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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00028728 ID=TCONS_00028728|Name=TCONS_00028728|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2647bp GAAATCGACTTGGGCTTTTGACAAAAAAGCTGTTGGTAAGAGACTTCAGA TTGTTGAATAATAATTGAACCAAAGTACCGCCATCATAACGCGTTTACAC AGCTTCCGAATTCACAGAGACTACCTAAGGATGGGCTCGCGTATCAGTTC AGCCAAAAGGACCACTGAAACCCTTAATAACGGTAAAGAAACCAAAATAA AGCGACGAGGATTAAAACACGGTTGTGGCAAAAGAGACACTTTAAATCAA AACGAGAATTGTTTTCCCAGACCACGCAAACTGGAAATATTATTGGATAG GCCACCGGCCAGCCGAAAGGTACAGGAATATCATGGGTGGAATACAGATG ACCGTAGCATGAATATTTACGTTAAAGAAGACGATTGTAGAATTTCTCAT AGACACCCTGTAGCACAAAGTACAGATGCTATAAGGGGGAAAGTTGGATT TTCTAAAGGACTTCATGTATGGGACTATACTTGGTCAACTCGTCAACGAG GCACACACGCCGTAGTAGGAATCGCAACGAAAAAAGCTAATTTACATTGT GCTGGATATCATTGTCTGGTCGGTGCAAATCAAGAAAGTTGGGGATGGGA CTTGGGACGTAATAAATTATTTCATAACGAAAAAGTAGTTTCTTCACAGA CTTATCCAAAAAATTTAGGCTCAGATGCGAATTTTATAGTTCCAGATACC ATTCGTTGTATATTGGATATGGATAGAGGAGAATTAAGTTTCGAAGTAGA TGGACAATATTTAGGAGTAGCATTTACTGGTCTACAAGGACAAACTGTTT ACCCGATAGTATCGGCAGTATGGGGACATTGTGAAGTCAAAATGAACTAC ATTGGTGGCTTAGAACCGGAACCTTTACCTCTGATGGATTTATGCCGATT GACCATTCGTCAACAAGTTGGTAAAGAAAATCTCACTCAAGACACTTTAG ATTCTTTTAATATCCCAAGGCAGATGAAACAATACTTAGTCTACAAATGG TAAAGCATAATGACGAGTTGCAGAGGATAGAGTAAGCTCCAAGGGGAAAA GACTGAATTCTCATCTCACAATTCTCTGGTGTTCTCTTGGCAAAGAAGGA GATTTAGGAATGTCGAAGGAATGATTGGTCAAAGGATTGAGGATggagaa caaaaacaaaagaatgatcCAATCATTTCCTTGTATCATCGTTCATCATC AGAGTCCTTCTCTTATTCAAAAGGCAGGAAAGTTTAATTGGAAATCATCA AAAAACCGACGGATTGCGGTATACGTCCATCAACTTAATTGGCATGTTCC ACTTACCCTTATTATTACGAAGAAGGCgataaaaaattatatattgttAT AATGACAATCTGGTTGAATGGAGAAGACAATACAAGCTTTTGTTTTGTGA ACAGATGTTGGTTGTTATTATTGTGTTAAAAAGCACATAGATGAAAAGAT TAAAGCAATGGAAATTGTATTGCTATTGGATATTCGCCGGTCGTTGGTTA TACCATTAAACGAGGCGATTTCGGAAATAGTTAACCGATTCTCGTTTCGT CTAATTTGAGGTTCCTGTAGTTAAGATGCCcacagaatgaaaaaaaaatt acctcttACTAAAGCTTAAATGACTCAATTTGtgttgatgttgtttttta aatttgattctttttttaatacaaTTATTTTAACGGCTTTTGTTTCTCTT ACTGCTCAAAGTATACATGATTAAAGTTAAGCTGCTCTGTTTTTATCTTT CTTGTGATTgaagggaaaaaatattttactgaatcaattttaacagattt ttcagtctaaaaatggaaatttcaaGCCGTTTAGATTAAAAATTTTaggt taaagaatttttttaaatcattttagaAACATAACTGGTCATTAGAGAGG GCCAGTTTTCTTGTACACATTCTTTATATTGACAAAACACCACGACCCTA TCCATTTtcaaattggaaaaaactttttcttataatttagaggaaaaatt tgaaataatttatacTTTGTATTATAgatttatgataatttatgcGGAGA ACTGTATCAAAAAAGTTCATCTATATTTATTACATAcctattttgttgtt tttagtttagcattattattataattaagtgtttattattattttttaaa agaaagaattttatcagttttagagagattttttgaaaacaaatcaacag tttttacaaattattatgaaaagtaaattttactttCTCTTCATAACTAC CATATACGTTTCCCCTATTAAAcacctttgttttctccttaaTTTTCCCT TTTCCCTTGTTATGGAGATTATTAAAATAGCTCCTTTTTCACATTCCGCC TTAAAATAATCTATATTTTGACATGTTTTGCTTTACCCTTTACCTTTATC CATCCCTCAACTCCCCTGACGAAaacatttaatttatttttttatttttt gacattttatttttcaatttgatttttttgcaatGCAAAATTTATCCGCC TTATGTAAAATTCTTTTCTCAGAGATATATTTTATCGCCATTTGCGATTA CATTAAACTCGTTGATTTTTGTGATTGGATATTGTTGGTCTCacctttga tttgatattttaattGAGTCTTTTTATCCTAGAGATCAGGATGCCag Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000700:118748..126465- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00028728 ID=TCONS_00028728|Name=TCONS_00028728|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7718bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000700:118748..126465- (Clytia hemisphaerica) GAAATCGACTTGGGCTTTTGACAAAAAAGCTGTTGGTAAGAGACTTCAGG
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GGCTTTTCATATGTGATTCAAAACTTCGTTGTTGTTGTTTAGTTGACAAC
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AAAAAAGGGAACTTTTTTCTTGAAATAAACTCTTTTTCGTGAGCTACTAT
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CCTTAAAAAGGGGGACTATTTTCAAACCCTATTTATTGTTGATAACAGAA
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TTTCGACACAGTGATAAGGAAAGGAAAAGTTCGTCAGTATAGCGGAATTA
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GTTTCCTCTTTCAGTTGAGATGTTTTTTTTCTTTCTTTTCTTTCATCTTA
TGATCAAATAATAATAAAAAAGCCAAAATTGCTCTTGGCTTTAATTGCTC
CTTCTCTGTTCTTTTTGTTATTTTGGATGTGTTTTTTTTTTGTTTTTGAC
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TTGTTGATATTCTTACTCACTTCTTCAACAACAAAAACTGATACAATCTG
TTCACTCATTTTTCATACGAAACTTGTTAATGCCTTGTGAAAAGTTAACC
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ATATTCGCCGGTCGTTGGTTATACCATTAAACGAGGCGATTTCGGAAATA
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TGAATCAATTTTAACAGATTTTTCAGTCTAAAAATGGAAATTTCAAGCCG
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CATAACTGGTCATTAGAGAGGGCCAGTTTTCTTGTACACATTCTTTATAT
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TTATAATTTAGAGGAAAAATTTGAAATAATTTATACTTTGTATTATAGAT
TTATGATAATTTATGCGGAGAACTGTATCAAAAAAGTTCATCTATATTTA
TTACATACCTATTTTGTTGTTTTTAGTTTAGCATTATTATTATAATTAAG
TGTTTATTATTATTTTTTAAAAGAAAGAATTTTATCAGTTTTAGAGAGAT
TTTTTGAAAACAAATCAACAGTTTTTACAAATTATTATGAAAAGTAAATT
TTACTTTCTCTTCATAACTACCATATACGTTTCCCCTATTAAACACCTTT
GTTTTCTCCTTAATTTTCCCTTTTCCCTTGTTATGGAGATTATTAAAATA
GCTCCTTTTTCACATTCCGCCTTAAAATAATCTATATTTTGACATGTTTT
GCTTTACCCTTTACCTTTATCCATCCCTCAACTCCCCTGACGAAAACATT
TAATTTATTTTTTTATTTTTTGACATTTTATTTTTCAATTTGATTTTTTT
GCAATGCAAAATTTATCCGCCTTATGTAAAATTCTTTTCTCAGAGATATA
TTTTATCGCCATTTGCGATTACATTAAACTCGTTGATTTTTGTGATTGGA
TATTGTTGGTCTCACCTTTGATTTGATATTTTAATTGAGTCTTTTTATCC
TAGAGATCAGGATGCCAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00028728-exon-sc0000700-1575043694:126417..126465 | TCONS_00028728-exon-sc0000700-1575043694:126417..126465 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00028728-exon-sc0000700-1575043694:118748..120528 | TCONS_00028728-exon-sc0000700-1575043694:118748..120528 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00028728-exon-sc0000700-1510915933:126417..126465 | TCONS_00028728-exon-sc0000700-1510915933:126417..126465 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00028728-exon-sc0000700-1510915933:123601..124417 | TCONS_00028728-exon-sc0000700-1510915933:123601..124417 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00028728-exon-sc0000700-1510915933:118748..120528 | TCONS_00028728-exon-sc0000700-1510915933:118748..120528 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00028728-exon-sc0000700-1491911889:126417..126465 | TCONS_00028728-exon-sc0000700-1491911889:126417..126465 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00028728-exon-sc0000700-1491911889:123601..124417 | TCONS_00028728-exon-sc0000700-1491911889:123601..124417 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00028728-exon-sc0000700-1491911889:118748..120528 | TCONS_00028728-exon-sc0000700-1491911889:118748..120528 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000700 | supercontig | sc0000700:118748..126465 - |
Blast
BLAST of TCONS_00028728 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SPSB1 (SPRY domain-containing SOCS box protein 1 OS=Homo sapiens GN=SPSB1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 324.324 bits (830), Expect = 4.107e-103 Identity = 147/243 (60.49%), Postives = 185/243 (76.13%), Query Frame = 2
Query: 269 RPRKLEILLDRPPASRKVQEYHGWNTDDRSMNIYVKEDDCRISHRHPVAQSTDAIRGKVGFSKGLHVWDYTWSTRQRGTHAVVGIATKKANLHCAGYHCLVGANQESWGWDLGRNKLFHNEKVVSSQTYPKNLGSDANFIVPDTIRCILDMDRGELSFEVDGQYLGVAFTGLQGQTVYPIVSAVWGHCEVKMNYIGGLEPEPLPLMDLCRLTIRQQVGKENLTQDTLDSFNIPRQMKQYLVYK 997
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The following BLAST results are available for this feature:
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