCTTTTAAACATCTCCCTCAAAAAAACGCCCTTCCGCCCTTCG TCNACGCCCTTCTTCTTTTAAACATCTCCCTCAAAAAAACGCCCTTCCGC CCTTCGTCAAAGAACGCTCTCAAATAAACGCATCCCCTATTTGAAACAGG TTGCGGTAAGGCAGTATGATATTCAAATTGATTTTGACCGGTTTCTGCAG CTCTAATAAATTTGAATCTAAAAATAATGAGAAGATAAAATAAGGTTCCA ATTCACACTATTAAACTGGCCTTGGTTGTAAATAATTTAATAAACGCCCC CTCGAATAAACGCCCCTCCCTCCTCCTTTCTAGCATTTCTGATTATTTGT TTTATGAGATAGTCTTTGAGGTAATACTTATCCATTTAAAAAACATTGCG TTAGTATATCGACTAAGGGTTTCGAAAATAAATTGATGTCCTCTTACTTA ATGGCGCTTTCACTATCGGGAAAAGTATTTTGACGAAATCTCTCTCTATA GCTTGAAACTGTTCTACTGTTCATTCCCAATATTTCTGTAATTCGAATGA AAACAATGGAAACCTTATACCTTATCGGGGAAAACTTCGTCGGGGAAAAT TTTCGTCGGTGAAAATTTTCGTCGGGGAAAAATTCGTCACTTGCTGGTAG TTGGTAAATGCATTAAGGCCGGGGAAAATTTTCGTCAGTTGTCCAAAATT TCGTCACTTTTCCCCGACGAAGTTTTCCCCGATAAGGTAATAAACTCCTC CCGATATTCAAACCCTGCTCTCATTCGAGAAAATCGCGGTCCCTTGAAAA TTAAATTAGAGAAATAAGAATATGAATTAAATATGAGAGTTCGATCCTTT TTTTAACTTTCAGATGGACTCAGTTCTCGAATGGGAGATGCAATTCCAAG AGAAATACGTTCACATCGGGCGCCTTTTGAAACCAGGTGAGAAACATTGC AATTATAAAGCAGAAGAATCGGAGGACGAAAGCAGAGGTGGTACACCAAA CAAAAAAGAAGACTGAACGAACATGCGAATATAAGGAATATGCGAAAATC GAAAACGAAAATGAATCAACTTTACGGAACGTTACAATTTATGATTTCCA ATTCCAACATTCAGTAAGAGATTTTTTTATAGAACTTTATAGAGAACTGG TCTCTTGTTTATAAGGTCAGAGAGATTTTTATCCTTATTTAAAAGGAACC TTGATTCCAGCGATGGCTTGATTGAAGATGGTCAATCGGTTCTAATAGTT CAACTACAAACTTCGGGTTCAAATTACCCAAATGTTCAACGATATTTTTT AATGAATTATTATCAAAATGAATGACAATGATTTTATTGAAAGTCTGACA AAATTGTGTGTTGGTAATAATGGTGAAGGAGATAATGGTTGATTGGTTTC CTAGCTGGAACATAACGTTGTTTCAGCGTTCATTTTACGTTCACAATATG CTTATAACGTTAGATGAACGTTGAAACAACGTCGTGTACCAGCTTGGCTC TGTGTTCTTTTTCACAAATTTAGTTCCTTTTCTCAAAAGCTTTGAATCTC ACAAACGTATTCTTAGCTTGATTTATTCTTTTCACGAGAACAGCAAGGTT AAGTATCGATNAGCTTTGAATCTCACAAACGTATTCTTAGCTTGATTTAT TCTTTTCACGAGAACAGCAAGGTTAAGTATCGATAGATGTTTTGCAAGAA CCTGTTTCCTCTAGCTTTCCTTCACACAACGGCACTTTTCCACGGGCTAA TGGTGGAAAATAAGGTAGGCTTAAAGTCCCATAGCGTGGACGAAGGCTAG AGGAGACATGCTCGTCGTCGCAATATTCATCGATATTTAAGCTCTCTTTT AATAGCTTAATTTGTGAAAGGGATGAGAATTAACTGGCAGAAAGGTTGCT TTGGGCTTGATATGGGAAGGATTATAATATGATAAAACTAGAAAATGCGA AAAAAAAATTTATCAATCTTTTTATATAAAGAAAGTAACAACGTTCCGGA GAAACTTTTCTTGATTTTCATTTGAATTTCTCCGAGCCTGATGAAAAATC TTCACTTTATTTTTTAGTTAATCGATTACATTTATTTTAGGTTGTAAGAT TTCTTAGTTATTTAAAAAATTAATAAAAATTACATGTTTCAAACAAAAAA AACTGAATATTTCTATTTCAAATTGTTTTCTAAAACCTTTTTTTATCCCA CCAAACTATTCCATTAAAGGCAGAGTGGTTGAAACTAAGACATGGACGAT TAAAAAAATTGATCTTATTTACCCCAACAAAAAAATTGCAATTTTTATTT CAAATCTCAAAAAATTAATGTTTCAGAAGTAATTTATCACACAATCAAGC AAAAATGAAAATTTCGCGTTTACTAAAATATTGAAAATTTTGATCAAAAG CAATGTGTTTGAAAAAAGTACCCTGAATTCTTTTTATAATACACGTTTTT TTATAAGAACATCCAAAAATTTTGAAGCCTTCGGATGTTCTTAACTTGTT GAGTTTTAAGCCTAAAAATGTTCTTAGCATGTTCTTATGAGTCCACGAAG CCTTAAAATGCTCTTAACATGTTCTTAAAATTTTGGCCTTATGTTCTTAT ATAGTTTGTTCTTATAAAAATAACGTTTAATAGTATTACAGGCCTCTGAA AATCATAGTTTTCGCCATTATCTGGCCTCTATATTTCGGTTCAATTTTGA GGTTGGCGAAGGTAGGTTATTCAGGGCTGTAAGGTCTACAAATTAGTTAC TACCAATAATTTTTACTCTAGAAGTTTTCTCAATATTTCTCTTTTGCAAA AGAAACGTCAAAAAGTGAAGAAAATATTTGTTTTAACCCTTTAAGTGCCA ATGTCGTATATATCAGACATGGGCTATGTAGAAGGGCGAAGTCCTCCTGT AATGCCCAGTTTGAGTTAGAAATCCTCATACTTGGTCTAACTGGTGGGAA TTGGATTGGGTTTCATAAAAAAAAATCAAAAATGAGTCTTTCAAGCGAGA TTTTAAGCCAAAAAGTAAAAAAAATGCAAAAATTTGACAAAAATTCACTT TTTTAAGATTTTGACCATTTTTTGACCATTTTTAGTCAACTTTTTAGTCA AATTTGGCCCTGCTTTACTCGGTTCTGTCTTCCAGCGAATTAGTTTGAAG TTTTATAATTAGGCACCTTTCTATCATTCAGGCAGATCCGCGCAGCTTCT AACTCCTTCTAGATCCAGAGATATAAGCCTTTAAAGTTTGAACTAGTGAT TTTCTTTAAAAAACTTAGAAAAAAATGACCGTGGCACTTAAAGGGTTAAT GTAACAAAACGCGGAAAATAATATTGGGAAAATATTATAGTTTGAAGCTG AAGTAAATGATGGAAAATAATATCGCATTAAAAAGATCTATTATGAAAAT ATCAGCGGAAAGAGCAATTTCAAAGTGAATATCTGAAAATCCCTGAAGAA AACCCATGGAAAATATTTCATCTTCTTGAAACTTTCATTCTCCGACACTA CGATAATCTTTTTTTAACAAAATACAAGTTATATTTAGTAGGAAAAATTC 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AAATATACTATCTATAGTATACTTTAGCAATTTGAAATATTTTGCATTGC GAAGGTGTTTCGGATCCATTTAATTTCGGTTTTGAAATTAAGTTTCTCGG TACGAAATTTTACTATTTAGTTTAATCTTCATCTTTATAAAGAAACTAAT TTCAAATATTATTTTTTTGAGATTCAAAAAAGGAGGACTCAAACTGTGGA TGTTCAAGATGATTTATAGTTAAATCAGTAAAGAACTTTTTAGGAGGGTT ATTAAATTCGTTGAGAAATCTATTCATTAACGCAATTATAAGTGTTTTTT TTTAAGTATGTTAAGTCATTTATGGTGTTCCTGTAGTCCGCTAGTCTTTC CTCTTTCGAATTATCATTGTTTTAAGTTTTTTGATAATTTTGGTGCCAAA TTGTCAGCATGATTTAAGGGATTTTTTTTTTTGCTAAATGAAAAGTAAAG AATGACAGGGCGGTCACTTTAACAATCAAAAAATGAAGAACTAGTGAAAA AGGTTGCTTTTTTATTGAAAATTATTCTGAAATTTTCTTTATAACTAACA ATAAAAAAAATAAAAAAGGGAGGAAGGATTGAAATATATTGATGGGCAAA AAATAACAAAAGAAAAATTTTGAAAAAAAAATGAAAAAAATATTTGCTTT CTCGCTTTTTTATGTTTATATTGAAGGTGCTCATCTTTTCTGTTATCTAC CCCTCTTTTGCAACGTTTAGAATTAATTCGATCATTATATTTTTCCATGA TTTTCTTAATTTTCCACTTTTTTCACTATATTTTTTCGACTTTTTTTGTT TAGTCTAATATCATTTTTTCATTCCTTTTCTGTGTCTTAAAAAGGTCCTT ATTTGGTAAAGTGGTCGTCCGACGCCAGGGTTGTAACCTAATTAGTAACA CACAGGCTTGTAGGGATTGCATTCTACTAACGAGGCTTTACTGGATACTT 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ATGACTGCAGATAGCGCTATACGGAAATGTTATTCATTTTTTGATGCGCT ACCTTTTCAAAACCATAACAATAATTATTCGGAGCCTTATCTGGCATCAC CTACGCTTTGTCTACGAAAGGATTTTGGTACTGATTCTGAAAGTGACGAC TCTGATGAGACTTTTCAGGTTCGTAGTGTCAGAGGTGCGTTTATCTCGTA AAGTATTTTATTTTCGCAAATTAATATTTTTTTTAAATAACGTATGTCTG TTCCTAAGAGAACCCTGTTTTATTATACGAAAATTTTGAAGATTTCAATT TTACAGGGACTGTGGGGCTATGTTAAAGTGACAAAATAAGTACAGTGTGT CCAGAAAATAGTAGAACAGAATTTATGTCATGTAAAATTCTTTAAACCAT TCATGATCAATACGCAAGGTAATTCAATAAGTTTGTTGAGAAAATAAAGC CGAGTTCAGTCGACTCTCTTGAATGTTCGTTAAATTACAGAAAGATTTGG ATAGCGGAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_016682XLOC_016682Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00029276-exon-sc0000735-1575043694:82304..82351TCONS_00029276-exon-sc0000735-1575043694:82304..82351Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00029276-exon-sc0000735-1575043694:80039..80288TCONS_00029276-exon-sc0000735-1575043694:80039..80288Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00029276-exon-sc0000735-1575043694:72343..74249TCONS_00029276-exon-sc0000735-1575043694:72343..74249Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00029276-exon-sc0000735-1510915933:82304..82351TCONS_00029276-exon-sc0000735-1510915933:82304..82351Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00029276-exon-sc0000735-1510915933:80039..80288TCONS_00029276-exon-sc0000735-1510915933:80039..80288Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00029276-exon-sc0000735-1510915933:72343..74249TCONS_00029276-exon-sc0000735-1510915933:72343..74249Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00029276-exon-sc0000735-1491911889:82304..82351TCONS_00029276-exon-sc0000735-1491911889:82304..82351Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00029276-exon-sc0000735-1491911889:80039..80288TCONS_00029276-exon-sc0000735-1491911889:80039..80288Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00029276-exon-sc0000735-1491911889:72343..74249TCONS_00029276-exon-sc0000735-1491911889:72343..74249Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000735supercontigsc0000735:72343..82351 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.138858 0.0901114 0.236897 0.179639 2.47267 1.36947 5.87306 6.42075 6.17997 6.83409 3.64365 7.1101 2.22919 1.41486 0.260441 0.670392 2.18784 2.86166 2.88973 3.94662 3.02003 3.32839 1.37334 2.04779 1.29058 2.428 11.1596 7.78704 1.27371 1.08519
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00029276 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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